ב-1956 החלו תושבי גינאה ביסאו במרד נגד השלטון הפורטוגלי.המפלגה האפריקאית לעצמאות גינאה וכף ורדה (PAIGC) בראשותאמילקר קברל הובילה לשחרור גינאה הפורטוגזית ואייכף ורדה משלטון הפורטוגזים, והשתמשה לשם כך בלוחמתגרילה. לוחמי ארגון PAIGC פעלו משטחן שלגינאה וסנגל, מדינות שזכו לעצמאות מצרפת, כשהם תוקפים ערים ומבצרים בשטחה של גינאה הפורטוגזית וזוכים לסיוע צבאי מברית המועצות, מקובה ומהרפובליקה העממית של סין. הפורטוגזים, שבניגוד למעצמות הקולוניאליות האחרות כמוצרפת ובריטניה סירבו לוותר על המושבות שלהם באפריקה, היו בעיצומה של מלחמה כנגד ארגוני גרילה במושבות שלהם באפריקה, הקרויההמלחמה הקולוניאלית הפורטוגזית. בתחילה לא לקחו הפורטוגזים את הארגון של קברל ברצינות ואף דיללו את כוחותיהם בגינאה כששלחו כוחות לחזיתות אחרות (אנגולה ומוזמביק), ולכן ספגו מפלות בגינאה. לקראת1970 שלט הארגון על שני שלישים משטחה של גינאה הפורטוגזית. עד1973 השלים הארגון את השתלטותו על הארץ. ב-24 בספטמבר 1973 הכריזלואיס קברל (אחיו של אמילקר קברל, שנרצח בינואר של אותה שנה[6]) באופן חד-צדדי על עצמאות המדינה, אף על פי שערי גינאה ביסאו היו בשליטת הפורטוגזים.[7] ההצהרה זכתה להכרה על ידי מספר רב של מדינות אפריקאיות, מדינות מהגוש המזרחי ומדינות בלתי-מזדהות. מדינות כברית המועצות, סין העממית, קובה ומדינותסקנדינביה נרתמו לסייע לאומה הצעירה שקברל הפך לנשיאה בפועל. הכרה מצדליסבון הגיעה רק לאחרמהפכת הציפורנים באפריל1974.[8] בתחילת אוגוסט 1974 נפתחו שיחות בין פורטוגל ובין המורדים בגינאה ביסאו על עצמאות לגינאה ביסאו.[9] ב-10 בספטמבר 1974 העניקה פורטוגל רשמית עצמאות לגינאה ביסאו, תוך הבטחה שלתושבי כף ורדה יינתן להחליט על עתידם.[10]
קברל, שלא נבחר בבחירות, אלא נישא על גלי מנהיגותו המהפכנית, שלט באחת המדינות העניות והמוזנחות בעולם וכונןמשטר חד-מפלגתי. המדינה נפגעה לא רק מהזנחה הממושכת מצד השלטון הקולוניאליסטי הפורטוגלי ומהרס התשתיות הצנועות בעת הלוחמה, אלא גם מן הבצורת הקשה שהכתה באפריקה בשנות השבעים. בנוסף לניסיונות לפתח את המדינה, נתקל קברל בהאשמות על מעורבותו בהוצאה להורג של מקומיים אשר סייעו לממסד הפורטוגלי בתקופת הלוחמה.[11] האשמה נוספת שהועלתה נגד קברל הייתה מוצאו מקאבו ורדה והעובדה שאייש משרות בכירות רבות על ידי ילידי האיים, תוך אפליה כלפי מקומיים ילידי היבשת. על רקע האשמה זו הודח קברל ב-14 בנובמבר1980 על ידי סגנו, ראש הממשלה ומפקד הצבא לשעבר,ז'ואאו ברנארדו ויאיירה, שתפס את השלטון בהפיכה צבאית. המדינה נשלטה בידי מועצה מהפכנית עד1984. מערכת בחירות מרובת-מפלגות נערכה לראשונה בשנת1994, אולםהפיכה צבאית ב-1998 הובילה למלחמת האזרחים של גינאה ביסאו, ולגירוש הנשיא. בחירות נערכו שוב בשנת2000, ונבחר בהן הנשיאקומבה יאלה.
יאלה נעצר במהלך הפיכה צבאית בספטמבר2003, משום ש"לא היה מסוגל לפתור את בעיות המדינה". לאחר מספר עיכובים נערכו בחירות לגוף המחוקק באפריל2004. התקוממות של קבוצות צבאיות באוקטובר 2004 הובילה למותו של ראש הצבא, ולתסיסה כללית במדינה.
ב-2 במרץ2009 נרצח הנשיאז'ואאו ברנארדו ויאיירה על ידי מתנקש איש צבא. ב-2012 ארעה הפיכה צבאית במדינה וראש הממשלה והנשיא הזמני נעצרו על ידי הצבא. ניסיון הפיכה נוסף נכשל בפברואר2022.
גינאה ביסאו היארפובליקה. בראש המדינה עומד נשיא, ואת הממשלה מנהיג ראש הממשלה. הרשות המחוקקת היא "האספה הלאומית" המורכבתמבית אחד בן 100 חברים. הבחירות לאספה הלאומית נערכות מדי ארבע שנים.
מאז קבלת העצמאות מפורטוגל ב-1974, גינאה-ביסאו סובלת מחוסר יציבות פוליטית, שהובילה למלחמת אזרחים בשנים1998–1999. במחוזות הגובלים בסנגל פועלים בדלנים פרו-סנגלים, ובפועל הצבא הוא ששולט במדינה, כאשר בצבא עצמו מתקיימים מאבקי שליטה בין קבוצות כוח שונות. הפיכות צבאיות (וניסיונות הפיכה כושלים) הן תופעה שכיחה בגינאה ביסאו.
גינאה ביסאו משמשת תחנה מרכזית להברחת סמים מאמריקה הלטינית לאירופה, בעיקרקוקאין, ונתפסת על ידי הקהילה הבינלאומית כחוליה חלשה שיש לחזקה במאבק נגד הברחות הסמים.
המצב הפנימי הרעוע של המדינה מרתיע גורמים בקהילה הבינלאומית מהשקעה כלכלית בה, בשל החשש לאובדן הסיוע בשל שחיתות.
ישראל וגינאה ביסאו כוננו ביניהןיחסים דיפלומטיים בשנת 1995.שגרירות ישראל בדקר (סנגל) אחראית גם לגינאה ביסאו. לגינאה ביסאו היה שגריר לישראל שמקום מושבו בארצו, אך בשנים האחרונות, בשל אי הסדר הפנימי במדינה לא מונה לו מחליף. היחסים בין המדינות ידידותיים וישראל מסייעת לגינאה ביסאו בתחומים של פיתוח חקלאי ורפואה. בין היתר מגיעים לישראל סטודנטים לצורך השתלמות מגינאה ביסאו באופן קבוע וישראל עורכת קורסים ניידים במדינה זו.קשרי הכלכלה והמסחר בין המדינות מצומצמים ביותר ומתקיימים בתחומי תקשורת טלפוניה סלולרית,חקלאות ומכירת מכשור אלקטרוני מישראל.
גינאה ביסאו היא אחת מעשר המדינות העניות בעולם. רק כשליש מתושביה יודעיםקרוא וכתוב, והתוצר לנפש בה עומד על כ-1,100דולר לאדם נכון ל-2025.[12] הנזק שגרמה מלחמת האזרחים של 1998–1999 לכלכלה ולתשתית עדיין לא שוקם. החוב החיצוני של המדינה עמד בשנת 2010 על כ-1.01 מיליארד דולר. כשני שלישים מהאוכלוסייה חיה מתחת לקו העוני (הכנסה של מפחות משני דולר ליום), ואי-השוויון בחלוקת ההכנסות הוא מהקיצוניים בעולם.
פיתוח משאבי הטבע בפנים הארץ -נפט,פוספטים ומינרלים אחרים אינו נראה בטווח הקרוב. עם זאת, הוחל בקידוחי נפט ימיים.
בשנים האחרונות פועלת הממשלה להנהגת רפורמה בכלכלה ובשירות הציבורי, בשיתוףקרן המטבע הבינלאומית.
החל משנת 2005 החלו סוחרי סמים מאמריקה הלטינית, בעיקר בקולומביה, להשתמש בגינאה ביסאו (ומספר מדינות שכנות במערב אפריקה) כמוקד לסחר בסמים המופצים באירופה, בעיקרקוקאין. עקב פעולות אלו דיווח האו"ם שגינאה ביסאו עלולה להפוך למדינת סמים(אנ'), מדינה שכל גורמי השלטון והביטחון בה מעורבים בעסקאות סמים. היקף הסחר בסמים גדל לאחר ההפיכה הצבאית שהתרחשה ב-2012. הממשלה והצבא נקטו במספר צעדים כדי להפסיק את הסחר בסמים, אך ללא הועיל.[13]
גינאה ביסאו גובלת בצפון בסנגל, בדרום ובמזרח בגינאה, ובמערב באוקיינוס האטלנטי.גודלה הוא 36,125 קמ"ר. שטחה ברובו מישורי, עם ריבוי נהרות וביצות. הנקודה הגבוהה ביותר היא הר טורין (Monte Torin), בגובה של 262 מטרים בלבד.
בנוסף, מהוויםאיי ביז'אגוש חלק מהמדינה. זהו ארכיפלג של כ-88 איים ואיונים (20 מהם מיושבים) באוקיינוס האטלנטי מול חופי גינאה ביסאו. עיר הבירה לשעבר של גינאה ביסאו,בולאמה, נמצאת בארכיפלג.
עקב העוני בו שרויה המדינה, התשתיות אינן מפותחות, הכבישים רעועים ויש בה רק שני גשרים המאפשרים מעבר לכלי רכב. מאחר שהאזור המיושב העיקרי הוא בקרבת החוף, בו נמצאים נהרות וביצות, המעבר לכלי רכב קשה ומורכב.[14]
האקלים במדינה הואאקלים סוואנה טרופי, הטמפרטורות חמות כל השנה עם תנודות טמפרטורה קלות; בממוצע 26°C. כמות המשקעים הממוצעת בביסאו גדולה, 2,024 מילימטרים, שכולם יורדים בעונה הגשומה בין יוני לספטמבר/אוקטובר. העונה היבשה היא מדצמבר עד אפריל, ובה אין משקעים כלל.[15]
נכון לשנת2010, גרים במדינה כ-1,515,000 תושבים. בגינאה חיים שבטים רבים, כאשר אחת מהקבוצות האתניות המרכזיות היא הפולה.
המגוון האתני גורם למגוון שפות, למרות קוטנה של המדינה. מגוון זה הוא תוצאה של גלי הגירה רבים אל המדינה. אף שפורטוגזית היא השפה הרשמית, היא לרוב נחשבת כשפה שנייה, עם מעט דוברי שפת אם, וזאת בעיקר בקרב האליטות האינטלקטואליות והפוליטיות. זוהי השפה הנהוגה בשלטון ובחינוך, בעיקר בזכות השלטון הקולוניאלי הפורטוגזי. למעשה, השפה הנפוצה היאהקריאולית. ישנו גם שימוש בשפות שבטיות רבות.
יהודים התיישבו בחוף המערבי של אפריקה ובכלל זאת בגינאה ביסאו עוד במהלךהמאה ה-16. בעיקר מדובר היה ביהודים ממוצא פורטוגזי, שהתיישבו כסוחרים בערי החוף ובתחנות המסחר בפתחי הנהרות הגדולים, ששימשו כערוצי מסחר עם פנים היבשת.קהילות יהודיות ובתי כנסת התקיימו בערים ביסאו, קשאו, באפטה ועוד. בעיר באפטה המצוייה בפנים המדינה שרדה קהילה יהודית ובית כנסת עדמלחמת העולם השנייה. אז פרקו השלטונות הקולוניאליים הפורטוגזים, ששיתפו פעולה עם הנאצים את הקהילה, הרסו את בית הכנסת והקימו במקומו אנדרטה.
היהודים התבוללו בקרב האוכלוסייה המקומית. צאצאית אחרונה ליהודים בגיל מבוגר מתגוררת בעיר ביסאו. עם זאת, שמות משפחה יהודיים כמו פרארה, דה סילבה, אוליביה ואחרים עדיין קיימים בקרב התושבים.
ארגון הבריאות העולמי מעריך כי בגינאה ביסאו ישנם 5 רופאים לכל 100,000 נפש. שכיחות נגיף ה-HIV בקרב האוכלוסייה הבוגרת עומד על כ-1.8%. מחלה קטלנית יותר היא המלריה, אשר פגעה ב-9% מהאוכלוסייה וגרמה לתמותה משולשת מזו של האיידס.תוחלת החיים הממוצעת עומדת על כ-47 שנים לגברים ו-49 לנשים. בשנת2010 חלה עלייה בשיעורי תמותת האימהות לעומת שנים קודמות.
החינוך הוא חובה בגילאי 7 עד 13.חינוך לגיל הרך לילדים בגילאי שלוש עד שש הוא אופציונלי בשלבים מסוימים. בשנת2011 נאמד שיעור האוריינות בכ-55.3% (68.9% בקרב גברים ו-42.1% בקרב נשים). ההשכלה הגבוהה מוגבלת ולכן רבים מעדיפים ללמוד מחוץ למדינה.העסקת ילדים נפוצה מאוד במדינה.