איי אינדונזיה הם שרידי יבשה גדולה, שחיברה בעבר הגאולוגי ביןאסיה ואוסטרליה, ושקעה בים בתקופת השלישון.חלקים מאינדונזיה נמצאים מעבר לקו ואלאס, הקו המפריד בין אזורי תפוצת בעלי החיים שמקורם באסיה לבין אזורי תפוצת בעלי החיים שמקורם באוקיאניה; מבחינת היבשות, מערבאיריאן הוא חלק של אי אוקיאני וכל המחוזות שממערב לו הם מחוזות אסיאתיים כך היא נהפכת למדינה המתחלקת בין שתי היבשות.
3 מיניזוחלים ימיים: Globidens timorensis, Mixosaurus timorensis, Ichthyosaurus ceramensis ששרצו בעידן המזוזואיקון נתגלו באינדונזיה, 2 מהם במערב טימור, ואחד בסראם[8], בין הזוחלים המאוחרים יותר נתגלו שרידיהם של צב יבשה ענק במערב טימור ובסולאווסי החל משנת1971, 3 מינים שלכוח (לטאה) ידועים מהמאובנים: 2 פרטים בתריניל באיג'אוה, שנתגלו בשנת1911 וזוהו ב-1935, מין נוסף נתגלה ברייביא במערב טימור בשנת1966, ושרידיכח ענק נתגלו בפלורס בשנת2005.מן היונקים נתגלהפיל ננסי בסולאווסי ובפלורס[9], ופנגולין קדום Manis palaeojavanica[10],, התגלה באיים ג'אווה וקאלימאנתאן, זמן מאובני הפיל והפנגולין הוא מהפלייסטוקן.
עם הגעתסוחריםערבים ופרסים במאה ה-8, נפוץ האסלאם באיים. נמצאהמצבתקבר של שיח' מוסלמי בבארוס באי סומטרה שזמנה לשנים668/669[11]. זהו האזכור הקדום ביותר של המוסלמים באינדונזיה. קיימת עדות של נוסעסיני על נוכחות מוסלמים באינדונזיה כבר בשנת674[12], ממלכתסריויג'איא יצרה קשר עם הח'ליפהעמר בן עבד אלעזיז החל718. אז שלח המאהאראג'אסרי אינדראוארמאן של סריויג'איא מכתב אל הח'ליפה בבקשה שישלח אליומטיף ללמדו את האסלאם. אין בזה אישור לאסלום ממלכת סריויג'איא כי נתיניה המשיכו להאמין בבודהיזם. תשובת המוסלמים למכתב באה במכתב משנת724 בלווישפחה "זנג'ית"אפריקנית שחורה שנשלחה אל סרי אינדראוארמאן[13].מסחרה של סריויג'איא הגיע עדמדגסקר במערב, כולל מהגרים מסריויג'איא שנותרו שם בשנת830,הודו,תאילנד,הפיליפינים,מלאיה,סין וכל מרחבי הארכיפלג האינדונזי עד לאיריאן המערבית. ישנה כתובת חרוטה על לוחנחושת שנמצאה בפיליפינים המעידה על קשר בין הפיליפינים לסריויג'איא והאיג'אווה. הכתובת מכילה מילים מ-4 שפות:סנסקריט,מלאית עתיקה,טאגאלוג ושפת האי ג'אווה. זמנה מקביל ליום שני21 באפריל שנת900.
בתקופה הקולוניאלית היותבלינים מצרך חשוב ויקר באירופה. כאשר הגיעו הפורטוגלים לאיים בשנת1505 בחיפוש אחר תבלינים, הם מצאו מספר רב של מדינות קטנות וחברות שבטיות שהיו חשופות להשתלטות. הרצון לשלוט בסחר התבלינים הביא את חדירת ההולנדים לאזור החל מ-5 ביוני1596, ובמשךמאה ה-17 בעזרתחברת הודו המזרחית, אשר ייסדהתחנות סחר ושלטה ברוב איי האזור באמצעות מושלים ונסיכים מקומיים. בשנת1798 התמוטטה החברה ההולנדית, הולאמה על ידיהרפובליקה הבטאווית ב-31 בדצמבר1799 ושוב פשטה רגל ב-1806 ואחרי מלחמות נפוליאון, עברו שטחיה בשנת1816 לשלטון הולנדי ישיר, שדיכא מרידות של בני האיים ועד ל-1918 השלים השתלטות על כל שטחי אינדונזיה של היום. באותה עת צמחה במדינה תנועהלאומית חזקה.
בשנת1940, במשךמלחמת העולם השנייה, מנעה הולנד מהאימפריה היפנית את יבוא הנפט מאינדונזיה, דבר שגרם להתקפה והשתלטות יפנית על האיים בשנת1942.יהודי אינדונזיה במלחמת העולם השנייה מנו כ-3,000 נפש. היפנים ריכזו את כל התושבים הזרים, בהם היהודים, במחנות ריכוז. גם כלפי המוסלמים הופעלה מדיניות מזלזלת ומשפילה: היפנים כפו על כל המתפללים במסגדים להתפלל לכיווןטוקיו במקוםמכה. היפנים כוננו ממשלה משתפת פעולה מקרב אנשי המפלגה הלאומית וב-22 במרץ1945 ארגנו ועדה שדנה בעצמאות אינדונזיה.ב-17 באוגוסט1945 הכריזו נציגי המושבה, בהנהגתסוקרנו, על עצמאות אינדונזיה[14]. פחות מחודש לאחר מכןיפן נכנעה אך חייליה הושארו ככוח לשמירת החוק באיים בשם הולנד עקב אי יכולתה של האחרונה לשלוח צבא, בהיותה עסוקה בעצמה בשיקום ארצה החרבה מהכיבושהנאצי. כעת הכוח היפני הפך מתומך העצמאות למדכא שלה, אך כוחותיו של סוקרנו המשיכו לנהל מלחמתגרילה. גם ההולנדים לא הכירו בהכרזה ובמשך 4 שנים התחוללה במדינהמלחמת גרילה נגד שני הכובשים. למרות הצעות הפשרה ההולנדיות, שכללו מתן מעמד מיוחד של דומיניון לאינדוזיה[15] לחץ בין-לאומי אילץ את הולנד להכיר לבסוף בעצמאות המדינה, ב-27 בדצמבר1949[2]. סוקרנו הפך לנשיאה הראשון של הפדרציה של אינדונזיה.
כבר ב-1950 החליף סוקרנו את המשטר הפדרטיבי ברפובליקה ריכוזית, ובשנים הבאות גברו נטיותיו הרודניות. במדיניות החוץ התקרב סוקרנו לעמדותהרפובליקה העממית של סין וברית המועצות, ואילו כלפי פנים ניסה להשליט את התרבות הג'אווית על המיעוטים שביקשואוטונומיה. בין השנים1959 עד1965 החיל סוקרנו על המדינה משטר אוטוריטרי שכונה "דמוקרטיה מודרכת". בשנות ה־60 נחלש כוחו של סוקרנו ובמקביל גברה השפעתה של המפלגה הקומוניסטית במדינה. כאשר האו"ם קיבל אתמלזיה כחברה לא קבועה, למרות התנגדות חריפה של אינדונזיה, ביטל סוקרנו בראשית 1965 את חברותה של אינדונזיה באו"ם, והחל להפעיל בגלוי יחידות צבאיות שחצו ב-28 ביוני את הגבול המלזי והתעמתו עם כוחות הצבא המקומיים. פריצתה של מלחמה אזורית כוללת נעצרה רק בעקבותטיהור הקומוניסטים באינדונזיה ומלחמת אזרחים שפרצה במדינה לאחר ניסיון הפיכה ב-30 בספטמבר 1965. לאחר ניסיון זה השתלט הצבא, בפיקודסוהארטו, על המדינה כשהוא מדכא באכזריות את תומכי המפלגה הקומוניסטית. ב-12 במרץ 1967 הפך סוהארטו רשמית לנשיא, והודיע על הדחתו של סוקרנו.
בשנת1975 כבשה אינדונזיה את המושבה הפורטוגלית לשעברמזרח טימור ודיכאה באכזריות את תושביה. לפי הערכות שונות בין 102 ל-300 אלף תושבים מתו ברעב או נרצחו בצורה אלימה בידי הצבא האינדונזי במה שמכונהרצח העם במזרח טימור, כלומר בין שביעית עד שליש מתוך האוכלוסייה המקורית.
תחת שלטונו של סוהארטו זכתה אינדונזיה לשגשוג בזכות מדיניות פרו-מערבית ורפורמות כלכליות בתעשיית הנפט, אולם סכסוכים פנימיים והאשמות רבות בשחיתות גרמו להתחזקות האופוזיציה ולהתרבות תנועות הקוראות לדמוקרטיה. בשנת1998 נאלץ סוהארטו להתפטר בעקבות המשבר הכלכלי באסיה, ושנה לאחר מכן נערכו במדינה בחירות דמוקרטיות. חוסר היציבות נמשך כאשר מיעוטים בדלנים רבים שואפים לאוטונומיה, בעוד הצבא מנסה להבטיח את המשך קיום אינדונזיה כמדינה ריכוזית אחת. בשנת2002, לאחר שנים של מאבק אלים ובעקבות התערבות בין-לאומית ומשאל עם, זכתה מזרח טימור בעצמאות.
בשנת2019 הוחלט להקים בירה חדשה באיבורנאו[16], ובשנת 2022 הוחלט ששמה של העיר יהיהנוסאנטארה[17] והחוק להעברת הבירה עבר בפרלמנט[18].
בסקר שנערך ב-2020 מנתה אוכלוסיית אינדונזיה מעל 270.2 מיליון אזרחים, ועמדה במקום ה-4 בגודלה בעולם[19]. לפי נתוני הבנק העולמי מנתה אוכלוסיית אינדונזיה ב-2022 מעל 275 מיליון תושבים[20]. בתחילת המאה ה-21 עדיין גרו רוב תושבי המדינה בכפרים, אך ניכרה הגירת אוכלוסייה רבה לערים הגדולות.
באופן גס ניתן לחלק את אוכלוסיית המדינה לשתי קבוצות אתניות עיקריות:מלאיים הגרים במערב ופפואנים הגרים במזרח. למרות החלוקה הזאת, קיים שוני תרבותי רב מאזור לאזור, היות שהמדינה מורכבת מהרבה שבטים שונים. באינדונזיה מדוברות 742 שפות[21]. רק אחת מהשפות היא רשמית:אינדונזית.
הגדולה והחזקה בקבוצות האתניות באינדונזיה היא של הג'אוונזים (בניג'אווה). בניסיונם ליצור אחדות לאומית ניסו הג'אווים להשליט את תרבותם על המדינה כולה ולדכא מסורות אחרות. ניסיונות אלה עוררו תגובות נגד קשות ובהן התחזקות האסלאם הקיצוני והתגברות המגמות הבדלניות של עמי אינדונזיה.
האסלאם הוא הדת השלטת באינדונזיה (כ-88%) וזוהי המדינה בעלת מספר המוסלמים הגדול ביותר בעולם, עם מעל 220 מיליון מוסלמים. שאר התושבים הםנוצרים (כ-9%),בודהיסטים (2%) והינדואים (1%). באינדונזיה ככל שמתקדמים מזרחה הדומיננטיות המוסלמית יורדת וההפך. אם במערב פפואה במזרח המוסלמים הם רק שליש מהאוכלוסייה, באצ'ה בקצה המערבי של המדינה, המחוז מתנהל לפי חוקי השריעה. שרותי דת מסופקים בפיקוח שלהמשרד לשירותי דת. בסוףשנות ה-90 של המאה ה-20 ותחילתהמאה ה-21 החלו לפרוץ מהומות על רקע דתי באזורים שונים של המדינה.
הכלכלה האינדונזית היא הכלכלה הגדולה בדרום-מזרח אסיה. היא מאופיינת ככלכלת משק, שבה לממשלה בעלות על חברות מרכזיות רבות, וכן סמכות לפיקוח על מחירים של מוצרים רבים.
לאחר תקופה של פריחה כלכלית בין1989 ל-1997 בה צמחה הכלכלה בכ-7% לשנה, הייתה אינדונזיה למדינה שנפגעה בצורה הקשה ביותר מהמשבר הכלכלי במזרח אסיה בשנת 1997, שהביא לקריסת המטבע המקומי, הרופיה האינדונזית.דירוג האג"ח של המדינה ירד לרמה שלאג"ח זבל. אירועים רבים של קרבות עם בדלנים ברחבי המדינה וחוסר היציבות הפוליטית השפיעו גם הם לרעה על הכלכלה.רפורמות כלכליות שניסו להתמודד עם השחיתות הנפוצה במדינה, הביאו לשיפור ולהתאוששות כלכלית בעשור הראשון של המאה ה-21. ב-16 בדצמבר2011 העלתהסוכנות הדירוגפיץ' את דירוג האשראי של המדינה אל מעל לרמה של אג"ח זבל, לראשונה מאז נפגעה אינדונזיה במשבר הכלכלי שהכה באסיה ב-1997. עם זאת, במדינה ישאינפלציה גבוהה, וכ-18% מהתושבים נמצאים מתחת לקו העוני (2006).
כיום נחשבת כלכלת אינדונזיה כאחת הכלכלות הצומחות והמבטיחות ביותר בעולם. על פי סקירה שפרסמה היחידה הכלכלית במכון היצוא עולה כי בשנת 2011 דורגה הכלכלה האינדונזית במקום ה-16 במונחי תוצר נומינלי ובמקום ה-15 במונחי תוצר ע"פ כוח קנייה. ככלכלה הגדולה בדרום-מזרח אסיה וככלכלה החמישית בגודלה ביבשת אסיה כולה (אחרי סין, יפן, הודו וקוריאה הדרומית), מהווה אינדונזיה כוח כלכלי עולה עם פוטנציאל להיות, בעתיד, מעצמה כלכלית. תוך כעשור הצליחה הכלכלה האינדונזית להכפיל את גודלה פי 6 ולהיחלץ ממשבר כלכלי חמור שזעזע את היבשת. בשנים הבאות צפויה אינדונזיה להמשיך לצמוח בקצב מהיר והיא עתידה לעקוף כלכלות גדולות ומבוססות; כבר ב-2011 תפסה אינדונזיה את מקומה של הולנד ככלכלה ה-16 בגודלה בעולם. במונחי כוח קנייה צפויה אינדונזיה להשאיר מאחור גם אתאיטליה ואוסטרליה, כשעל פי התחזיות ארוכות הטווח, הצמיחה המהירה של כלכלת אינדונזיה תימשך בעשורים הקרובים והיא חזויה להוות אחת מ-8 הכלכלות הגדולות בעולם עד סוף מחצית המאה נוכחית.
אינדונזיה היא רפובליקה בעלת שלטון נשיאותי. הנשיא ובית הנבחרים עומדים לבחירה אחת לחמש שנים, בבחירות עממיות. כהונת הנשיא מוגבלת לשתי קדנציות רצופות בלבד. עד להתפטרותו של הנשיאסוהארטו במאי 1998, הייתה אינדונזיה תחת שלטון רודני, בו שלט הנשיא בפועל ומינה את רוב הנציגים בבית הנבחרים. מחליפו של סוהארטו,יוסוף חביבי, התחיל תהליך שלדמוקרטיזציה שנמשך עם הנשיאיםעבד א-רחמן וחיד, הנשיאהמגוואטי סוקרנופוטרי,סוסיליו באמבאנג יודהויונו והנשיא המכהן,ג'וקו וידודו, המכהן מאוקטובר 2014. באמצעות 4 שינויי חוקה, בוצעו עד כה תיקונים של ממש בארגון והפעלה של הרשות המחוקקת, המבצעת והשופטת. נשיא אינדונזיה הוא ראש המדינה,המפקד העליון שלצבא אינדונזיה, קובע מדיניות והשולט על ניהול ענייני הפנים והחוץ. הנשיא ממנה מועצת שרים (קבינט) שחבריה אינם חייבים להיות חברים בבית הנבחרים. בפברואר2024 נבחר לנשיאפראבואו סוביאנטו. בסוביאטו הוטחו האשמות על פגיעה בזכויות אדם כשהיה גנרל בצבא בתקופת שלטונו של סוהרטו. הנשיא המכהן ג'וקו וידאדו תמך בו כשבנו של וידאדו הוא המיועד לכהן כסגן נשיא של סוביאטו[23].
הגוף היצוגי הבכיר במדינה הואאספת העם המייעצת(אנ'), המתכנסת פעם בשנה, תומכת ומתקנת את החוקה, מקבלת דיווח מהנשיא ומקדמת את היישום הפורמלי של המדיניות שנקבעה. יש לה את הסמכות להדיח את הנשיא. לאספה שני בתים:מועצת נציגי העם(אנ') עם 550 חברים, ומועצת הנציגים האזוריים(אנ') עם 168 חברים. מועצת נציגי העם היא הגוף המחוקק שמפקח על פעילות הרשות המבצעת. המחוקקים נבחרים כנציגי מפלגות פוליטיות אחת ל-5 שנים. מעמד מועצת נציגי העם התחזק מאז 1998 באופן מהותי כתוצאה מהליך הדמוקרטיזציה. בזכותביזור סמכויות מהשלטון המרכזי למחוזות, השתפר גם מעמד מועצת הנציגים האזוריים.
הרשות השופטת באינדונזיה כוללת בתי דין של המדינה, בית דין גבוה, בית דין עליון ובתי דין בעלי סמכות בנושאים מסחריים ומנהלתיים. כמו כן קיים בית דין חוקתי שדן בנושאים הקשורים לבחירות, מפלגות פוליטיות והיקף הסמכות של רשויות המדינה. קיים גם בית דין לענייני דת.
המדיניות הרשמית בין המדינות היא התעלמות או אי-קיום יחסים רשמיים. מצב זה נשמר שנים רבות עקב היותה מדינה מוסלמית אשר תומכת במאבק הערבי במדינת ישראל, אך כמו רבות מן המדינות האסלאמיות האחרות אינה נוטלת חלק פעיל במאבק. ברמת הפרט אזרחי ישראל אינם מנועים באופן גורף מלבקר במדינה, אך יתקשו לקבל אשרת ביקור. מנגד, גם אינדונזים רשאים לבקר בישראל, ומשלחותצליינים מבקרות בה מדי שנה. בכל אחת משתי המדינות לא קיימת נציגות של המדינה האחרת, אך בערוצים לא-ישירים שונים מתקיימים קשרי מסחר שונים בין אינדונזיה לישראל.
ב-18 בינואר1950 הייתה ישראל בין הראשונות שהכירו בעצמאות אינדונזיה. אינדונזיה הודתה על ההכרה אבל לא קשרה קשרים עם ישראל בין היתר כימחמד נציר ראש ממשלת אינדונזיה דאז, ומחמד רום שר החוץ בממשלת נציר, הגדירו אותה[דרוש מקור] כ"נושאת דגל הקולוניאליזם באסיה".
בשנת1962 ארחה אינדונזיה אתמשחקי אסיה. נשלחו הזמנות לישראל, אך בסופו של דבר לא ניתן היה לממש את ההזמנות וישראל נמנעה מלהשתתף. עקב כך מנע הוועד האולימפי העולמי את השתתפות אינדונזיה באולימפיאדת טוקיו בשנת1964[24][25].
עבד א-רחמן וחיד, נשיא אינדונזיה הרביעי, הביע רגשי כבוד כלפי העם היהודי ומדינת ישראל, וקרא להכיר בה, אף שביקר את מדיניותה כלפי הפלסטינים. הנשיא ביקר מספר פעמים בישראל – בין היתר, באוקטובר 1994 ובמרץ 1997 במסגרת פעילותו בקרן פרס לשלום וכשהוענקה לו מדליה על שם יצחק רבין.
ביוני2018, פורסם כי הוחלט לבטל את הגבלות כניסת תיירים מאינדונזיה לישראל – ולהפך[26].
באפריל2024 פורסם כי אינדונזיה הסכימה לכונן קשרים רשמיים עם ישראל בתמורה להצטרפותה לארגון ה-OECD, תהליך הצפוי להימשך בין שנתיים לשלוש[28].
ביוני2024 הכריז נשיא אינדונזיה פרבואו סוביאנטו, על נכונותו לסייע לקידום פתרון צודק ובר-קיימא למלחמה בחמאס ולסכסוך הישראלי-פלסטיני על בסיס עקרונות ניהול הסכסוכים והדיפלומטיה הנהוג באינדונזיה, ובכלל זה מתן כוחות שישמרו על הפסקת אש ברצועת עזה[29][30].
