קרן ויקימדיה מקיימת קשר רציף עם 39 אגודות ויקימדיה מקומיות ("צ'פטרים"). הצ'פטרים, ובהם "ויקימדיה ישראל", פזורים ברחבי העולם ופועלים, כל אחד במדינתו, לקידום מיזמי הקרן ולשיפור ההפצה של תוכן חופשי. הקרן תומכת באגודות אלו בדרכים שונות, ובהן מענקים כספיים[1].
חוות השרתים של קרן ויקימדיה, בה מאוחסנת, בין השאר,ויקיפדיה יום עבודה במשרדי קרן ויקימדיה, מרץ 2014אגודות מקומיות ברחבי העולם: בכחול – אגודות קיימות; בטורקיז – אגודות בשלבי הקמה או בשלבי דיון אודות הקמתן
קרן ויקימדיה היאארגון ללא כוונות רווח. תקנון הקרן מגדיר כי הקרן תפעל לאיסוף ופיתוח של תוכן לימודי ולהפצתו היעילה ברחבי העולם[2]. על פי הצהרת הכוונות של הקרן, מטרתה לסייע ולפעול להנעת אנשים ברחבי העולם בפיתוח ואיסוף תוכן לימודי ברישיון חופשי או ציבורי, ולהפיצו ביעילות. לצורך כך, הקרן תספק את התשתית ואת המסגרת הארגונית לאחזקת מיזמים מבוססי ממשקויקי במגוון של שפות ותפעל למען כל מיזם הנועד לקדם מטרה זו. הקרן שומרת ומשמרת מידע שימושי מהמיזמים שבחסותה באופן זמין באינטרנט ללא תשלום[3].
מכתב לקרן ויקימדיה מטעם התובע הפדרליאד מרטין(אנ') ב-24.4.2025, אשר מתאר פעולות מצד הקרן שעלולות להפר את תנאי הטבות המס שלה כעמותה אמריקאית. למשל: מתן אפשרות לגורמים זרים לתמרן מידע בוויקיפדיה ולהפיץ תעמולה לציבור האמריקאי, באופן שמנוגד למטרה החינוכית המוצהרת של הקרן
כלתקציבה של קרן ויקימדיה מתבסס על תרומות של אנשים פרטיים וארגונים ברחבי העולם. עד 2010, במקרים מסוימים קיבלה הקרן תשלום עבור שימוש בסמלילי המיזמים שלה כשהדבר נעשה לשם קידום מיזמים של חברות וארגונים אחרים. חלק ניכר מהוצאותיה של הקרן הן על אחזקתחוות השרתים שמארחת את ויקיפדיה והאתרים האחרים שמופעלים על ידי הקרן.
לחבר הנאמנים של קרן ויקימדיה יש את הסמכות עליונה בכל עסקי וענייני הקרן, שמעסיקה כיום 550 איש ותקציבה השנתי 150 מיליון דולר. בראש חבר הנאמנים המונה עשרה חברים, עמד עד ספטמבר2006ג'ימי ויילס, מייסד ויקיפדיה. לאחר מכן החליפה אותופלורנס ניבאר-דבואר, שאותה החליף בשנת2008מייקל סנו. ביולי2010 נבחרהפיבי איירס לחבר הנאמנים במקום סנו והנאמן טינג צ'ן מונה כיו"ר החדש של הקרן. בשנת2012 נבחרה קאט וולש לתפקיד יושבת ראש חבר הנאמנים. באוגוסט 2013, עמד בראש חבר הנאמנים יאן-בארט דה וריידה. כיום יושבת ראש חבר הנאמנים היא נטליה טימקיב, ולה שני סגנים, אל שפי ושני אבנשטיין סיגלוב.
נכון לאמצע2015, קיימות ברחבי העולם 41 אגודות מקומיות (המכונות בלועזית "צ'פטרים" – מאנגלית: Chapters), אשר קיבלו הרשאה מקרן ויקימדיה לפעול תחתסימני המסחר שברשותה. הצ'פטרים הוקמו על ידימתנדבים מקומיים במטרה לקדם את ערכי היסוד של קרן ויקימדיה בתחום הפצת הידע והנגשתו, ולקדם מיזמים מקומיים. מיזמים מוכרים, המתקיימים באופן קבוע על ידי הצ'פטרים, הם לדוגמה כנסויקימניה ומיזמי "גלאם".
הצ'פטרים אחראים על תא שטח גאוגרפי. לרוב מדובר במדינה. כך למשל יש צ'פטרארגנטינאי וצ'פטרישראלי (הקרוי "עמותת ויקימדיה ישראל"). עם זאת, לעיתים אחראים הצ'פטרים על יחידות גאוגרפיות קטנות יותר, כגון הצ'פטרים שלהונג קונג,מקאו,ניו יורק ווושינגטון די. סי., שאינם מייצגים מדינות.
הצ'פטרים האזוריים הםעמותות עצמאיות, אך במקביל הם קשורים בחוזה לקרן ויקימדיה להסדרת השימוש בסימני המסחר של הקרן. חלקם תלויים כספית בתוכנית המענקים של הקרן. לאף צ'פטר אין שליטה על אתרי האינטרנט של הקרן, שהיא המפעילה הבלעדית של שרתי ויקיפדיה ושאר המיזמים, בכל העולם.
בשנת2013 אישר חבר הנאמנים של קרן ויקימדיה מודל חדש, שבו תתמוך הקרן ב"קבוצות נושאיות" (תמאטית; באנגלית: Thematic Organizations)[4]. על-פי ההחלטה, ויקימדיה תוכל לתמוך גם בארגונים עצמאיים הקיימים שלא למטרות רווח ופועלים לתמיכה במיזמי הקרן וקידומם בתחומי עניין ספציפיים. הכוונה ב"קבוצה נושאית" היא לארגון שלהבדיל מהצ'פטרים, לא יהיה קשורים לאזור גאוגרפי ספציפי, אלא יפעל לקידום הפצת מידע בנושא מסוים. ביוני אותה שנה הוכר ארגון ראשון כקבוצה נושאית: "Amical Wikimedia"[5]. קבוצה זו, שפעלה במשך חמש שנים עוד קודם להכרה בה על ידי קרן ויקימדיה, עוסקת בקידוםהשפה הקטלאנית במיזמי ויקימדיה.
מודל נוסף שאימצה קרן ויקימדיה לתמיכה בהתאגדויות מכונה "קבוצת משתמשים" ("User Groups")[6]. "קבוצת משתמשים" מוגדרת כקבוצה של משתמשי-ויקיפדיה, התומכת ומקדמת את מיזמי קרן ויקימדיה מחוץ למרשתת, לרוב באזור גאוגרפי מוגדר, ופועלת לאיסוף ופיתוח מידע חינוכי ברישיון חופשי. ההכרה בהתארגנות כ"קבוצת משתמשים" נעשית לאחר קבלת המלצתו של גוף מתנדבים הפעיל בקרן ונקרא "Affiliations Committee", ודורשת עמידה בתנאים המוגדרים מראש. עד לשנת 2015 זכו למעלה מ-30 קבוצות להגדרה זאת. בין קבוצות המשתמשים פעילה קבוצה ממצרים ובמאי 2015 הכירה קרן ויקימדיה גם בקבוצת משתמשים בשם "קבוצת המשתמשים ויקימדיהלבנט", המאגדת כותבים בוויקיפדיה מסוריה,לבנון,ירדן והרשות הפלסטינית[7].
