לגונת ונציה משתרעת על פני שטח של 550 קמ"ר, ביןסילה בצפון לברנטה בדרום. מתוך שטחי הלגונה 8% הם שטחי יבשה, והיתרה שטחי מים. 11% משטחי הלגונה הם שטחי מים בפועל (תעלות) והיתרה, 80% משטחי הלגונה, הם שטחיביצה מלוחה, המכוסים שכבה נמוכה של מי ים מלוחים. הלגונה היא הביצה הגדולה ביותר באגןהים התיכון. הלגונה מקושרת אלהים האדריאטי בשלוש תעלות העוברות בסמוך לאיוניםלידו-סן ניקולו (Lido-San Nicolò),מאלאמוקו (Malamocco) וקיוג'ה (Chioggia).גובה פני הים בלגונה משתנה כתוצאה משינויי הגאות והשפל. במקרים מסוימים עולים מי הלגונה ומציפים את איי הלגונה, תופעה הנקראת "אקווה אלטה" (באיטלקית: "מים גבוהים"). לגונה זו היא שריד היסטורי לסדרה של לגונות שהיו קיימות בעבר לאורך חופי איטליה ביןרוונה לטריאסטה.
בשל ההגנה שסיפקו איי הלגונה לתושביה, החלה התיישבות קבע על האיים החל מהמאה השישית. תושבי האיים היבשים אגרו מי גשמים באמצעות מערכת של בארות, והתפרנסו בעיקר מדיג וממסחר. התיישבות זו התפתחה ולימים הפכה העיר ונציה שבמרכז הלגונה לבירתה שלהרפובליקה של ונציה - אימפריה ימית ששלטה במזרחהים התיכון בשלהיימי הביניים. כיום מהווה הלגונה מרכזתיירות ונכון לראשיתהמאה ה-21 מבקרים באזור הלגונה למעלה מ-20 מיליון תיירים מדי שנה.
הלגונה נוצרה בשלהיעידן הקרח שהסתיים בשנת 3,000 לפנה"ס. עליית מי הים הציפה אזורים נמוכים ושטחים בצפון הים האדריאטי. נהרות האזור ובעיקר נהר הפו הביאו סחף מאזור הרי הדולומיטים. סחף זה הצטבר בסמוך לקו החוף ויצר איונים.
במהלךימי הביניים גודרו איי הלגונה בלבנים על ידי תושביה, במטרה לאפשר אגירת מי שתייה במרכז האיים והגנה עלמי תהום אלה מפני מליחות הלגונה. במהלך המאותה-16 וה-17 נחפרו תעלות עמוקות כדי לאפשר הגעת אוניות לנמל ונציה ולנמלים סמוכים. תעלות אלה הביאו להעמקת מי הלגונה מחד, וליצירת איים מלאכותיים מאידך (בשפכים שהוצאו מהתעלות שנחפרו). אזורים רבים הסמוכים לעיירהמסטרה יובשו מהים בעת הקמת נמל העיר.