העיר הוקמה בנקודה בה זורם נהר האקס היורד מן הגבעות אלמישור הצפה. עבור המנווט בנהר מדרום (מכיוון הים) הייתה העיר הנקודה הטבעית לביצור לקראת כניסת הנהר אל בין הגבעות. התשתית הגאולוגית של רוב שטח העיר הואאבן חול, בעוד מרכזה המוגבה מושתת עלפקק געשי.
קיימות עדויות ליישוב במקום עוד מן התקופה הפרהיסטורית, אולם ההיסטוריה של העיר מתחילה בתקופה הרומית. שמה בלטינית היה איסקה דומנונירום (Isca Dumnoniorum), "איסקה" לפי תרגום ללטינית של שם הנהר הסמוך שהוראתו בברטונית הייתה "מלא דגים" ו"דומנונירום" כלומר "של (אזור) דבון". בשנת55 לערך ייסדו הרומאיםמבצר בנקודה, שהיה המעוז המבוצר הדרום-מערבי ביותר בבריטניה הרומית ושימש אתהלגיון השני אוגוסטה. המקום הפך למרכז המנהלי והמסחרי של אזור דבון ומוזכר בחיבורו שלתלמי "גאוגרפיה"[1]. בשנת75 הפכה העיר לאזרחית, עם פינוי הלגיון מהמקום. שרידיבתי מרחץ מהתקופה נמצאים תחתקתדרלת אקסטר[2].
העיר ידעה שגשוג במחצית הראשונה שלהמאה ה-4 ובשטחה נמצאו אלפימטבעות רומיים מהתקופה.
בתקופתהאנרכיה (1136) שימשה המצודה את מתנגדיו שלסטיבן, מלך אנגליה. בשנת1130 התקיימו בעיר שבעהירידים שנתיים, משנת1231 התקיים בעיר יוםשוק שבועי ובשנת1281 דווח כי היא העיר היחידה בדרום-מערב אנגליה המקיימת שלושה ימי שוק בשבוע. ב-1238 נבנה גשר האבן הראשון על האקס[3]. בשנים1250 ו-1384 נפגעה העיר עקבשיטפונות בגאות נהר האקס על גדותיו[4]. בשנת1400 לערך נשלמה בנייתה של קתדרלת אקסטר, שהחלה כבר ב-1112[5].
ב-1537 הפכה העיר למחוז עצמאי קטן (County corporate). ב-1566 נכרתה תעלת אקסטר, נתיב המים המלאכותי העתיק ביותר בבריטניה, על מנת לאפשר מעבר ספינות גדולות יותר לעיר, תוך מעקףביצות ושרטונות חול בנתיב הנהר[6]. לפי המסורת, ב-1588 לערך בנו במספנות העיר את ספינות המלחמה שסייעו לצי הבריטי להביס אתהארמדה הספרדית, בתמורה העניקהאליזבת הראשונה, מלכת אנגליה לעיר את הרשות לשאת את המוטוSemper fidelis ("נאנמנה תמיד", בלטינית). מסורת אחרת מקשרת את המוטו לתמיכתה של העיר בצ'ארלס השני, מלך אנגליה בעתמלחמת האזרחים האנגלית (1650 לערך), מסורת זו נתמכת בעובדה שהמוטו מופיע בכתב לראשונה רק ב-1660[7]. איש האשכולות האיטלקילורנצו מגלוטי (Lorenzo Magalotti), שביקר בעיר ב-1665 ציין שהיא מרכז סחר עשיר בצמר ובבדים.
עם ראשיתהמהפכה התעשייתית ניצלה העיר את נהר האקס מהיר-הזרימה לרתימת המים לאנרגיה עבור מכונות לעיבוד צמר ומכונות אריגה והשיגה יתרון תחרותי. אולם, התפתחות הקיטור כמקור אנרגיה פגע בהתקדמות העיר, שהייתה מרוחקת מאתרי כרייתפחם. העיר נותרה מאחור ולא התפתחה תעשייתית במהלךהמאה ה-19.
ב-1905 נבנה גשר חדש, עשויברזל יצוק מעל האקס, במקום הגשר הג'ורג'יאני שנהרס לשם כך[3] וברחובות העיר החלו לנועחשמליות.
במהלךמלחמת העולם השנייה הופצצה העיר במסגרתהבליץ (שנודע כ"בליץ בדקר", Baedeker Blitz) ב-23 באפריל וב-3 במאי1942. ההפצצות הרסו חלקים נרחבים במרכז העיר, כולל מבנים היסטוריים רבים, בהם הקתדרלה שניזוקה. בשנות ה-50 של המאה ה-20 נעשה מאמץ לשקם את מרכז העיר במהירות, תוך סילוק ההריסות והמבנים הפגועים והקמת מבנים מודרניים, ללא ניסיון לשחזור או שימור המבנים ההיסטוריים וללא זיקה לבנייה המסורתית. אחת מתוצאות הבנייה החדישה באותה עת הייתה הקמתמרכז הקניות המודרני Princesshay במרכז העיר ההיסטורי[8]. ב-1955 הוקמהאוניברסיטת אקסטר, על בסיסקולג'ים שהתקיימו בעיר מאמצע המאה ה-19[9].
ב-27 באוקטובר וב-3 בדצמבר1960 נפגעה העיר קשות עקבשיטפון, דבר שהוביל להקמת מערך מחסומי שיטפונות שבנייתם החלה ב-1965 והסתיימה ב-1977[4]. כחלק מהעבודות נבנו שני גשריבטון על הנהר ב-1969 וב-1972 וגשר הברזל מ-1905 הועבר ממקומו ונשמר במקום אחר[3].
אזכור ראשון של יהודים בעיר קיים משנת1181. בשנת1287 התקיים בעירסינוד נוצרי שחייב את יהודי אנגליה לענוד טלאי צהוב בצורת לוחות הברית. ב-1290גורשו היהודים מאנגליה. ב-1724 השתקע בעיר סוחר יהודי בשם יעקב מוניס מפדובה. ב-1757 הגיעו לעיר סוחרים יהודים מהנובר שרכשו שטח לבית קברות מחוץ לחומות העיר. בשנת1763 נוסד בעירבית כנסת, לשירות סוחריםספרדים מהולנד[12]. מאוחר יותר הפך בית הכנסת לאשכנזי, כאשר רוב הקהילה בעיר הייתה אשכנזית. בשנת1842 נמנו בעיר שלושים משפחות יהודיות בלבד וב-1878 נמנו בה פחות מעשרה בתי אב. ב-1889 הפסיק בית הכנסת לפעול באופן סדיר[13].
ב-1895 החיה צ'ארלס סמואלס את חיי הקהילה בעיר, הוא שימש כראש הקהילה עד1944[14].
העיר מהווה מרכז תעסוקתי לסביבתה. נכון ל-2013, כ-35,000 מועסקיםמגיעים אליה מדי יום לעבודה בעיר מיישובי הסביבה המהווים כ-28% מאוכלוסייתה הקבועה[15]. המעסיקים העיקריים הם המטה הארצי של המשרד הלאומי למטאורולוגיה בבריטניה ומן הגדולים בעולם (Met Office) ואוניברסיטת אקסטר. זאת בנוסף למרכזי שירותים ומסחר המשרתים את כל אזור "לב דבון". קשרי התחבורה הטובים של העיר עם שאר חלקי המדינה וקרבתה לנמל התעופה הבינלאומי המתפתח (Exeter International Airport) הופכים אותה ליעד מועדף לעסקים. מרכזי הקניות בעיר כוללים סניפים של רשתות בינלאומיות ובריטיות גדוליות.
תחנת הרכבת החשובה של העיר היא תחנת סנט דייוויד'ס (מתוך שבע תחנות רכבת), התחנה מהווה תחנת מעבר בין קווים רבים. בין היתר משרתת התחנה שני קווים ללונדון, אחד מהיר לתחנת הרכבת פדינגטון והשני, מאסף דרךסולסברי לתחנת ווטרלו. קו נוסף הוא קו עורקי היוצא מאקסטר ועובר דרךבריסטול,ברמינגהאם,לידס,ניוקאסל,אדינבורו ואברדין. כן משמשת התחנה צומת בין קווי דרום-מערב אנגליה. תחנת הרכבת המשרתת את מרכז העיר היא Exeter Central ובנוסף קיימות עוד חמש תחנות רכבת פרבריות.
"ספר אקסטר" (Exeter Book או Codex Exoniensis) הואקודקס מןהמאה ה-10 הכולל אסופתשירהאנגלו-סקסונית שנתרם לספריית קתדרלת אקסטר ב-1072. זהו אוסף השירה הגדול ביותר באנגלית עתיקה שהגיע לידינו. הספר כולל גם כמעט 100חידות.
ספר המס של אקסטר (Liber Exoniensis או Exon Domesday) הוא חלק מספר יום הדין הכולל את מרשם תשלומי המס של מחוזות דרום-מערב אנגליה:קורנוול, דבון,דורסט,סאמרסט ווילטשייר לשנת1086.