קבוצת צמחי זרע היא הצעירה ביותר מבחינהאבולוציונית, וגם בעלת המבנה המשוכלל ביותר בין קבוצות הצמחים המקבילות.
הופעת זרע כיחידת ההתרבות הביאה עמה שינויים נוספים המייחדים את צמחי הזרע:
אף על פי שחילוף הדורות מאפיין את כל סוגי הצמחים, אצל צמחי זרע הדור המיני (גמטופיט) מצומצם ביותר. דור זה מתקיים כולו על־גבי הספורופיט, ואילו האחרון הוא צורת ההתפתחות העיקרית במחזור.
בניגוד לצמחים חסרי הזרע, העברתגרגר האבקה הזכרי אל הביצית מתבצעת לרוב באמצעות רוח או בעלי חיים, ולא תלויה במים.
זרע הוא יחידת ההתרבות של הצמח. הזרע מורכב מקליפת זרע ועובר, ולעיתים מוקף ברקמת מזון. הזרע הואדיפלואידי, ומכיל את הכרומוזומים של שני ההורים. קליפת הזרע מקנה לזרע הגנה מפני תנאים סביבתיים קשים ונביטתו לרוב נעשית כשתנאי הסביבה משתפרים.
כל השינויים הללו פתחו בפני צמחי הזרע בתי גידול נוספים – בתי הגידול היבשים – ואפשרו להם "להשתלט" על הנוף היבשתי. "השתלטות" זו פתחה שלב באבולוציה שהתאפיין בעלייתם של יצורים נוספים על פני האדמה, עלייה שהתאפשרה בזכות הצמחים הללו.
נהוג לאחד את ארבע המערכות הראשונות לקבוצתחשופי הזרע (Gymnospermae). זרעם אינו כלוא בתוך שחלה, בניגוד לבעלי הפרחים, שנקראים לפיכך גםמכוסי הזרע (Angiospermae). צמחים חשופי הזרע פרימיטיביים יחסית למכוסי הזרע, ומקובל להניח שהאחרונים התפתחו מהראשונים.
