ב-1995 התמנה לקצין המבצעים שלפיקוד הצפון ושימש בתפקידו בין היתר במבצע ענבי זעם.[8] ב-1997 קיבל את הפיקוד עליחידת אגוז. תקופתו באגוז התאפיינה בלחימה נחושה נגדחזבאללה.[9] בין המבצעים הבולטים בתקופת פיקודו על היחידה היהמבצע נוף פראי. מטרת המבצע הייתה ביצוע מארבים בסמוך למוצב צה"ל שבג'בל סוג'וד, ברצועת הביטחון שבדרום לבנון, במורדות המערביים של רכס הרפיע. לאחר שלושה ימים במארב, עם תחילת תנועת הכוח חזרה, זיהה הכוח מספר מחבלים ופגע בשניים מהם.[10] חזבאללה פתח באש כבדה על הכוח הנסוג, חריגה בהרבה מזו שבוצעה באירועים דומים. בשל ההתנהגות החריגה של המחבלים בקרב עלתה בפיקוד צפון ההשערה כי בקרב השתתף פעיל בכיר של ארגון החזבאללה. המבצע יצא לפועל שבוע לאחראסון השייטת, וההערכה הייתה שאחד ההרוגים הוא בכיר בחזבאללה, ושגופתו עשויה לשמש כקלף מיקוח להחזרת גופתו של לוחם השייטת,איתמר אליה שנותרה בשטח לבנון לאחר שכוח השייטת נתקל במארב חזבאללה. תמיר, ששהה בכל העת בעמדת הפיקוד במוצב ריחן, פקד על הכוח להעמיס את הגופות על אלונקות ולשאתן עימו בחזרה לשטח ישראל, באומרו ללוחמיו כי הם חייבים זאת לחללים הנעדרים מאסון השייטת. לאחר הקרב התברר כי אחד המחבלים ההרוגים הוא האדי נסראללה, בנו של מזכ"ל חזבאללהחסן נסראללה. גופתו, ביחד עם גופות לוחמי חזבאללה אחרות, הוחזרה ללבנון בתמורה לחלקי גופתו של איתמר אליה.[11][12][13] תמיר מתאר בספרו את התחושות הקשות שחווה בעקבותאסון השייטת, אירוע שהתרחש, לדעתו, בשל מידע מוקדם על הפעולה המתוכננת שהגיע לחזבאללה, אשר בתורו ארב ללוחמישייטת 13.[14]
מבצע בולט אחר היהמבצע מהלך מבריק שבו הוביל תמיר, מפקד היחידה, כוח לוחמים מיחידת אגוז במבצע בלבנון[15] נגד חוליית אבטחה של חזבאללה בכפרע'נדוריה.[16] על תקופת שירותו ביחידת אגוז עוטר תמיר בצל"ש אלוף פיקוד הצפון.[17]
באוגוסט 2006 מונה למפקדאוגדת עזה.[24] תקופתו התאפיינה בהגברת היוזמה[25] נגד הטרור וחתירה למגע.[26][27] תמיר הוביל, בתמיכת אלוף הפיקוד,יואב גלנט, והרמטכ"ל,גבי אשכנזי, קו התקפי אל מול החמאס שכללפשיטות ומבצעים מיוחדים נגד יעדי מחבלים מעבר לגדר, בשטח הרצועה, במטרה לפגוע בפעילי החמאס בשטחם ובמקביל לחזק את יכולתם וביטחונם העצמי של מפקדי השדה לפקד על כוחות בלחימה ובמערכה.[28]
על הקריירה הצבאית של תמיר מעיבה "פרשת הטרקטורון", לאחר שביולי 2007, בזמן כהונתו כמפקד אוגדת עזה, אפשר לבנו הקטין לנהוג בטרקטורון צבאי ללארישיון נהיגה. לאחר שהבן התנגש ברכב אזרחי חתם תמיר על דו"ח תאונה שבו נכתב כי בטרקטורון נהג נהגו האישי, ופיצה את בעל הרכב האזרחי במזומן, במטרה לסיים את התקרית ללא השלכות נוספות. לאחר שהתגלה העניין הועמד תמיר לדין משמעתי ובעסקת טיעון הודה בשימוש ברכוש הצבא שלא למטרות צבא, נהיגה בכלי רכב ללא רשות בעלים, עבירה במסמכים צבאיים והתנהגות שאינה הולמת.[44] ביוני 2009 גזר עליו בית הדין הצבאיהורדה לדרגתאלוף-משנה, שלילת רישיון נהיגה לשלוש שנים ושלושה חודשימאסר על תנאי.[45] תמיר ערער לבית הדין הצבאי לערעורים על ההחלטה וטען שגזר הדין שגוי, וכי העונש שנגזר עליו לא מידתי ביחס לחומרת המעשה.[46] ב-10 בנובמבר 2009 התקבל ערעורו, והרכב מיוחד של חמישה שופטים בהם האלוףשי יניב, הפרקליטים הצבאיים במילואיםאילן שיף ואמנון סטרשנוב, והאלופים במילואיםעמרם מצנע וגיורא רום, קבע כי תמיר יישאר בדרגת תת-אלוף, אך הומלץ לעכב את קידומו בשנתיים, שכן הקצין "חטא בנורמות היסוד, דוגמה אישית, משמעת ואמינות"; כמו כן המליצו השופטים כי לא ימלא בשנתיים הקרובות תפקיד פיקודי.[47]ב-28 בפברואר 2010 למרות פסיקת בית הדין הצבאי המיוחד לערעורים, הודיע הרמטכ"ל,רא"לגבי אשכנזי, כי החליט לא למנות את תמיר לתפקיד נוסף, ובפועל להדיחו משירות בצה"ל, "לאור חומרת המעשה והפגיעה בערכי צה"ל ובראשם ערכי המשמעת והדוגמה האישית".[48]
^תמיר, עמוד 15, "מיד לאחר מכן התפתח קרב מטווח קצר בשטח טרשי וסבוך בין המחבלים ובין הרכב כוחות מוזר, שכלל את כוח הכוננות של הפלוגה ואת חוליות הפיקוד של המח"ט ומפקד האוגדה. במהלך הקרב נקלעתי לקרב פנים-אל-פנים עם אחד המחבלים כאשר נגמרו הכדורים במחסנית התורנית בנשקי האישי ומרוב התרגשות לא הצלחתי לשלוף מחסנית נוספת מאפוד הקרב. בתום הקרב הקצר נהרגו שלושה מחבלים ושניים נוספים נלקחו בשבי".
^תמיר, עמוד 163, "הכרתי היטב את מאפייני הפעולה של ארגון החזבאללה וקשה היה לי לקבל את הקביעה שמדובר במארב אקראי".
^תמיר, עמוד 176, "הייתי המפקד הוותיק ביותר שעדיין הוביל מבצעים וידעתי שלהצטרפותי לכוח היה משקל גדול בהחלטה לאשר את המבצע".
^תמיר, עמוד 179, "היינו בטווח של פחות מ-10 מטרים מהמארב כאשר החלה לפתע תכונה לא שגרתית. אחד האנשים, שנראה לי כמפקד הכוח, החל לעבור בין המחבלים ולהצביע לעברנו. סימנתי לרון והתחלתי בספירה לאחור. בסיום הספירה פתחו הכוחות באש מתוזמנת מכמה כיוונים. בתוך מהומת הירי והצעקות יכולתי להבחין במחזה הנורא של שני המחבלים שהיו שקועים בשינה מנסים להיחלץ משקי השינה ללא הועיל. בתום מכת האש השלכנו רימונים למרכז כרם הזיתים והתכוננו לניתוק מגע מהיר. בשלב זה התעורר הכפר כולו ואש לא מכוונת נורתה לכל עבר. על אף שהכרתי היטב את היערכות חזבאללה בכפרים הופתעתי ממהירות התגובה ומעוצמתה. פקדתי על רון, שלא מיהר להפסיק את הירי לעבר המחבלים, לנתק מגע מיד ולנוע לנקודת הכינוס שנקבעה".
^סא"ל משה (צ'יקו) תמיר, באתר הגבורה, מתוך אתר הגבורה, "בתקופת פיקודו עליחידת 'אגוז' יזם הוביל ופיקד על מספר רב של מבצעים שבוצעו באזור הביטחון ומחוצה לו. בפיקוד על היחידה גילה רמה מקצועית, מבצעית נורמטיבית הראויים לציון.סא"ל תמיר משה השתתף אישית במרבית הפעילות במהלכה פגעה היחידה והרגה חיילי אויב וזאת מבלי שהיו הרוגים לכוחותינו. על מעשה זה הוענק לו צל"ש אלוף הפיקוד אלוףעמירם לוין אלוף פיקוד הצפון אייר תשנ"ח מאי1998".
^עמוס הראל,יאיר גולן, אלוף פיקוד העורף, חושף שישראל מצויה בהיערכות למגננה רבתי לקראת שנת 2010, באתרהארץ, 16 באוקטובר 2009 "הצלחת "חומת מגן", השלב הראשון בבלימת גל טרור המתאבדים הנורא של אותן שנים, נולדה עקב לחץ מלמטה: היו אלה המג"דים והמח"טים שגברו על היסוסי הפיקוד הבכיר של צה"ל ושכנעו את האלופים במה שכיום נראה מובן מאליו, שהדרך היחידה לטפל בטרור המתאבדים היא לפשוט על מקורותיו, בקסבות ובמחנות הפליטים הצפופים."
^אמיר בוחבוט,אינטימיות מבצעית, באתרnrg,nrg, 28.03.2008, "במבצע 'חורף חם', המבצע הגדול האחרון ברצועת עזה שבו נהרגו למעלה ממאה פלסטינים, רובם מחבלים, הגיע הקשר הקרוב לשיאו. התוצאה היא ההוכחה לכך. במהלך המבצע ירדו אנשי הפורום המבצעי של מפקד חיל האוויר אל החפ"ק של אוגדת עזה. הקצינים ישבו סביב שולחן אחד עם אלוף פיקוד הדרוםיואב גלנט, מפקד אוגדת עזה תא"ל צ'יקו תמיר ועם שאר המפקדים הבכירים. בעיות עלו על השולחן ונפתרו בזמן אמת".
^עפר שלח,העונש של תמיר – החלטה אומללה, באתרnrg,nrg, 12.06.2009, "יש לי ספק כבד כמה קצינים בכירים אכן קראו את 'מלחמה ללא אות', ספרו של תמיר על ימי הלחימה בלבנון. מי שיקרא אותו ימצא קצין חושב, ישר ומקורי שכמוהו יש בצה"ל פשוט מעט מדי, ומעט מדי במקומות הנכונים".