ב-5 בדצמבר1900 הועבר חוק "Registro Oficial No.1272" הקובע כי הנס האזרחי של אקוודור יהיה זהה לדגל המדינה, למעט לעניין רכיבסמל אקוודור אשר מופיע במרכז דגל המדינה ואשר לא יופיע בנס האזרחי.
דגל נפרד משמש את הבניינים המוניציפליים - כאשר על הנס האזרחי מופיעים 19כוכביםלבנים על הפס הכחול. הכוכבים הלבנים מסמלים את מספר המחוזות של אקוודור בעד שנקבע דגל זה. כיום יש באקוודור 22 מחוזות, אולם הדגל המוניציפלי לא שונה.
בשנת 1830 פרשה אקוודור מהאיחוד, אולם המשיכה להשתמש בדגל קולומביה הגדולה עד שנת1845.
במהלך המהפכה המרקסיסטית של 1845 שב הדגל הכחול לבן לשימוש לזמן קצר. עם קבלת אמנת קונצ'ה הפך הדגל לרשמי, ונוספו ארבעה כוכבים. שבעת כוכבי הדגל סימלו את שבעת מחוזות המדינה באותה עת.
בשנת1860, עם עלייתו לשלטון שלגבריאל גרסיאה מורני והשיב את השימוש בדגל קולומביה הגדולה. בשנת1900 הפך הדגל לרשמי, ונוסף לו במרכזו סמל המדינה, על מנת להבדילו מדגל קולומביה.
דה מירנדה עיצב את הדגל בהסתמך על מכתב שהוא קיבל מגתה בנוגע לצבעי היסוד. בהסתמך על מכתב זה סידר את צבעי הדגל. גתה תיאר עדשה המפצלת את האור לשלושה צבעי יסוד - ובהתאם סידר דה מירנדה את צבעי הדגל - צהוב, כחול ואדום.הצהוב מסמל את העושר החקלאי ואת אוצרות הטבע של המדינה, הכחול את האוקיינוס השקט ואת השמים, והאדום את הדם של הלוחמים שנפלו בהשגת עצמאותה של המדינה.
