ראשיתו של הצבא המצרי המודרני היא בימיו שלמוחמד עלי, שליט מצרים במחצית הראשונה שלהמאה ה-19. הצבא הוקם בסיוע מדריכים מצרפת ובהנחייתם ננטשו המבנה ושיטות הלחימה שהיו נהוגות עוד מזמן השלטון הממלוכי ויושמו דפוסי ארגון ולחימה מערביים. הצבא המצרי זכה להצלחה במערכות בחצי האי ערב, בסודאן ואף ניצח אתהצבא העות'מאני בארץ ישראל ובסוריה.
בסיס כוח האדם של הצבא הייתה האוכלוסייה הפלאחית המצרית. בשלבים שונים שולבו בו גםטורקים ובדווים. בתקופת הח'דיווים צומצם היקפו של הצבא והוא הפך לחיל מצב. בזמןמרד עוראבי ב-1882 עמד הצבא לצד עוראבי, אך הוכה על ידיהצבא הבריטי בתל אל-כביר. במשך רוב שנות שלטונה של בריטניה במצרים היה הצבא המצרי נתון להשפעת הצבא הבריטי ורוב קציניו הגיעו משכבת האצולה המצרית. על רקע נטיית חלק מהקצינים המצרים לכיווןמדינות הציר, לא השתתף הצבא המצרי במאמץ המלחמתי הבריטי במלחמת העולם השנייה. במיוחד בלטה נטייה זו אצל הגנרל עזיז עלי אל-מסרי ובקרב חבורה של קצינים צעירים שהיו הגרעין שלמהפכת הקצינים החופשיים ב-1952.
ב-1948 נטל הצבא המצרי חלק מרכזי במלחמת העצמאות. הוא פלש לארץ ישראל וכבש את רובמישור החוף עדאשדוד ובמקביל חדר מזרחה לבאר שבע. בסוף המלחמה נהדף הצבא המצרי אל מעבר לקו הגבול הישראלי כשחטיבה שלו נותרה מכותרת בכיס פלוג'ה והיא שבה למצרים רק עם סיכוםהסכמי שביתת הנשק ב-1949. על לחימת הכוחות המצריים במלחמת העצמאות העיבו פרשות שחיתות ואספקת ציוד פגום שפגעו בכוחות הלוחמים. פרשות אלו היו אחד הזרזים להתארגנות "הקצינים החופשיים", שברובם נטלו חלק במלחמה ורבים מהם נמנו על מחזור 1938 באקדמיה הצבאית המצרית שהיה המחזור הראשון שבו שולבו קצינים מהשכבות העממיות. מנהיג הקצינים החופשיים,נאצר, השתתף בקרבות והיה בין הכוחות שנקלעו למצור בכיס פלוג'ה.
עד1955 עסק הצבא המצרי גם בתקריות גבול עם ישראל אך עניינו המרכזי היה השגת פינוי הבסיסים הבריטיים מתעלת סואץ, דבר שהתרחש ב-1954. ב-1955 נחתמהעסקת הנשק הצ'כית וזו הובילה למפנה בצבא המצרי. יחד עם קליטת הציוד הסובייטי הוחל בהרחבת תהליכי ההדרכה על פי הדוקטרינה הצבאית הסובייטית ובבניית מסגרות ארגוניות חדשות בצבא. מי שפיקד על תהליך ההתחמשות וההדרכה היה מפקד הכוחות המזוינים, הגנרלעבד אל-חכים עאמר שהיה באותה עת שותפו הקרוב של נאצר.
לאחר ההפסד שנחלה מצרים במלחמת סיני מולבריטניה, צרפת וישראל התעצם תהליך החימוש הסובייטי והגיע לשיאו בעת מעורבות מצרים במלחמת האזרחים בצפון תימן (שנמשכה מ-1962 ועד1970). ב-1965 מנה הצבא המצרי מעל ל-250,000 חיילים, מהם 70,000 שהיו ב"משמר הלאומי", אשר כלל שתידיוויזיותשריון, שש דיוויזיותרגלים (חלקןממוכנות) ודיוויזיה פלסטינית מוקטנת.
בקרבות שהיו בתימן סבל הצבא המצרי אבדות והתקשה להתמודד עםלוחמת הגרילה שהפעילו כנגדו הלוחמים הבלתי-סדירים של השבטים המלוכנים שבצפון תימן, וזאת, למרות ששלט ברוב שטחי הלחימה וברוב הדרכים העיקריות. בתימן עשה הצבא המצרי, בפעם היחידה עד עתה (נכון ל-2012), שימוש בקנה מידה נרחב בלוחמה לא קונבנציונלית כימית (לוחמת גזים).
הגידול בהיקף כוח האדם בצבא המצרי בסוף שנות ה-50 ובתחילת שנות ה-60, התאפשר על ידי הנהגתגיוס חובה, שבו כפו לעיתים על החיילים שירות בן שש שנים. גם חיל המילואים וצבא הקבע הוגדלו ולקציני הצבא הוענקו זכויות-יתר. הקצונה המשיכה להיות מזוהה עם המשטר הנאצריסטי ולכן לא נחשבה כמסכנת את המשטר, אלא כאחד מבסיסי הכוח שלו.
ביוני 1967, במלחמת ששת הימים, ספג הצבא המצרי תבוסה קשה מידיצה"ל. חלק גדול מחיל האוויר המצרי הושמד במבצע מוקד שפתח את המלחמה וגםחיל השריון המצרי ספג אבדות קשות. גם מבחינה מוראלית ספג הצבא המצרי מכה קשה. הוא איבד אתחצי האי סיני ונסיגת כוחותיו הפכה למנוסה ולא נזקפה לזכותו שום הצלחה ממשית בקרב כלשהו מול כוחות צה"ל.
בעקבות התבוסה, הודח חלק גדול מהפיקוד הבכיר, ובמיוחד הקצינים שהיו מקורביו של שר ההגנה,עבד אל-חכים עאמר, שהואשם בבגידה והתאבד. במקומם מינה נאצר קצינים שנחשבו כמקצועיים יותר כמועבד אל-מונעם ריאד שמונה כרמטכ"ל ומוחמד פאוזי, הרמטכ"ל לשעבר, שמונה כשר ההגנה שמשימתם הייתההבראת הצבא המצרי ממפלת 1967 והכנתו למלחמה שמטרתה הייתה החזרת שטחי סיני למצרים.
שיקום הצבא המצרי נעשה בנשק ובהדרכה של ברית המועצות, שהחזיקה במצרים באותן שנים צוותים גדולים של מדריכים. קו החזית מול ישראל בתעלת סואץ חולק לשתיארמיות: הארמייה השנייה והארמייה השלישית. הוגבר מאוד מערך ההגנה האווירית על ידי הצטיידות בסוללותטילי קרקע-אוויר מדגמיSA-2 ו-SA-3. כמו כן, חוזק חיל האוויר שקיבל מטוסים חדישים ומספר המטוסים בו עלה מ-430 ב-1967 ל-560 ב-1973.
ביחידות השדה גדל בצורה משמעותית מספרם של הקצינים בעלי השכלה אקדמאית וניתן דגש בצבא למערך ההדרכה וההשתלמות ולנושא ההשכלה בכללותו. במשך שנותמלחמת ההתשה נמשכה התעצמות הצבא המצרי וב-1973, ערבמלחמת יום הכיפורים הוא מנה 650,000 חיילים. הכוח הלוחם מנה 14 דיוויזיות, מתוכן ארבע דיוויזיותנ"מ. גםחיל הים המצרי התעצם והתחמש בספינות טילים מסוגאוסה וקומאר שהצליחו להטביע באוקטובר 1967 את המשחתת הישראליתאח"י אילת.
בשנים שלאחר מלחמת יום הכיפורים לא גדל הצבא המצרי בהיקפו אך נעשה מאמץ לגוון את מקורות הנשק שלו ולא להתבסס רק על נשק סובייטי. אחרי המלחמה רכשה מצרים מערכות נשק בריטיות וצרפתיות והמשיך התהליך של קידום קצינים בעלי רמה מקצועית גבוהה.
ב-1978 כרתה מצריםהסכם שלום עם ישראל,הסכם קמפ-דייוויד, ונעשתה לבעלת-ברית שלארצות הברית. הצבא המצרי החל להסתמך יותר ויותר על נשק מערבי, והצבא המצרי אף מתאמן באופן קבוע באימונים משותפים עםצבא ארצות הברית. לאחר הירצחו של הנשיאאנואר סאדאת תפס את מקומו סגנוחוסני מובארכ, שהיה בעברו מפקד חיל האוויר. הצבא נותר גורם רב-השפעה בפוליטיקה המצרית.
מצי שכלל 16 צוללות מיושנות מסוג רומיאו נותרו למצרים 4 בלבד, ה-4 הללו שנמסרו על ידי הסינים בשנות ה-80 עברו שדרוגי מערכות נשק ומערכות מכ"ם וסונאר באמצע שנות ה-90.
תפקידיו המרכזיים הם: הגנת המדינה מהתקפה אפשרית של האויב ואיסוף מידע על יכולות האויב, תכנון ותיאום עם המשטרה הצבאית לאבטחת מתקנים ובסיסים של צבא מצרים,אבטחת מידע בצבא המצרי, ביון נגדי, איסוף מידע על צבאות האויב, שמירה עלמשמעת ונאמנות של קצינים וחיילים ושיתוף פעולה עם חֵילות מודיעין של צבאות אחרים למען הביטחון הלאומי של מצרים.
זכריא מוחי א-דין היה ראש המודיעין הצבאי הראשון וכיהן בשנים 1952–1953. בין השנים 1966 ל-1969 עמד בראש המודיעין הצבאי המצרי פריקמוחמד אחמד סאדק.[8] לפנימלחמת ששת הימים התמקד המודיעין המצרי בעניינים פנימיים כמו זיהוי גורמים שיכולים להתנגד למשטר. בשל חוסר המיקוד בגורמי חוץ ובישראל, בשל בעיות תיאום עםהמודיעין הכללי של מצרים, והודות לתוכנית הונאה ישראלית, נחל המודיעין הצבאי המצרי כישלון במלחמת ששת הימים.
ב-1968 הוקמה מנהלת לחימה אלקטרונית שהפעילה פעילותאלינט וסיגינט שהתבססו על ציוד סובייטי[9].
בתקופת מלחמת ההתשה הפעילו המצרים את "ארגון סיני הערבי" שהתבסס על בדואים ותושבים מעזה להשגת יומינט (מודיעין אנושי).
כוחות א-סאעקה (בערבית: قوات الصاعقة) היא יחידת הכוחות המיוחדים של הכוחות המזוינים של מצרים. היחידה נוסדה בשנת 1955 והיא הכוח בעל הרמה הגבוהה במיומנויות של הצבא המצרי. ייעודה הוא לבצע מבצעים מיוחדים, ולכן היא מאורגנת, מצוידת ומאומנת ביחידות רב-תכליתיות. כוחות א-סאעקה כוללים יחידותסיור מיוחד כוחות צנחנים, לוחמה בטרור, התערבות ויחידות טקטיות אחרות הפועלות התומכות במבצעים משולבים עם יחידות אחרות.
לכוחות המזוינים השפעה גדולה מאוד על היבטים רבים בחברה המצרית, החורגים מתחום תפקידו הטבעי של צבא במדינה. הצבא עוסק לא רק בתפקידי לוחמה גרידא, אלא אף מעורב בצורה מהותית בפוליטיקה, כלכלה, יחסי חוץ ותחומים נוספים בהתנהלותה של מצרים כמדינה.מהפכת הקצינים החופשיים העמידה בראש המדינה את אנשי הצבא שעברו הסבה לתפקידים אזרחיים. בעקבותההפיכה במצרים (2011) מפקד הצבא הפילדמרשלמוחמד חוסיין טנטאווי, כיהן כראש המדינה עד שנבחרמוחמד מורסי לנשיאות. בנוסף, הנשיאעבד אל-פתאח א-סיסי היה, טרם היבחרו לנשיאות, שר ההגנה בממשלת מצרים, יושב ראש המועצה העליונה של הכוחות המזוינים ומפקד צבא מצרים.