גאון היה התואר שלראשיישיבותסורא ופומבדיתא שבבבל ושלישיבת ארץ ישראל, מסוףהמאה ה-7 ועד אמצעהמאה ה-11 – תקופה הידועה בתולדות ישראל כתקופת הגאונים. הגאונים היו הסמכות ההלכתית העליונה, לא רק בבבל אלא בכל תפוצות ישראל. הגאונים עסקו בפירוש התלמוד כפי שקיבלו אותו מהסבוראים (וקודמיהם האמוראים), והתמקדו בהנחלתו לעם כך שישפיע על כל תחומי החיים.
בעברית מודרנית משמש הכינוי "גאון" לציון יכולת שכלית גבוהה, ובהקשר התורני כתואר חשיבות תורני כללי, המתייחס לכלתלמיד חכם גדול.
הרבמנחם המאירי בהקדמתו לחיבורו עלמסכת אבות כותב שבתקופת הגאונים הייתה הרמה הלימודית גבוהה מאוד, והיו תלמידים הבקיאים בתלמוד בעל פה.
התואר "גאון" הוא ככל הנראה קיצור של "ראש ישיבת גאון יעקב"[2], כאשר מקור התואר בפסוק בספר תהלים:”יבחר לנו את נחלתנו, את גאון יעקב אשר אהב סלה.”[3] לאחר תקופת הגאונים, שימש תואר זה את ראשי הישיבות בארץ ישראל, בבגדאד, בדמשק ובמצרים ומאוחר יותר הפך לתואר כבוד כללי לגדול בתורה.
תואר נוסף בישיבות הגאונים, אשר שורשיו עוד מתקופת האמוראים, היה "ריש כלה" - חכם מן החכמים אשר עמדו בראשירחי הכלה, בהם התכנס כל העם ללמוד תורה, פעמיים בשנה. תואר נוסף בישיבות הגאונים, שלא התברר עדיין די הצורך, הוא התואר "אלוף", ייתכן שהוא קשור לכך שהציבור נמשל לצאן והאלוף הוא הרועה.
יש שדרשו רמז בתואר "גאון", שערכו בגימטריא 60. מי שידע על בוריין את כל 60 מסכתות הש"ס הוענק לו התואר גאון.
למעשה, התואר 'גאון' יכול היה להתקיים גם בתקופת ה"סבוראים", שכן מדובר בתואר של כבוד בלבד[4]. סימוכין לכך נמצאו גם בתשובה ששלח רב שרירא גאון כינה אתרב רבא גאון (שפעל סביב שנתד'תי"א-651) וסיעתו "רבנן סבוראי"[5]. כמו כן, רב שרירא גאון באיגרתו מכנה גם אמוראים בתואר גאון, ביניהם:רב אשי,רב נחמן בר יצחק[6].
בדרך כלל מינוי הגאון לראשות הישיבה נעשה לאחר התייעצות עם הגאון של הישיבה השנייה, עם חכמי הישיבה עצמה, עםראש הגולה ולבסוף היה המינוי גם צריך לקבל את אישור של הח'ליפה השולט באותה עת. לעיתים נבחר לתפקיד המועמד הראוי ביותר, לעיתים בעל ותק וניסיון רב אך לעיתים מונה מועמד שפשוט היה נוח לראש הגולה. על רקע ניגוד האינטרסים הזה פרץ לעיתים סכסוך בין חכמי הישיבות ובין ראש הגולה, כאשר כל אחד מהצדדים מינה גאון משלו. בנוסף לידע מעמיק וכושרניהולי, גם ייחוסמשפחתי סייע לקבלת מינוי לגאון – מרבית הגאונים נמנו עם שש או שבע משפחות שחלקן אף היו מיוחסות לדוד המלך.
אחרי כ-50 שנה שישיבות סורא ופומבדיתא היו סגורות, שב רבחנן מאישקיא, בראש סיעת חכמים, לעיר פומבדיתא ופתח שם את סדר הלימודים כמקדם (ד'שמ"ט -589). לאחר שנתיים, או 20 שנה (ד'שנ"א אוד'שס"ט, הדבר תלוי בחילופי נוסחאות באיגרתרב שרירא גאון), התחדשה גםישיבת סורא, שהלימודים בה פסקו אחר פטירתרב עינא, ובראשות הישיבה עמד רבמר בר רב הונא. מכאן ואילך נמשך רצף של ראשי ישיבות בישיבות סורא ופומבדיתא.
בתחילת המחקר ההיסטורי אודות תקופת הסבוראים, הניח הרבדוד גנז, וכן ההיסטוריוןצבי גרץ כי תקופת הסבוראים הייתה קצרה מאוד. אחריהם הלכו רוב ההיסטוריונים וכותבי ימי ישראל עדהמאה ה-20. לפי הנחה זו, האירוע של פתיחת ישיבת פומבדיתא מחדש (ד'שמ"ט -589), פתח את ראשיתה של תקופת הגאונים, וסיים את תקופת הסבוראים[7].כיום, בעקבות מציאת כתבי יד רבים והתרחבות משמעותית של המחקר על תקופת הסבוראים[8], מקובל שתקופת הגאונים התחילה מאוחר יותר, כמאה שנים לאחר מכן[9]. זאת, בהתאם לדבריו המפורשים של רביאברהם אבן דאוד (הראב"ד הראשון), שבספרו "ספר הקבלה" מונה חמישה דורות שלסבוראים ומציין את סיומה של תקופת הסבוראים בשנתד'תמ"ט (689), עם פטירתו שלרב ששנא, ראש ישיבת סורא. אחר כך - כתב הראב"ד - התחילה תקופת הגאונים. הרבשלמה רוטנברג בספרותולדות עם עולם[10] הביא לכך גם סימוכין מדברי הגאונים וראשונים, שמכנים אתרב הונא, סבורא בדור החמישי (האחרון), כ"רבנן סבוראי"[11].
בניגוד לתקופת הסבוראים, תקופה שבכללותה ניתן להגדירה כפרק הזמן בו לא כתבו ספרים מסודרים אלא רק שיפצו והוסיפו בתלמוד הבבלי, תקופת הגאונים הייתה תקופה של פוריות ספרותית (יחסית) וממנה הגיעו לידינו ספרים רבים.
תקופת הסבוראים מקבילה מבחינה היסטורית-פוליטית לתקופת שלטוןבית אומיה. בתקופה זו הבירה של האימפריה הערבית הייתהדמשק. תקופת הגאונים, עד1050, מקבילה מבחינה היסטורית-פוליטית לתקופת שלטוןבית עבאס. בתקופה זו בירת העולם הערבי הייתהבגדאד שבבבל וכבר בסוףהמאה התשיעית עברו אליה שתי הישיבות החשובות והעתיקות מהעריםסורא ופומבדיתא.
תקופת הגאונים יצרהסוגה ספרותית חדשה,ספרות השו"ת. בגלל המרחק הגאוגרפי הגדול בין הקהילות בגולה, המציאות השלטונית המשתנה והקושי להבין את התלמוד שנפוץ ללא פירוש, נתקלו היהודים במקומות פזוריהם בבעיותהלכתיות רבות. את בעיותיהם העלו על הכתב ושלחו אל הישיבות הגדולות בסורא ובפומבדיתא, והגאונים או תלמידיהם שלחו את תשובותיהם בחזרה. באופן הזה נוצרו חילופי מכתבים שיצרו את ספרות השו"ת. בידינו מצויות אלפי תשובות מתקופה זו, ועוד רבות נמצאות כנראה בגניזת קהיר ובגניזות אחרות.
יחד עם מכתבי השאלות שנשלחו אל הגאונים שלחו הקהילות שבתפוצות גם סכומי כסף לקיום מרכז לימוד התורה בבבל. עד ימיו שלכהן צדק גאון בן רב יוסף ראש ישיבת פומבדיתא, שעמד בראשה בשנים 936-917, קיבלה ישיבת סורא כשני שלישים מכלל הכספים שתרמו הקהילות לישיבות, בעוד שישיבת פומבדיתא קיבלה רק שליש אחד. עם התחזקות ישיבת פומבדיתא בימי רב כהן צדק, חולקו התרומות באופן שווה.
הצלחתם של הגאונים בהפצת התלמוד וההלכה הפסוקה ובהטמעתם בכל תפוצות ישראל הביאה, באופן פרדוקסלי, לירידה בכוחם, עם התפתחותם של מרכזיתורה במקומות נוספים, כגוןקירואן בתוניסיה,ספרד,מגנצא בלותרינגיה ועוד. לכך נוספו שקיעת הח'ליפוּת בבגדאד, ירידת כוחההכלכלי שליהדות בבל וגזירות של השלטונות בבבל. כל אלה הביאו לסוף מוסד הגאונות בבבל בשנת1040 בערך ומעט מאוחר יותר גם להפסקת הגאונות בארץ ישראל. עם פיזור הסמכות ההלכתית ברחבי העולם היהודי התחילה תקופת הראשונים.
חשיפת קטעי גניזה רבים מעלים תמונה של מציאות של ספרות הלכה בארץ ישראל בתקופה שלאחר חתימת הירושלמי, ושלבני ארץ ישראל הייתה מסורת הלכתית מיוחדת שנשענה על התלמוד הירושלמי ועל מסורות ארצישראליות נוספות. ומכאן "ששלשלת של תורה וראשי ישיבות לא פסקה בארץ ישראל מעולם עד סוף תקופת הגאונים". יש שטענו שמסורת ארצישראלית זו היוותה בסיס להבדלים ביןיהדות אשכנז שנסמכה עליה לביןיהדות ספרד שנסמכה על המסורת הבבלית[17], אולם טענה זו נכונה במידה מוגבלת בלבד.בין גאוני ארץ ישראל נמנים:
^Halivni, David, "Aspects of the formation of the Talmud", in: Creation and Composition: The Contribution of the Bavli redactors (Stammaim) to the Aggada, Jeffrey L. Rubenstein (ed.), Mohr Siebeck, Tübingen, 2005, pp. 339 – 360.
^דבר זה מוכיח שהמשפט בדבריאגרת רב שרירא גאון "ואלו הגאונים שהיו בישיבתנו" לא בהכרח תוחם את הגבול שבין תקופת הסבוראים לתקופת הגאונים
^הם התבססו על כך שיש מעט מאוד מידע על תקופת הסבוראים, וסמכו דבריהם על דברירב שרירא גאון באיגרתו, שפותח את רשימת ראשי הישיבות מאחרי רבחנן מאישקיא במילים (בתרגום מארמית;) "ואלו הגאונים שהיו בישיבתנו". ראו "סדר הדורות", "תורתם של גאונים" לפרופ' שלמה זלמן הבלין ויצחק יודלוב. ראו גם "אוצר הגדולים אלופי יעקב" לר' נפתלי יעקב הכהן, כרך א, פתח האוצר עמ' יד-יז.
^תשובתחמדה גנוזה סימן קמ, רמב"ן קידושין דף ג עמוד א, תלמיד הרשב"א שם, וכן בריטב"א.
^התאריכים בפסקה זו הם על פי "ממלכת ישראל בתקופת הגאונים", פרופ'משה גיל, התשנ"ז-1997. חלק מן המידע בעניין התאריכים מסתמך על מקורות עובדתיים, אבל חלקו מסתמך על השערות, בהיעדר מקורות מוסמכים או בשל סתירה בין מקורות. לכן ישנם חילוקי דעות בין החוקרים בנוגע לפרטים מסוימים בחלק מן התאריכים.
^החלוקה לדורות בהתאם לספר הקבלה, היחיד שמחלק את הגאונים לדורות. השנים בהם כיהנו כראש ישיבה, הם לפיאגרת רב שרירא גאון (שקדמה לספר הקבלה) ונחשבת למדויקת יותר