זרעים שוניםתרשים של חלקי הזרע בתוך הפריחלקי הזרע מודגמים בזרעאבוקדוזרעי השבת הריחני (השמיר)
הזרע הוא החלק בצמח שבאמצעותו הצמח מופץומתרבה. הוא המקביל שלצאצא של בני אדם ואצל בעלי חיים. הזרע מורכב משלושה חלקים: העיקרי שבהם הוא העובר, ממנו מתפתח הצמח העתידי, רקמת האגירה להזנת העובר (אנדוספרם או נוצלוס), והקליפה המשמשת להגנת העובר. בעולם הטבע מצויים זרעים הקטנים כגרגר אבק (סחלביים), או הגדולים ככדור-רגל קטן (אגוז קוקוס), כן קיימים זרעים בכל הצורות ובכל הצבעים. עקב רב-גוניותו, הזרע משמש כלי עזר חשוב במיון עולם הטבע.
הפסיגים (cotyledones) – מהם מתפתחים העלים העובריים, שהם העלים הראשוניים של הצמח. מספר הפסיגים בעובר משמש כלי עזר במיון עולם הטבע.
תת-הפסיג (hypocotyl) – גבעול העובר.
לא בכל הצמחים קיימים כל ארבעת חלקי העובר. ישנם צמחים בהם חלק אחד או שניים התנוונו, כמוצמחים טפילים שונים, או שלא ניתן להבחין בחלקים במפורט בעת ההבשלה, כמו צמחים ממשפחת הסחלביים.
בדרך כלל ממוקם העובר במרכזו של הזרע, אך יש צמחים כגוןדגניים בהם הוא נמצא בצד, או בסלקיים בהם הוא מקיף את האנדוספרם.
רקמת האגירה היא המקום בו מרוכזים חומרי התשמורת[דרושה הבהרה] בזרע. בדרך כלל מרוכזים חומרים אלו באנדוספרם, אך בצמחים שזרעיהם מחוסרי אנדוספרם (כגון:שעועית), חומרי התשמורת מרוכזים בפסיגים שבעובר. לעיתים מרוכזים חומרי האגירה בנוצלוס.
הקליפה העוטפת את הזרע מצויה כמעט ברוב הצמחים. תכונותיה של הקליפה כגון: עוביה, שטח הפנים שלה, וקשיותה קובעות את יכולת ההשתמרות של הזרע, את תפוצתו ואת מהירות הנביטה שלו. בקליפה קיימת מעין צלקת מוארכת הנקראת תפר, וכן נקב קטן הנקרא פומה. לתפר ולפומה תפקיד חשוב בעת הנביטה. בעוד שהפומה משמשת לספיגת מים ולחדירתחמצן, התפר משמש לבקיעת הקליפה, לצורך פריצת השורשון והפסיגים אל מחוץ לזרע.
בצמחים שונים יש תוספות לקליפה המשמשות כלי להפצתם של הזרעים. למשל בצמחים ממשפחת החלבלוביים ישנו על הקליפה גידול המושך נמלים האוכלות אותו ומפיצות הזרע, בסוגי צמחים אחרים על הקליפה גדלים ציצות שיער, זיזים, שיכים, כנפיים ועוד, המשמשים למעוף עצמי של הזרעים, או באמצעות בעלי חיים, הנושאים אותם על גופם.
ישנם צמחים המופצים באמצעות זרמי מים, קליפת הזרעים שלהם קשה ועמידה בפני מים. לעומתם ישנם זרעים שקליפתם מתבקעת רק לאחר חום רב, למשל בעקבות שרפה.
רוב הזרעים מאבדים את כושר הנביטה שלהם ככל שחולף הזמן, עם זאת ישנם זרעים הנכנסים לתרדמה ונובטים רק לאחר זמן רב העשוי להגיע לשנים רבות. התרדמה מעניקה זמן נוסף להפצת הזרעים המתעוררים ממנה עקב שינויים פנימיים או סביבתיים.
