שטחה של צ'וקוטקה עשיר במשאבי מים. ישנם יותר מ 8,000 נהרות שאורכם עולה על 10 ק"מ, רובם נהרות הרים. הנהרות העיקריים הם אנאדיר, אומולון, וליקאיה,אמגואמה, בולשוי ומאלי אניואי. האגמים הגדולים ביותר הם קרסנוי, מייניט,פקולנייסקו ואגםאלגיגיטגין הייחודי, אשר מחקרם מאפשר לאנשים להבין מה היה האקלים בכדור הארץ לפני אלפי שנים[1]. בחלק המרכזי של המחוז ממוקמיםהרי צ'וקוטקה.
החורף נמשך כ-10 חודשים עם טמפרטורה של עד 40מעלות מתחת לאפס. בקיץ הטמפרטורה מגיעה לכ-10 מעלות מעל האפס.
עד לפני כ-100,000 שנים אזור צ'וקוטקה היה מכוסה בשכבת קרח עבה במשך מיליוני שנים[2].
התושבים הראשונים באזור היו ציידים פליאו-סיבירים שהגיעו לצ'וקוטקה ממרכז ומזרח אסיה. האזור היה אז חלק מהגשר היבשתי שלברינגיה, שאיפשר הגירה של בני אדם ליבשת אמריקה (כ-50,000 עד 10,000 לפנה"ס).
לאחר שהרוסים כבשו אתחאנות קאזאן ואסטרחן במאה ה-16, נפתחו נתיבי המסחר לאורל,סיביר ומרכז אסיה לנסיעות, וסוחרים וקוזקים נעו מזרחה. הקוזקים בנו מבצרים במקומות אסטרטגיים והכפיפו את הילידים לצאר.
במהלך המחצית הראשונה שלהמאה ה-17 הגיעו הרוסים עד לצפון-מזרח האזור. בשנת1641, יש תיעוד ראשון של התייחסות לצ'וקצ'ים שנעשתה על ידי הקוזקים. בשנת1649 חקר, החוקר הרוסי סמיון דז'ניוב, את החוף הצפון-מזרחי והקים מגורי חורף בחלק העליון של נהר אנאדיר, שהפך ליישוב המבוצר אנאדיירסק. דז'ניוב ניסה להכניע את צ'וקצ'ים ולדרוש מיסים במהלך עשר השנים הבאות, אך לרוב לא הצליח. בסופו של דבר, המבצר ננטש, בגלל תנאי הצפון הקשים ומחסור בחיות ציד למאכל.
בסוף המאה ה-17 חזר המבצר לחשיבות מסוימת, כאשר נתגלה דרך הים מאנאדירסק לקמצ'טקה. הוא שימש כבסיס היערכות למשלחות לקמצ'טקה וכל שאר המבצרים וההתנחלויות הוכפו לאנאדירסק. כאשר התגלה עושר משאבי הטבע שלקמצ'טקה, ממשלת רוסיה החלה להעניק לאזור הצפון-מזרחי הרחוק תשומת לב רצינית יותר. בשנת1725 הורה הצארפיוטר הגדול לויטוס ברינג לחקור את קמצ'טקה ואת אפנסי שסטקוב כדי להוביל משלחת צבאית להכניע את הצ'וקצ'ים. משלחת זו נכשלה כאשר ספינתם נטרפה והניצולים, כולל שסטקוב, נהרגו על ידי הצ'וקצ'ים.
בשנת1731, דמיטרי פבלוצקי ניסה שוב, בסיוע קוזקים, יוקאגרים וקוריאקים (שבטים סיביריים ילידים שהוכפפו קודם לכן לרוסיה) לכבוש את האזור. פבלוצקי הפליג במעלה נהר אנאדיר והרס את חיל המצב הצ'וקצ'י באוקיינוס הארקטי. לשיטות האכזריות שלו הייתה הצלחה מוגבלת כנגד כמה שבטים צ'וקצ'ים. אבל בשנת 1747, הביסו הצ'וקצ'ים את הגדוד הרוסי והרגו את פבלוצקי.
כשהבינו שלא בקלות ניתן להכניע את הצ'וקצ'ים באמצעים צבאיים, שינו הרוסים טקטיקה והציעו לצ'וקצ'ים אזרחות באימפריה הרוסית.הסכם שלום נחתם ב-1778, שבו פטורים הצ'וצ'ים מתשלום מיסי יאסק(אנ').
באותה שנה, הקפטן הבריטיג'יימס קוק מסע מחקר בקייפ נורת' (כיום קייפ שמידט) ובמפרץ פרובידנס. מתוך חרדה שמעצמות אירופיות אחרות יכבשו את האזור, ציוותה הצאריתיקתרינה השנייה לחקור ולמפות את האזור. החל משנת 1785, משלחת בראשות ג'וזף בילינגס וגבריל סאריצ'ב מיפתה את חצי האי צ'וקצ'י, החוף המערבי של אלסקה והאיים האלאוטיים. לאחר מכן, בין השנים 1821–1825, פרדיננד פון וראנג'ל ופיודור מתיושקין הובילו משלחות לאורך חופי הים הסיבירי המזרחי וחקרו את הנהרות קולימה, אניוי הגדול והאניוי הקטן.
צ'וקוטקה נותרה בעיקר מחוץ לשליטתה שלהאימפריה הרוסית וכתוצאה מכך מעצמות זרות אחרות (ארצות הברית,בריטניה ונורווגיה) החלו לצוד ולסחור באזור מ-1820 לערך ואילך. לאחררכישת אלסקה בידי ארצות הברית בשנת1867, ציידי לווייתנים וסוחרים אמריקאים הרחיבו את פעילותם אל צ'וקוטקה וההשפעה זרה הגיעה לשיאה. עד 1880, הרוסים הגיבו על ידי הקמת סיורי חוף כדי לעצור ספינות אמריקאיות ולהחרים את רכושן. ובשנת1888, האזור המנהלי של אנאדיר נוצר. עם זאת, השליטה הרוסית פחתה שוב ובסביבות שנת1900, זרם גדול של זרים נכנס לצ'וקוטקה, שפותו להגיע לאזור על ידי הבהלה לזהב ביוקון החל משנת1898.
בשנת1909, על מנת לשמור על האזור בשליטה רוסית, נוצרו שני מחוזות בתוך אזור אנאדיר: המחוזות אנאדיר וצ'וקוטקה. ממשלת רוסיה העניקה הקלות לחברות זרות כמו חברת האדסון ביי וחברת צפון מזרח סיביר האמריקאית, שקיבלה זכויות כריית זהב, ברזל וגרפיט בכל צ'וקוטקה בשנים1902–1912.
במיוחד האי וורנגל היה נתון לתביעות של ארצות הברית וקנדה. בשנת1916, הרוסים תבעו רשמית את האי הבלתי מיושב. אבל בשנת 1921, מתיישב הקנדי עשה ניסיון רציני לתבוע אותה עבור קנדה על ידי אכלוסה ובניית יישוב קטן. קבוצה נוספת הגיעה ב-1923, אך שנה לאחר מכן, הסובייטים כבשו לצמיתות את האי, הוציאו את התושבים שנותרו, ובכך הפסיקה כל השפעה מערבית באזור.
בתקופה הסובייטית משנת 1919 ואילך, האזור היה נתון לקולקטיביזציה ויישוב מחדש של הילידים. עם זאת רוב התושבים המשיכו להיות בני העם הצ'וצ'י[3].המחוז האוטונומי הוקם ב-10 בדצמבר1930.
כשגרמניה הנאצית תקפה אתברית המועצות ב-1941, נעשה מאמץ נרחב להתחיל בייצורבדיל במהירות האפשרית בצ'וקוטקה. הכרייה התפתחה במהירות, והתעשייה הזו הפכה לבסיס הכלכלי של המחוז. גם במהלך המלחמה גילו גאולוגים עתודות גדולות של זהב שכרייתו החלה בשנות ה-50 של המאה ה-20.
ב-11 בנובמבר1991 מונה המושל הראשון אלכסנדר נזרוב על ידינשיא רוסיהבוריס ילצין. בתקופת ממשל נזרוב חלה ירידה חדה בייצור התעשייתי במחוז, רוב יישובי הכורים חוסלו. אוכלוסיית צ'וקוטקה ירדה מכמעט 164,000 איש בשנת 1989 ל-54,000 בשנת 2002. במהלך כהונתו התקבלה אמנת המחוז הקובעת שהמושל יבחר בבחירות ישירות.
בשנת2000, במהלך מסע הבחירות מחדש של נזרוב, הוא זומן לחקירה על ידי שירות משטרת המס הפדרלית. זמן קצר לאחר מכן הסיר את מועמדותו. במקביל הודיע האוליגרךרומן אברמוביץ' על כוונתו להתמודד על התפקיד. עוד לפני שנבחר אברמוביץ' הקים קרן צדקה למימון פיתוח המחוז[5]. אברמוביץ' זכה בבחירות ב-91% מהקולות[6]. בתקופת כהונתו כמושל השקיע אברמוביץ' מאות מיליוני דולרים בפיתוח המחוז[7].
בינואר2004, פתח מבקר המדינה של רוסיה,סרגיי סטפאשין, חקירה נגד אברמוביץ' על התנהגותו המוסרית והכספית כמושל מחוז צ'וקוטקה. דוברו של אברמוביץ' מסר שהחקירה תגלה כי "צ'וקוטקה היא בין המחוזות שנוהלו בצורה הטובה ביותר ברוסיה". החקירה נפתחה לאחר שאברמוביץ' רכש את קבוצת הכדורגל האנגליתצ'לסי, עבר לגור בלונדון ולא שהה כמעט במחוז[8].
הכהונה השנייה של אברמוביץ', החל מ-2005, הייתה מינוי ישיר של הקרמלין, ולא נערכו בחירות. בדצמבר 2006, הודיע על כוונתו לפרוש מתפקידו[9], אךולדימיר פוטין דחה את בקשתו לפרוש[10]. הוא המשיך לכהן בתפקיד עד 2008[11]. בפברואר 2008 רכש אברמוביץ' תמורת 400 מיליון דולר, נתח של 40% בחברת הכרייה הרביעית בגודלה ברוסיה, "היילנד גולד מיינינג"[12]. שאחד ממכרות הזהב המרכזיים שלה שוכן במחוז צ'וקוטקה[13].
כ-67% מאוכלוסיית המחוז מתגוררת בערים. בעיר הגדולה - אנדיר מתגוררים כ-11 אלף תושבים. הרוסים מהווים כ-49.6% מאוכלוסיית האזור. עמי הצפון השונים מהווים כ-31% מהאוכלוסייה. במהלך 20 שנים אחרונות אוכלוסיית המחוז קטנה בכ-100 אלף תושבים.
האנשים הראשונים הגיעו לצ'וקוטקה לפני עשרות אלפי שנים בתקופת האבן. אלה היו ציידים פרימיטיביים מאזורים דרומיים יותר במרכז ומזרחאסיה. באותם הימים הטונדרה של צפוןמזרח אסיה ואלסקה היו אזור טבעי עם יערות, עדריממותות,קרנפים צמרירים,ביזון, ואיילים.
הרשות המחוקקת היא "דומה של מחוז אוטונומי צ'וקוטקה" שכוללת 15 חברים. בראש המחוז עומד מושל שנבחר ל-5 שנים. בשנים2000/2008רומן אברמוביץ' כיהן כמושל. בספטמבר2023 לתפקיד נבחר ולדיסלב קוזנצוב.
מבחינה אדמיניסטרטיבית החבל מחולק ל-6ראיונים ועיר בעל חשיבות מחוזית.
התחבורה העיקרית באזור הם נתיבי שייט ותחבורה אווירית.
באזור לא קיימתמסילת ברזל ציבורית. באזור המכרות הוקמו כמה מסילות ברזל לצרכים פנימיים.
רוב הכבישים הבין-עירוניים באזור מתאימים לנסיעה רק בתקופת החורף. בשנת2012 החלה בניית כביש קולימה-אנדיר שצריכ לקשור את האזור ליתר חלקי ברית המועצות. נכון לשנת2024 נבנו כ-25 ק"מ מאורך כולל של כ-600 ק"מ ועתיד הפרויקט אינו ברור.
בכול יישוב משמעותי באזור קיים שדה תעופה.
לאורך החופים נבנו 5נמלים להעברות סחורות ונוסעים. הם מהווים תחנות בנתיב הים הצפוני.
