בצפון מזרחה שלאפריקה, על גדות נהרהנילוס, קמה לה אחת הציוויליזציות העתיקות ביותר בהיסטוריה האנושית –מצרים העתיקה. ראשיתה של התרבות המצרית העתיקה בערך ב-3150 לפנה"ס, באיחוד הפוליטי של תרבויות עמק הנילוס הגדולות תחת הפרעה הראשון, והיא התפתחה במשך שלושת אלפי השנים הבאות. ההיסטוריה שלה מחולקת למספרתורי זהב, הידועים כ"ממלכות", ובהן תקופות של חוסר יציבות יחסית הידועות כ"תקופות ביניים". עם סוף תור הזהב האחרון, הידוע כ"ממלכה החדשה", תרבות מצרים העתיקה החלה להדרדר, ומצרים נכבשה בידי כמה כוחות זרים. שלטונם של הפרעונים הסתיים רשמית ב-31 לפנה"ס, כאשרהאימפריה הרומית כבשה את מצרים ועשתה אותה לפרובינציה.
תרבות מצרים העתיקה הייתה מבוססת על איזון מבוקר של משאבי טבע ואדם תחת שלטונו של הפרעה, מנהיגים דתיים, ומושלים. התרבות המציאה חידושים רבים:השקיה מבוקרת של עמק הנילוס הפורה, ניצול של המינרלים בעמק ובאזורי המדבר הסובבים, התפתחות מוקדמת שלספרות ושלמערכת כתיבה עצמאית, ארגון של מיזמי בנייה וחקלאות קולקטיביים,מסחר עם האזורים הסובבים באפריקה ובמזרח התיכון, ומסעות צבאיים שהביאו לניצחון על צבאות זרים והבטיחו את הדומיננטיות המצרית באזור. הארגון והייזום של פעילויות אלה נעשה בידיבירוקרטיה שלסופרים, מנהיגים דתיים ומושלים תחת הפרעה האלוהי, שהבטיח את האחדות ואת שיתוף הפעולה שלהעם המצרי דרך מערכת מורכבת של אמונותדתיות.
בצפון מזרחה שלאפריקה, על גדות נהרהנילוס המרכזי, דרומית למצרים, בצפון שטחה של סודאן של ימינו, קמה לה אחת הישויות העתיקות ביותר בהיסטוריה האנושית –ממלכת נוביה. ראשיתה של התרבות הנובית בערך ב-3500 לפנה"ס. לממלכת נוביה הייתה השפעה עצומה עלמצרים העתיקה בפרט ועל המדינות הסובבות אותה בכלל. דבר זה התבטא בעיקר בסחר המוגבר שקיימה עם המדינות הסובבות אותה. ממלכת נוביהסחרה בזהב,נחושת,נוצותיען,הָבְנֶה ושנהב,סחורות אלו רכשה ממדינות אפריקאיות בפנים היבשת ומכרה אותם בעיקר למצרים.
שלטונם של מלכיבית תלמי, התאפיין ביריבויות קשות בין האצילים, ומתנגדים רבים הוגלו ונרצחו. המלכה האחרונה לבית זה הייתהקלאופטרה, שנודעה כמאהבתו שליוליוס קיסר ומאוחר יותר גם שלמרקוס אנטוניוס. קלאופטרה הצליחה לשמור על עצמאותה של מצרים, אך לאחר הפסדו של אנטוניוס בקרב אקטיום (31 לפנה"ס) וניצחונו של אוגוסטוס, היא התאבדה. לאחר מותה הקיץ הקץ על בית תלמי, ומצרים הפכה לפרובינקיה רומית.
באותה התקופה האזור עבר תהלכי עיור מתקדמים, ורבים מן השבטים נושלו מאדמותיהם. השגשוג של רוב ערי האזור היה תלוי בחקלאות. האזור אף כונה "אסם האימפריה", ונהג לייצא תבואה בכמויות גדולות לשאר חלקי האימפריה, בעיקר לאיטליה וליוון.יבולים אחרים שיוצרו באזור כללופירות,תאנים,ענבים ושעועית.
תחת השלטון הרומאי צפון באפריקה הייתהקהילה יהודית גדולה.
העידן הנוצרי בצפון אפריקה החל מעליית הנצרות בצפון אפריקה עם התנצרות האימפריה הרומית באופן רשמי בשנת 380 לספירה, ועד הכיבוש המוסלמי של האזור במאה ה-7.
במהלךהמאות ה-3 וה-4 קנתה לה הנצרות מעמד של בכורה באזור. בשנת 284 לספירה, התפלגה האימפריה הרומית לאימפריה לאימפריה מזרחית (האימפריה הביזנטית) ולאימפריה מערבית. כך היה גם בצפון אפריקה, והגבול באזור זה בין שתי המדינות עבר באמצע לוב של ימינו, כך שמצרים וקירנאיקה במזרח היו תחת שלטונה של האימפריה המזרחית, וחלקו המערבי של האזור (מערבלוב,תוניסיה,אלג'יריה ומרוקו של ימינו) היה תחת האימפריה המערבית.
במהלךהמאה ה-5 איבדההאימפריה הרומית המערבית את שטחי שלטונה במערב צפון אפריקה, ובמאה ה-7 איבדההאימפריה הרומית המזרחית את שטחי שלטונה במזרח צפון אפריקה. את הריק השלטוני באזור תפסו מספר שבטיםברברים אשר פרסו את חסותם באזור, לצד ערים אשר החלו צוברים כוח והשפעה. בשנים אלו המשיכה הנצרות להוות את הדת המשמעותית באזור.
הנצרות לא נשארה הדת השלטת בצפון אפריקה לאורך זמן. במהלךהמאה ה-7, במקביל להתפוררותה שלהאימפריה הרומית המזרחית, נכבש האזור בידיהאימפריה המוסלמית, ותושבי האזור, חלקם ברצון חלקם בכוח, התאסלמו וקיבלו את האסלאם כדת השלטת. דת זו היא הדת הרווחת באזור כמעט באופן מלא עד ימינו אלה. ימים אלו היו ימים של פריחהתרבותית באזור, אך עד מהרה, עם התמוטטותה של האימפריה המוסלמית, הוא שקע לסכסוכים בין שושלות מוסלמיות על השליטה באזור.
בשנת שלאחרימי הביניים, האזור (למעטמרוקו של ימינו) היה תחת שלטון האימפריה העות'מאנית והתאפיין בשליטה רופפת. השלטון העות'מאני התרכז בעריםאלג'יר,תוניס וטריפולי.
חזית צפון אפריקה במלחמת העולם השנייה, התאפיינה בהתקדמויות ונסיגות נשנות של שני הצדדים הלוחמים (בעיקרהגרמנים והבריטים). בספטמבר 1940 התקדמו כוחות איטליה מלוב, שהייתה בשליטה איטלקית, למצרים, שהייתה בשליטה בריטית. הכוחות הבריטיים בפיקודארצ'יבלד וייוול הצליחו להדוף את האיטלקים וכעבור חצי שנה לקחו בשבי כ-113,000 חיילים איטלקיים. במרץ 1941 נחתו בצפון אפריקה שתי דיוויזיות גרמניות ("קורפוס אפריקה") בפיקודו שלרומל. רומל הצליח להדוף את בעלות הברית לגבול לוב-מצרים, פרט לנמלטוברוק שבלוב, שנשאר כמובלעת שלבעלות הברית. הגנרל הבריטיאוקינלק החליף את ויוול בפיקוד על הזירה וניסה לתקוף את הגרמנים בנובמבר 1941. עד ינואר 1942 הוא התקדם עדבנגזי שבלוב, ושחרר את המצור עלטוברוק. אחר כך הוא נסוג. ביוני 1942 כבשומדינות הציר את טוברוק, והתקדמו עד לאזוראל עלמיין מזרחה לגבול המצרי-לובי.
