בשנת 910,גיום הראשון, דוכס אקיטן (מוכר גם כגיום החסיד), החליט להעניק אחת מאחוזותיו, ולא מהחשובות שבהן, לשם הקמת מנזר (על נסיבות וסיבות הענקת המנזר ראו בערך על גיום). גיום היה "קומס" עשיר בעלבנום (bannum)(אנ') ורגולה (Regula), כלומר היה שליט מקומי בעל סמכויות ענישה וכפיית ציות. סמכותו באקיטן הייתה משולה לסמכות שליט עליון. מטרתו של גיום בהענקת האדמות הייתה לדאוג לנשמתו לכשיגיע זמנו להישפט האם לגן עדן או לגיהנום. בתמורה למתנה דרש גיום שהנזירים יתפללו לעילוי נשמתו ונשמת אשתו, וכן לעילוי נשמת קרוביו (אחותו, שממנה ירש את האחוזה, אחיו, אחיותיו וכל אחייניו ואחיניותיו). גיום הבטיח למנזראימוניטס מפני התערבות מצד הכנסייה או שליט חילוני. הדרישה לתפילות כה רבות ערערה את האיזון שהיה נהוג במנזרים בין תפילות ועבודה לשם קיום. התפילות מילאו חלק ניכר מהיממה והנזירים לא היו יכולים יותר לפרנס את עצמם מיגיע כפיהם. גיום שחשב על כך, העניק למנזר אדמות שיבטיחו הכנסה מאריסות.
מטרת ראשי המנזר הייתה להחזיר את הנזירים אלאלוהים בדרך שאותה הבינו ויכלו לקבל. כחלק מהרצון לרפורמה דתית התנגדו לשתי תופעות שהיו מקובלות בכנסייה של ימיהם:ניקולאיזם ושמעונות.
המנזר של קלוני בחר לעצמו כפטרון אתפטרוס. כאשר התרחבה התנועה הפך פטרוס לפטרונם של כל המנזרים בתנועת קלוני.
המסדר נטל את תקנון הנזורה של בנדיקטוס מנורסיה ובמשך הזמן הוסיף לתקנון "מנהגים" consuetudines. שינויים אלו, ברוח השינויים של בנדיקטוס מאניין נועדו להפוך את המנזר ממקום בו יש שילוב של תפילה ועבודה למקום בו מתקיים פולחן תמידי.
עקרונות התקנון
המנזר צריך להיות מבודד ככל האפשר מהעולם החיצון, על הנזירים להסתגר ככל האפשר במנזר, קהילת הנזירים מהווה תחליף משפחה עבור הנזיר הבודד. כל נזיר שייך למנזר שלו ועליו לשהות בו (כלומר שלילת עקרון המיסיונריות). הסגפנות (אסקזה) לה נדרשו נזירי קלוני לא הייתה חמורה במיוחד כי מטרתם לא הייתה סגפנות אלא עבודת תמיד בשירות האל.
התפילות המרובות שנמשכו למעלה מ-8 שעות על פני היממה ביטלו עיקרון שהיה נהוג במנזרים עד אותה עת והוא עיקרון ההתבודדות.
מנזר קלוני נבנה מספר פעמים באותו מקום, בפעם השנייה שבנוהו התוכנית הייתה דומה מאוד לתוכניתמנזר סנט גאלן. את הכנסייה הציבו קרוב למרכז ולידה מגורי הנזירים והסקריפטיום. מצידו של הסקריפטיום היה הקלויסטר ולצידו המחסנים, בהמשך היו חדר האוכל והמטבח. לא היו סדנאות או אסמים כי על פי גישת מייסדי קלוני הנזירים היו אמורים לעסוק בעבודת כפיים סמלית בלבד ואת זמנם היו צריכים להקדיש לתפילה.
הכנסייה הייתה במרכז, לא רק מבחינה ארכיטקטונית אלא גם מבחינה מהותית. בגלל ריבוי התפילות חלק ניכר מזמנם של הנזירים התנהל בה.
הכנסייה השנייה שנבנתה במנזר הייתה מפוארת יחסית לכנסיות מנזרים אחרים. מנזרי קלוני אחרים העתיקו את הפאר של הכנסייה וכנסיות אלו נחשבו מהמפוארות בעולם של אותה תקופה.
בכנסייה שנבנתה במאה ה-11 בסגנון האדריכלות הרומנסקית היו קישוטי מתכות אצילות ואבנים טובות על הצלבים ותיבות שרידי הקדושים, וכן קישוטי טיח רבים. באותה תקופה חיו במנזר כ-300 נזירים.
כאב המנזר הראשון מונה הנזיר הוותיקברנו מקלוני(אנ'), הוא כיהן בתפקידו כ-15 שנה (910–925). ברנו, בן למשפחת אריסטוקרטיה, נולד ב-860. נכנס למנזר באוטן וממנו נשלח ב-886 למנזר בום על מנת לנהלו ולתקן את הקילקולים שפשו בו. ב-890 ייסד מנזר על אדמות נחלתו בגיגני ועמד בראשו. במהרה ייסד שני מנזרים נוספים. כאשר גיום החליט להקים את מנזר קלוני הוא הציע לברנו לעמוד בראשו וברנו הסכים.
ברנו בחר באודו כיורשו. עצם העצמאות של המנזר איפשרה לאבות המנזר לבחור יורשים ראויים, ואלו היו מנהלים טובים שידעו לנהל את תנועת קלוני והצלחתם יחד עם כתב ההענקה של מנזר קלוני והקשר המיוחד עם האפיפיורות מנעו התערבות מבחוץ.
במאה ה-12 מנתה קהילת קלוני למעלה מ-1,000 מנזרים, אולם חשיבותו פחתה בהדרגה בגלל שילוב של גורמים. הרשת שיצר, והאידאולוגיה שהייתה לה השפעה על אירופה כולה, איבדו את השפעתן לטובת מסדרים חדשים שהדגישו את הסיגוף והעוני, כמו הציסטרסיאנים והקרטוזיאנים. המנזר כרע תחת נטל חובות גדולים בגין התחלת בניית המנזר השלישי. פתיחת האוניברסיטאות הראשונות מנעה ממנו מצטרפים שיכלו כעת לקנות דעת במוסדות לא דתיים.מלחמות הדת בצרפת במאה ה-16 החלישו אותו גם הן. התערבות יתר של האפיפיורים נטלה מהמנזר את היכולת למנות את המוכשרים ביותר, ולא אחת מונו אבות מנזר שהיו אנשי שלומה של רומא.
המנזר היה קיים עד המהפכה הצרפתית, ואז נהרס. מהמבנה המקורי נשאר כיום רק חלק קטן של אחד משמונת המגדלים המקוריים.