נהוג לחלק את הרי יהודה לשלושה חלקים: בצפון –הרי בנימין (הרי בית אל) ששיאם,הר בעל חצור, מתנשא לגובה 1,016מטר מעלפני הים; במרכז –הרי ירושלים, האזור הנמוך בהרי יהודה שגובהו כ-918 מטרים בשיאו; ובדרום –הר חברון, ששיאו (הר חלחול) מגיע לגובה 1,026 מטרים מעל פני הים.
ביולי1965 הוכרז גן לאומי "הרי יהודה" בשטח של כ-26,000דונם המרוכזים בהרי ירושלים. שטחו של הגן אינו רציף והוא נחלק לשטחים קטנים בהר הרוח,הר ההגנה ונחל רפאים ולשטח גדול בצורתפרסה המקיף את היישוביםבית מאיר ושורש ממערב.
בהרי יהודה שורראקלים ים תיכוני עם כמותמשקעים של 400–650 מ"מגשם בשנה,[1] ואת פסגות הרי יהודה פוקד אירועשלג כמעט מדי שנה. הריבית אל והרי חברון סבלו מפעילות האדם –כריתה, רעייה ושרפה, ולכן לא נותרו בהם חורשים מפותחים. חורשים קיימים בהרי ירושלים, שם הוכרזו שטחים מסוימים כשמורות טבע. בצפון שפלת יהודה נותרו מספר מקומות בהם קיים חורש מפותח למדי שלאלון מצוי.
בחלקים הנמוכים של השפלה נותרו חורשים פתוחים שלחרוב מצוי ואלת המסטיק. ככל שנלך דרומה ומזרחה כך נעשה החורש, בהתאם לכמות המשקעים, דליל יותר והצמחים הופכים למדבריים.