האזור היה ידוע כמרכזפוליטי עוד במאותהשלישית ורביעית, ושליטיו שאפו לאחד את כל יפן. בתקופות מאוחרות יותר הוקמו באזור מחוז נארה מספר בירותקיסריות, שנבנו לפי הדגם של הבירות הסיניות של אותה עת, בתבניתשתי וערב.
חצר הקיסר טיפחה קשרים עםשושלת סווי ועםשושלת טאנג מסין, ושלחה תלמידים כדי ללמוד את התרבות הגבוהה של סין. במאה ה-7 הגיעו לנארה מהגרים רבים, רבים מהם מחצי האי הקוריאני
בשנת784 העביר הקיסרקאמו את הבירה לנגאוקה-קיו בנחלת ימשירו, ועשור לאחר מכן להייאן קיו, ובכך נפתחהתקופת הייאן. על מעבר הבירה, שמרה נארה על השפעתה הפוליטית, ולקראת סוף התקופה הורה המצביאטאירה נו קיומורי לבנו לדכא את יריביו הפוליטיים בנארה, שנתמכו על ידי הקיסר. בתגובה העלה בנו את המקדשיםטודאי-ג'י וקופוקו-ג'י באש ב-1180, ובכך חיסל את המרכז הפוליטי בנארה.
עם עלייתמינמוטו נו יוריטומו לכס השוגון ותחילתתקופת קמקורה, נהנה המחוז מתמיכת השליט החדש. מקדש קופוקו-ג'י, שהיה מקדש הבית שלבית פוג'יווארה, הפך למקדש הראשי של נחלת יאמטו, ומסביב למקדש זה ולטודאי-ג'י החלה להתפתח עיירה.
תקופת שתי החצרות הקיסריות, שהחלה ב-1336, הביאה חוסר יציבות לנארה. בעוד הקיסרגו-דאיגו בחר את מקום מושבו ביושינו, התגלעה בקופוקו-ג'י מחלוקת לגבי המועמד לכס הקיסר. לאחר כניעת הענף הדרומי ב-1392 שב השקט לנארה, אך המאבק החליש את המקדש, והכוח החל לעבור לסמוראים, שהחלו לכבוש לעצמם שטחים.
בתקופת סנגוקו נשאבה נחלת יאמטו ללחימה. טודאי-ג'י שוב נשרף ב-1567, כשמצונאגה הישהידה כבש את הנחלה מידי משפחת מיושי, ולאחר מכן קיבל אותה באופן רשמי מאודה נובונאגה. בהמשך החליפה הנחלה מספר ידיים עד שלבסוף הייתה תחת שליטתשוגונות טוקוגאווה, בעוד השוגון שולט ישירות בעיר נארה, ודאימיו אחרים שולטים על האזורים האחרים של הנחלה. במאה ה-18 החלו להתפתח בנחלה תעשייה ומסחר, שנכללה בכלכלתאוסקה, שהייתה הבירה הכלכלית של יפן באותה עת. הקשר הכלכלי בין נראה ואוסקה ממשיך אף כיום, שכן רבים מתושבי נארה עובדים ולומדים באוסקה.
מחוז נארה מהווה חלק ממישורקנסאי, והוא שוכן במרכז חצי האיקיאי. אין למחוז גישה לים והוא גובל במחוזוקאיאמה ובאוסקה במערב, במחוזקיוטו בצפון, ובמחוזמיאה במזרח. מרבית שטח המחוז הוא הררי, ורק 23% מהשטח הכולל מיושב. 17% שטח המחוז מוקדש לפארקים לאומיים.
