Cando a Federación australiana (FFA) decide eliminar aNational Soccer League para crear un novo campionato coñecido comoA-League, a Federación de Nova Gales do Sur mostra a súa intención de optar a unha das prazas para a liga, con localía enSydney. A candidatura presentouse o19 de xullo de2004, e cando se uniu á candidatura do empresario Nick Politis (Sydney Blues) debido a que a organización só aceptaría un club por cidade, pasou a chamarseSydney FC. A FFA aceptou a candidatura o1 de novembro; o primeiro presidente da institución sería Walter Bugno, mentres quePierre Littbarski foi designado como adestrador.
Na súa tempada inicial Sydney FC era o favorito para o título de liga, e no partido inaugural lograron atraer a máis de 35.000 afeccionados. Os resultados durante a fase de liga foron irregulares, pero osBlues conseguiron facerse coa clasificación. Xa no playoff, Sydney chegou á final de campionato e fíxose coa primeira A-League ao vencer aosCentral Coast Mariners por 1-0.
Para a seguinte campaña, Littbarski abandonou e foi substituído porTerry Butcher. Ademais, o club reforzouse coas contratacións deRuben Zadkovich eAlex Brosque. Pero o club notou as baixas do seu anterior adestrador e de Yorke, e a pesar de chegar á fase final caeu nas semifinais polo título. En 2007 mantivo o mesmo bloque do ano anterior, pero contratou aJuninho Paulista como xogador franquía así como a varios internacionais por Australia. A actuación do equipo ao comezo de campaña é mediocre, polo que se decide contratar a metade de campaña aJohn Kosmina como técnico. Sydney volve clasificarse para a fase final, sen lograr o título. En 2008-09, e a pesar de contratacións comoJohn Aloisi,Mark Bridge ouSimon Colosimo, os de Sídney pérdense por primeira vez a fase final ao quedar quintos.
En2009 anunciouse a venda dun importante paquete accionarial ao empresario ruso David Traktovenko, antigo propietario doFC Zenit San Petersburgo. Na tempada 2009/10 o equipo queda primeiro na fase regular e proclámase campión da A-League, tras vencer aMelbourne Victory por 1:1 nos penais.
Sydney FC xoga os seus partidos como local noSydney Football Stadium, coñecido ata 2007 comoAussie Stadium e localizado na cidade deSydney. Foi construído en1988 como o primeiro estadio rectangular pararugby a 13, e tamén se utiliza para albergar partidos derugby union. Conta con capacidade para 45.000 espectadores.