לרו כתב את הסיפור כרומן בלשי רווי מסתורין, שפורסם בהמשכים בעיתונות הצרפתית. הספר בנוי כחקירה בלשית אותה עורך לרו, וכולל שיחות עם הדמויות השונות ששרדו, כאשר כל אחת מספרת את נקודת המבט שלה ולפעמים הן מצטלבות. הספר שוזר בתוכו פרטים בדיוניים ופרטים אמיתיים, ונכתב במידת מה כאגדה אורבנית.סיפורו של לרו זכה להצלחה גדולה שנפחה בדמויות ובעלילה חיים שמעבר לסיפור המקורי.
מספר סופרים אחרים כתבו את גרסאותיהם לסיפור (הידוע בהם הוא הרומן "פנטום" שלסוזן קיי). אחרים כתבו ספרים המפגישים את הפנטום עם דמויות אחרות (ביניהן נמצא גם הבלש הידועשרלוק הולמס), המשכים לעלילת הפנטום (למשל:הפנטום של מנהטן מאתפרדריק פורסיית') וכן סיפורים הנוטלים השראה מעלילת הפנטום.
שלוש יצירות זכו למעשה להפוך לעלילה הקנונית של "פנטום האופרה".הראשונה שבהן היא הספר המקורי מאתגסטון לרו.השנייה היא הרומן "פנטום" שנכתב על ידיסוזן קיי (Susan Kay) ומהווה סיפור-מחדש של קורות חייו של אריק (הוא הפנטום). אף על פי שהם נבדלים זה מזה במספר פרטים, המחקר המקיף שביצעה קיי על התרבויות בהן חי הפנטום והפרשנות המרגשת שלה לעלילה ולמניעי הדמויות, הפכו אותו למקובל כמעט על כל המעריצים ושוחרי הפנטום כתיעוד הקנוני של חייו.היצירה השלישית היא המחזמר "פנטום האופרה" מאתאנדרו לויד ובר. עלילת המחזמר מבוססת על הספר של לרו אך מספר פרטים שונו בה על מנת להתאימה לעיבוד בימתי (למשל: השמטת דמותו של הפרסי). עלילת המחזמר והמשכיו מהווה מעין "יקום מקביל" לסיפור הפנטום עם המשכיות משלו. בשל ההצלחה חסרת התקדים של המחזמר, לא מעט יצירות, בהןסיפורת מעריצים, מבוססות דווקא על עלילת המחזמר ולא על עלילת ספרו של לרו. המוזיקה של המחזמר של אנדרו לויד ובר הפכה למזוהה ביותר עם הפנטום.
העלילה מתרחשת בשנת1881 בבית האופרה "לה גרנייה" (שנבנה בשנים1857–1874) שלפריז. זהו מבנה מפואר בעל עשרות קומות, מרתפים עמוקים ומפותלים, אלפי מסדרונות וגג עם מאות חבלים, פיגומים וגשרי עץ, ואפילואגם תת-קרקעי. במרתפי הקומפלקס המפואר שוכן לו יצור מוזר ומסתורי,פנטום – מעיןרוח רפאים, שכולם נאלצים להשלים עם קיומו וכל חברי בית האופרה חיים בפחד מתמיד ממעשיו ומדרישותיו. מדי פעם הוא מביע את דעתו על הזמרות הראשיות ודורש שישמרו לשימושו, בכל מופע את תא מספר 5. הוא גם מקבל שכר על פועלו, שכן הוא דורש מהנהלת בית האופרה: "עשרים שטרי כסף בני אלף פרנק כל אחד". מנהלי האופרה הקודמים העדיפו לא להסתבך עמו ועם נקמתו הכואבת, ונענו לדרישותיו, כאשר את התיווך ביניהם ביצעה עובדת ניקיון בשם מאדאם ז'ירי, שזכתה לאמונו של הפנטום.
אמי רוסום ככריסטין דָאֵי, אהובתו שלאריק, פנטום האופרה, מתוך הסרט המוזיקלי מ-2004
הכל משתנה כאשר לאופרה מגיעים זוג מנהלים חדש, שלא מוכנים להשלים עם הרוח המסתורית והסחטנית. במקביל, ללהקת הבלט של האופרה מצטרפתזמרת חדשה, צעירה, מוכשרת ויפהפייה בשםכריסטין דָאֵי (Christine Daaé). כריסטין היא בת לכנר מפורסם ממוצאשוודי, שסיפר לה בילדותה אגדות על "מלאך המוזיקה" שישלח אליה לאחר שהוא ימות. כריסטין תמימה וחולמנית, עדינותה וכן רגישותה כובשות את לבו של הפנטום הכמה למלאך שיגלה כלפיואהבה.
הפנטום מתאהב בה מיד ומחליט לקחת אותה תחת חסותו. הוא מנצל את שליטתו במעברי הסתרים שעוברים בכל המבנה המפואר כדי לדבר אליה דרך הקירות ולהציג את עצמו כ"מלאך המוזיקה" שאביה שלח על מנת ללמד אותהזמרה ופיתוח קול. תחת הדרכתו של הפנטום, שבנוסף להיותומהנדס מוכשר הוא גםגאון מוזיקלי, כריסטין הופכת לזמרת שמיימית. באמצעות איומים וחבלה הוא מסלק מהאופרה את ה"פרימה דונה" (הזמרת הראשית) קרלוטה הדיווה ומשיג לכריסטין תפקיד ראשי באופרה החדשה. כריסטין לוקחת את ההזדמנות בשתי הידיים ונהפכת לכוכב הזוהר החדש בשמי האופרה. היא זוכה לתשואות עצומות מצד הקהל ובפרט לחיזורים מצדראול הוויקונט דה-שאניי (Raoul the Vicomte de Chagny), חבר ילדות בו הייתה מאוהבת.
הפנטום, שלא מרוצה מחיזורי הוויקונט הצעיר, מחליט לקחת את כריסטין למסע חלומי אל מקום משכנו הגותי, אותו הוא מרפד במוזיקה השמיימית והמהפנטת שהלחין. הוא לוקח אותה אל ביתו שנמצא בקצהאגם תת-קרקעי במרתפי האופרה. הפנטום נכסף ליום שבו המוזיקה שלו תהיה חלק מכריסטין, שהיא תפרח ותצליח, אבל בעיקר שתהיה אהובתו. שם הוא חושף את עצמו בשמו –אֶרִיק (Erik) – ומתוודה לפניה עלאהבתו כלפיה. כריסטין מגלה במהרה ש"מלאך המוזיקה" שלה איננומלאך אלאאדם בשר-ודם, ובמהרה מגלה גם את הצדדים הפחות יפים שבו. בפרט, כאשר אריק שר בפניה את שיר האהבה שהלחין במיוחד בשבילה היא מורידה את המסכה מפניו של הפנטום ורואה את פניו המעוותות והמכוערות, דבר הגורם לפנטום לאבד את עשתונותיו. מאוחר יותר, תיארה כריסטין בפני ראול את הרגע המזעזע:
כן! אפילו אחיה מאה שנים, לא אחדל לשמוע את הזעקה הלא אנושית של צער וזעם, שנפלטו מפיו כאשר החיזיון הנורא נגול לעיני, שעה שפי נשאר פעור אך לא השמיע קול.
הוי, ראול, איזה מראה נורא! כשם שזעקתו לא תחדל להדהד באוזניי, כך לא יחדלו עיני לראות את פניו! איזה פנים! ראול, בוודאי ראית גולגולות של מתים אשר יבשו והצטמקו במהלך השנים...
—כריסטין דאי, עמ' 99 בתרגום אריה חשביה
כריסטין זועמת על כך שאריק התחזה למלאך, ניצל את תמימותה וגרם לה לפתוח את לבה ונפשה כלפיו. היא דורשת ממנו לשחררה לחופשי. אריק מצהיר שוב על אהבתו כלפיה ומסכים לשחררה כעבור חמישה ימים, אך רק בתנאי שתישבע לחזור אליו מרצונה החופשי ולא להתאהב באדם אחר. לבסוף הוא מחזיר אותה בחזרה אל האופרה, כדי שלא ירגישו בחסרונה והיא תוכל להמשיך לככב על הבמה.כריסטין מסכימה לשבועה וחוזרת אליו מתוךרחמים, אך מתאהבת במחזרה הצעיר והיפה, ראול. היא נקרעת בין ההבטחה למורה שלה, המלחין הגאון אך מעורר-הרחמים, לבין אהובה היפה ומלא התשוקה.
בינתיים, הנהלת האופרה החדשה מחליטה לא להיכנע לסחטנות הפנטום, ולמרות הצלחתה של כריסטין משבצים שוב את קרלוטה בתפקיד הראשי. הפנטום מחליט ללמד אותם לקח ובעזרת אמצעי לא ידוע – מה שגורם לקהל ולצוות להיראות כעל-טבעי – גורם לקרלוטה לקרקר באמצע ההופעה ולכך ש"שירתה הנוראה עוד תפיל את הנברשת" כפי שהפנטום איים בקול רם. הנברשת שמתרסקת גורמת למהומה רבתי ולמותה של עובדת אחת, שהייתה אמורה להחליף את מאדאם ז'ירי - לאחר שזאת פוטרה בשל "טירופה".
כריסטין אחוזת האימה מבינה ש"מלאך המוזיקה" שלה הוא רוח הרפאים של האופרה, שלא בוחל גם ברצח כדי להשיג את מטרותיו. היא מתנחמת בזרועותיו של ראול שמבטיח להגן עליה. השניים מחליטיםלהתארס בסתר ולברוח מאימתו של אריק הפנטום. כריסטין מודיעה לראול שהם יברחו מיד אחרי הופעתה בתורמרגריטה באופרה "פאוסט". (במחזמר של ובר כריסטין מופיעה באופרה "דון חואן המנצח" בתור פיתיון לפנטום, על מנת שהמשטרה תלכוד אותו.)
הפנטום מגלה את בגידתה של כריסטין, מתמלא בזעם ומחליט לנקום. הואחוטף את כריסטין על הבמה, בזמן הופעתה האחרונה בבית האופרה כמרגריטה באופרה "פאוסט" (במחזמר של ובר, כריסטין נחטפת בזמן השיר "נקודת האל-חזור" באופרה שכתב הפנטום "דון חואן המנצח"). במהלך ההופעה כריסטין שרה:”מלאכים קורנים, מלאכים זכים, נפשי נכספת לנוח בשחקים!” האור מתעמעם במהירות עד לחושך מוחלט ולאחר שנייה שב על כנו, אך כריסטין לא נראית בשום מקום - היא נחטפה בידי הפנטום.
ראול עוקב אחריהם, אל מעמקי המרתפים ומעבר לאגם התת-קרקעי, באמצעות הדרכתו של זר מסתורי הידוע בתור "הפרסי", אשר הכיר את הפנטום לפני הגיעו לאופרה. ברם, ראול נופל קורבן לאחת ממלכודותיו המתוחכמות של אריק ונאלץ להקשיב בחוסר-אונים לשיחה בין אריק לכריסטין. במלכודת העינויים של אריק, משתבשת דעתו של ראול, והמלכודת מתחילה להשפיע עליו. באותו רגע לוקח הפרסי את משימת ההצלה על כתפיו, ומכאן והלאה הסיפור מסופר מנקודת מבטו. אריק המיואש מציב בפני כריסטיןאולטימטום: עליהלהינשא לו - או שהואיפוצץ את בית האופרה ויהרוג את ראול ואת שאר הנוכחים בבית האופרה.ברגע האחרון, כריסטין בוחרת להינשא לפנטום ולהציל את בחיר ליבה – ראול. הפנטום ממלא את חלקו בהסכם ומושך ידית שגורמת לנחשול מים להציף את חומר הנפץ, ביחד עם המלכודת שבה לכודים הפרסי וראול.
לאור זאת שהסיפור מסופר מנקודת מבטו של הפרסי מכאן ואלך, הפרסי וראול מתעלפים, ובקטע הבא הם נמצאים בביתו של אריק, כאשר כריסטין עומדת בצד ובשקט, ואריק מטפל בראול ובפרסי. הפרסי מוחזר לביתו, ורק בהמשך מתוודעים למצבו של ראול. אריק מגיע לבית הפרסי כאשר נהיה כבר מבוגר וחלש, ומספר לו על כל המאורעות לאחר שהחזיר את הפרסי לפתח ביתו. אריק מספר לפרסי על כך שכריסטיןנישקה אותו – דבר שהוא מעולם לא זכה לו עקב קורות חייו הטראגיים ופניו המעוותות – ולאור זאת שהוא עמד למות מאהבתו אליה, הוא ביקש שתיקח אתטבעת הזהב הקטנה ובעזרתה תינשא לראול, וכאשר הואימות,תקבור אותו ביחד עם הטבעת שנתן לה כאות לאהבתו.
בסיכום של הספר בידי לרו, הוא כותב:
היה לו לב גדול, שהיה יכול להכיל עולם ומלואו - אך בסופו של דבר היה עליו להסתפק במרתף. אכן, יכולים אנו לרחם על פנטום האופרה!
אָרִיק "פנטום האופרה" (Erik) – הגיבור הראשי של הספר,מהנדס ומוזיקאיגאון בעל פנים מעוותות שמתחבא במרתפי האופרה גרנייה ומטיל את חיתתו על המקום בדמותרוח רפאים. מתאהב בזמרת הסופרן הצעירה כריסטין דאי ומעניק לה שיעוריזמרה ופיתוח קול.
כריסטין דָאֵי (Christine Daaé) –זמרתסופרן צעירה, יפה, תמימה ומוכשרת בה הפנטום מתאהב. בתו שלכנרשוודי מפורסם וחברה בלהקת הבלט של האופרה. בזכות עזרתו של הפנטום היא הופכת לכוכבת עולה בשמי האופרה.
הוויקונט ראול דה שאני (Vicomte Raoul de Chagny) –ויקונטצרפתי יפה תואר וחבר ילדות של כריסטין. השניים מתאהבים זה בזה.
הפרסי / דארוגה – אדם מסתורי מהעבר של אריק, חבר במשטרה החשאית של השאה הפרסי.
הרוזן פיליפ דה שאני (Comte Phillipe de Chagny) – אחיו הגדול של ראול, ואחד מפטרוני האופרה.
ארמאנד מונשרמן ופירמן רישאר (Armand Moncharmin and Firmin Richard) – המנהלים החדשים של האופרה.
מאדאם ז'ירי (Madame Giry) – עובדת באופרה האחראית על תאי הצפייה, אמה של מג ומשמשת כמתווכת בין הפנטום למנהלים.
פנטום האופרה הוא בעצם אדם, ששמו הואאריק (Erik). ברומן של לרו אין פירוט היסטורי שלם של קורות חייו של הפנטום, אלא רק שברי זכרונות ועדויות של אנשים שונים.
הפרסי, למשל, נזכר בתקופה בה אריק הועסק בחצר השאה שלפרס, ופריחתו של הארמון במזנדרן. הארמון הכיל תא עינויים מתוחכם שתכנן אריק, והשאה והסולטאנה הקטנה ניצלו זאת לענות ולהרוג קורבנות רבים. הארמון נבנה בצורה כזאת שאף לחישה איננה פרטית, וכל אוושת קול נשאת אל מקומות נסתרים, ואי-אפשר לדעת מי מאזין למה. דבר זה היה בעל חשיבות רבה בחצר מלאת התככים של השאה. את כל המבנה הזה תכנן אריק והשאה פחד שאריק יפנה את גאוניותו כנגד והורה להוציאו להורג. הפרסי, שהיה Daroga - ראש המשטרה של הארמון, סייע לאריק להימלט, אחרי שאריק הציל פעם את חייו. בסופו של דבר עברו שניהם להתגורר בפריז וקיבלו תשלום חודשי נאה מהשאה על מנת לשמור על שתיקה.
אף שלרו לכאורה מספק רק סקירה שטחית על העבר של אריק, קורות חיים יותר עמוקות קיימות במספר צורות, בהתבסס על מה שאנו למדים מהרומן של לרו. הגרסה "הרשמית" המקובלת ביותר להיסטוריה של אריק הוא הרומן "פנטום" שנכתב על ידיסוזן קיי (Susan Kay). הרומן של קיי מספר את קורות חייו של אריק, מלידתו ועד למותו במרתפי האופרה.
לפי הרומן של קיי, אריק נולד בעיירה קטנה לא רחוק מרואן לאדריכל גאון ומפורסם. אריק נולד כתינוק שפניו התעוותו כתוצאה ממום בלידה וכתוצאה מכך אמו שנאה אותו והתנכרה לו. אביו מת בטרם נולד. היא סירבה אף לתת לו שם והכומר שהטביל אותו קרא לו "אריק" על שמו. בגלל פניו המעוותות אריק תמיד לבשמסכה מבד שהסתירה את פניו. כבר מגיל צעיר אריק גילה עניין רב באדריכלות והנדסה, ואף למד באופן פרטי אצלפרופסור מפורסם.
ביום הולדתו הוא עשה טעות קשה כאשר סירב ללבוש את מסכת הבד שאמו הכריחה אותו ללבוש מאז לידתו. הוא דרש לדעת מדוע היא נוהגת בו בצורה שונה, והיא בכעס הראתה לו את פניו במראה. אריק הקטן לא הבין שהוא רואה את השתקפותו וחשב שהמראה היא חלון שדרכו הוא רואהמפלצת לכודה. אחרי אירוע זה הוא ניסה ליצור מראה על מנת שיוכל לשלוט במפלצת הזאת.
כאשר אמו נשאה לרופא מקומי, ברח אריק מהבית באמצע הלילה. אחרי שבוע ללאמזון, נתקל אריק בקרנבל נודד שלצוענים. הוא ניסה לגנוב מהם קצתלחם, אך תחת זאת הצטרף אליהם והם לימדו אותו להיותלוליין וגנבסוסים. אחרי שהם הצליחו להסיר את המסכה וגילו את פניו המעוותות, הם הפכו אותו ל"פריק שואו" (מופע אימים אומופע חריגים) תחת השם "הגווייה החייה". יחד עם הצוענים הוא טייל ברחביאירופה ואסיה. בתקופת מסעות אלה אריק רכש כישורים באקרובטיקה ומוזיקה וחידד את גאוניותו המעוותת. בסופו של דבר הוא רכשכבוד המבוסס על יראה מצד הצוענים וזכה לאוהל משלו.
כעבור מספר שנים, החליט ראש המשטרה (ה"דארוגה") שלארמון מזנדרן והחצר הקיסרית להעסיק את אריק כמתנקש ומהנדס אישי של השאה הפרסי. אריק בנה לשאהמלכודות ומתקניעינויים מתוחכמים (כגון הפלצור הפונג'אבי ותא העינויים המתומן). אחרי שאריק תכנן ובנה את "היכל ההדים" עבור השאה, פחד השאה שאריק ידע יותר מדי על סודותיו והחליט להיפטר ממנו. נאדיר, הדארוגה שנהפך לחברו, עזר לאריק להימלט מזעם השאה והשניים חזרו לבסוף לצרפת. (בהתבסס על התאריכים בעלילה, השאה - ששמו לא מוזכר - יכול להיותנאסר א-דין שאה קאג'אר שמלך בשנים1848–1896).
לפי הרומן של קיי, אריק חשק במשרת האדריכל הראשי והמתכנן שיבנה אתבית האופרה שלפריז. לרוע מזלו, עד שנודע לו על כך המכרז הסתיים. הוא פנה אל הזוכה במכרז, האדריכלשארל גרנייה, וסגר איתו עסקה שתאפשר לו לעזור לתכנן ולבנות את בית האופרה. מתחת לבית האופרה נוצראגם מלאכותי באמצעות שימוש בשמונהמשאבותהידראוליות שמטרתן הייתה לנקז את מי התהום שהפריעו לבנייה. אריק ניצל את הסחת הדעת כדי לבנות רשת של מנהרות, מסדרונות ודלתות סתרים מבלי שאף אחד יידע על כך. מעבר לאגם התת-קרקעי הוא בנה מאורה לעצמו, שם הוא יכול לחיות בטוח הרחק מעינו של הציבור.
מלבד היותוממציאגאון ומהנדס, אריק ניחן בגאונות מוזיקלית. הוא החל לבקר בבית האופרה על מנת להאזין לאופרות ומנגינות, וזעם על טעמם הרע של המנהלים. מאחר שלא יכל להופיע בציבור בגלל פניו המעוותות, הוא נטל את הזהות שלרוח רפאים הרודפת את המקום, והשתמש באלימות וחבלה על מנת לסחוט את מנהלי האופרה להענות לדרישותיו ולציית לרצונו. הוא ניצל את האמונות הטפלות של העובדים, ואת הידע שרכש על כל מעברי הסתרים בבניין, שאפשרו להגיע כמעט לכל מקום שירצה, מבלי שמישהו יבחין בכך. הוא הטיל את חתיתו על אלה שסירבו להענות לדרישותיו באמצעותעונשים ו"תאונות", חלקן קטלניות. אריק אף לא היסס להרוג אנשים בתור אזהרה. ברם, אלה שהיו נאמנים לו וצייתו לפקודותיו, זכו ממנו ליחס אדיב והוגן (בפרט מאדאם ז'ירי המסורה).
בסוף הרומן של סוזן קיי, כריסטין מקיימתיחסי מין עם אריק לפני שהוא מת ונכנסת להיריון. נולד להם בן, לו כריסטין קוראת שארל. ראול לא מודע לכך. שארל, כפי שמתואר בספר, הוא מה שאריק יכול היה להיות לולא נולד עם פניו מעוותות. בנוסף להיותו גאון מוזיקלי ומוכשר במגוון תחומים, הוא גם נאה מאוד וניחן בפנים יפות. סוף זה של הסיפור נחשב לעושה צדק, שכן הוא מעניק נחמה גדולה לאריק שסבל כל חייו: הן אהבתה (הנפשית והגופנית) של כריסטין, והן יורש שנולד לו מאהובתו ומממש את חלומותיו.
המחזה המוכר ביותר על הפנטום הוא המחזמר מאתאנדרו לויד ובר אשר הועלה לראשונה ב-1986. המחזמר נחשב למחזמר המוצלח ביותר שהציג אי-פעם. הוא הולחן בידי אנדרו לויד ובר. מילות השירים נכתבו בידיצ'ארלס הארט וריצ'רד סטילגו.
המחזמר עוקב אחרי כריסטין דאאה, זמרת אופרה צעירה בבית האופרה של פריז. בית האופרה נרדף על ידי ישות הקרויה "פנטום האופרה" - דמות מסתורית המכפיפה את בית האופרה לרצונותיה.
כריסטין לומדת שירה עם קול מסתורי המופיע בחדרה ומלמד אותה. היא מאמינה כי זהו "מלאך המוזיקה" שאביה הבטיח שישלח לה אחרי מותו.
כשקרלוטה, הפרימה דונה של בית האופרה, מסרבת לשיר לאחר שהפנטום מפיל עליה את התפאורה, כריסטין מחליפה אותה וזוכה לתשואות.
בחדר ההלבשה שלה לאחר מכן, ראול הוויקונט דה-שאניי, חבר ילדות שלה, מגיע ומברך אותה על הצלחתה.
הפנטום, הוא "מלאך המוזיקה", מתגלה לפניה ולוקח אותה לביתו שמתחת לבית האופרה (כאן הם שרים את שיר הנושא של המחזמר,The Phantom of the Opera). היא מתעלפת לאחר שהוא שר לה שיר אהבה שכתב, ומביע את רצונו שתינשא לו. כשהיא מתעוררת, היא מסירה את חצי-המסיכה אותה הוא לובש, וחושפת את פניו המעוותים. הפנטום מתרגז, אך לאחר מכן נרגע ומחזיר את כריסטין אל בית האופרה.
אחד מעובדי הבמה, ג'וזף בייקה, מבהיל את הרקדניות בסיפורים על הפנטום. באותו זמן, ראול, קרלוטה והמנהלים החדשים של בית האופרה - אנדרה ופירמין, נסערים מפתקים ששלח להם הפנטום, ובהם הוא דורש להפוך את כריסטין לזמרת הראשית באופרה. המנהלים מחליטים לא להקשיב לו, ונותנים לקרלוטה את התפקיד הראשי באופרה חדשה, בעוד שכריסטין מקבלת תפקיד אילם.
בזמן ההופעה, נשמע הפנטום הנוזף במנהלים על כך שתא חמש לא הושאר פנוי עבורו כפי שציווה. לאחר שקרלוטה מכנה את כריסטין "קרפדה", הוא גורם לה להתחיל לקרקר. כמה רגעים מאוחר יותר, גופתו של בייקה נתלית מהבמה. כריסטין המזועזעת בורחת עם ראול לגג בית האופרה, שם הם מתוודים אחד לשנייה על אהבתם. הפנטום מגלה זאת, וביאושו מפיל את הנברשת.
בתחילת השנה מתקיים נשף מסיכות, לאחר כחצי שנה בה הפנטום לא הופיע. כריסטין וראול מתארסים בסתר, והפנטום מגיע ומגיש אופרה חדשה שהוא כתב, בדרישה כי כריסטין תשחק את התפקיד הראשי.
כריסטין הולכת לבית הקברות כדי להיוועץ באביה, שם הפנטום מתחזה שוב למלאך המוזיקה, וראול מגיע ומציל את כריסטין מידיו.
ראול והמנהלים מתכננים תוכנית - כשכריסטין תשיר באופרה של הפנטום, הגיוני שהוא יופיע גם הוא, ולכן יוצבו צלפים אשר ירו בו.
הפנטום רוצח את הזמר הראשי ומופיע במקומו ביחד עם כריסטין כשהוא מחופש. בסוף השיר, כריסטין מסירה את התחפושת - ואת המסיכה מהפנטום, וחושפת את פניו המעוותים לקהל.
הפנטום חוטף אותה אל ביתו, וכשראול מגיע להצילה לוכד אותו, ומעלה בפניה שתי הצעות: או שתינשא לו (לפנטום), וראול ישוחרר, או שתשתחרר לבדה והוא יהרוג את ראול. כריסטין מחליטה להציל את ראול, ולאחר שהיא מנשקת את הפנטום הוא משחרר את שניהם. כשבאים אנשי בית האופרה, ומג בראשם, כל מה שהם מוצאים זה מסיכת הפנטום, שהוא השאיר לאחר שנעלם בדרך-נס.
בספר, פניו של הפנטום מעוותים לגמרי, והוא מזכיר שלד חולני. במחזמר, רק חצי מפניו מעוות, והוא נפוח, חלק ממוחו חשוף ושתי עיניו בצבעים שונים.על אף שבספר הפנטום נוטה לעטות את המסיכה רק במקרים הדורשים זאת, במחזמר הפנטום עוטה אותה כל הזמן ואף נעזר בפאה.
בספר, הפנטום ידוע בשמו, אריק, וזה השם אשר משתמשים בו כדי לתארו. לעומת זאת, במחזמר הוא מכונה "הפנטום" מהתחלתו ועד סופו.
בניגוד לספר, בו ראול הוא הגיבור, עלילת המחזמר עוקבת אחרי כריסטין.
מנהלי בית האופרה - אנדרה מונשרמיין ופירמין רישאר, קרויים במחזמר אנדרה ופירמין, לעומת הספר בו הם קרויים האדונים מונשרמיין ורישאר.
דמותו של "הפרסי" - דמות מפתח בעלילת הספר, אינה מופיעה כלל בעלילת המחזמר.
מאדאם ז'ירי, הסדרנית, הפכה להיות במחזמר מנהלת הכוריאוגרפיה, ומג ז'ירי, שהוקצה לה תפקיד קטן בספר המקורי, הפכה להיות חברתה הטובה של כריסטין ואחת הדמויות הראשיות.
בניגוד לספר, שבה אמנם הפנטום גומר את "דון חואן המנצח", אך לא מעלה אותה, והאופרה המועלית היא האופרה "פאוסט", במחזמר הפנטום דורש להעלות את האופרה, ולתת לכריסטין את התפקיד הראשי. השיר שבו נחטפת כריסטין הוא דואט בין כריסטין לבין הזמר הראשי, ובמצב זה - הפנטום.
הפלת הנברשת, אחד מרגעי השיא של המחזמר והספר כאחד, מתרחשת בספר לאחר שהפנטום גורם לקרלוטה לקרקר - הוא קורא "בשירתה היא עוד תפיל את הנברשת!" והנברשת מתרסקת. במחזמר, אף על פי שקיימת סצנה דומה (אם כי הנברשת מתנדנדת במקום ליפול), הנברשת נופלת לאחר שהפנטום מגלה על אהבתה של כריסטין לראול, ובייאושו מרסק את הנברשת.
שרלוק הולמס ומלאך האופרה מאתסם סיציליאנו (1994), בושרלוק הולמס ובן-דודו מגיעים לאופרה בפריז כדי לפענח את תעלומת הפנטום.
קסם לילי מאתשרלוט ויין אלן, מספר את עלילות הפנטום בתקופה מודרנית יותר.
בספרערפדים הלומי-במה ורוחות רפאים נוספות מופיעהסיפור הקצר "יפת האופרה", אנתולוגיה המציעה סוף אלטרנטיבי לסיפור, ובו כריסטין נשארת אצל הפנטום למשך חמש שנים.
לצופה הישראלי ידועים שניעיבודי קולנוע לפנטום האופרה:
הראשון הוא "פנטום האופרה":סרט אילם משנת1925 בכיכובו שללון צ'ייני. הסרט מלווה במוזיקה שהוקלטה מאוחר יותר על הצילומים, אך ללא דיאלוגים. סצנת הסיום של הסרט, בה הפנטום מהתל בכל ההמון הזועם שרודף אחריו, ידועה ביותר.
The Phantom of the Opera (1925): FeaturingLon Chaney, Sr. This film was reissued in 1929 with sound effects, music and some reshot dialogue sequences (but none with Chaney).
The Trap-door Maker (2006) by Pete Bregman. Published byTreehouse - story revolves around Erik's time in Persia
The Opera House Murders (2003) story by Yozaburo Kanari and art by Fumiya Sato. In "The Kindaichi Case Files" serie. Published byTokyoPop.
Edgar Rice Burroughs' Tarzan #11 and #12 Le Monstre (1997) published byDark Horse Comics - A Phantom of the Opera/Tarzan crossover
Batman: Masque (1997) by Mike Grell with Andrz Khromov. Published byDC Comics
Le Trésor du Fantôme de l'Opéra (The Treasure of the Phantom of the Opera) Volume 7 of the Joseph Rouletabille series. Story by André-Paul Duchateau and drawings by Bernard-C. Swysen. Published byClaude Lefrancq in 1996 andSoleil in 2001.
Le Fantôme de l'Opéra (1995) by JET. Published byAsuka Comics DX - Japanese, mixes elements from Leroux, Andrew L. Webber, and Lon Chaney
Sherlock Holmes: Adventure of the Opera Ghost Two volumes. (1994) by Steven P. Jones, art by Aldin Baroza, and cover art by Guy Davis. In black&white. Published byCaliber press
Phantom of the Opera (1991) by Mitchell Perkins and Wanda Daughton (and Vickie Williams). Published byInnovation
Le Fantôme de l'Opéra Volume 1 of the Joseph Rouletabille series. Story by André-Paul Duchateau and drawings by Bernard-C. Swysen. Published byClaude Lefrancq in 1989 andSoleil in 2001.
The Phantom of the Opera (1988) published byEternity Comics - Based on Gaston Leroux's novel
The Phantom Stranger (1973) no. 23 and no. 24 published byDC Comics
בתקופה המודרנית, נהפך סיפור הפנטום לאגדתקאלט, שריכזה סביבה אגודות מעריצים מושבעים, הקוראים לעצמם Phantom Phans. המושבעים שבמעריצים, מזדהים עמוקות עם דמותו של הפנטום, אריק, אבל המעריצים יכולים לאהוב גם דמויות אחרות. מעריצים רבים מרותקים מכל דבר הקשור לפנטום, החל מדמותו המורכבת והטרגית של אריק, עבור במוזיקה שיצר לואנדרו לויד ובר וכלה באלמנטים עיצוביים המזוהים עם הדמות:עוגב ענק,נרות ופמוטים,מסכות,גלימות שחורות מקטיפה,משי,נברשות גדולות ומפוארות ועוד. מעריצי הפנטום ידועים גם בספרות המעריצים שהם כותבים. הרבה ממעריצי הפנטום אף כתבו את גרסאותיהם לסיפור העלילה, ואחרים גם כתבו המשכים. רוב הסיפורת מסוג זה מתפרסמת בעיקר באינטרנט ובאתרי מעריצים לפנטום, אך חלקם גם ראו אור ויצאו לספרים בדפוס.
מעריצה אחת כל כך אהבה את אגדת הפנטום עד ששנתה אתשמה החוקי ל-Christine Daae, כשם הזמרת אהובתו של הפנטום.