MEROPS é unhabase de datos en liña paraencimaspeptidases (tamén chamadasproteases) e os seusinhibidores.[1] O esquema de clasificación das peptidases publicárono Rawlings e Barrett en 1993,[2] e o de inhibidores proteicos Rawlingset al. en 2004.[3]
A clasificación está baseada nas semellanzas nos niveis estruturais terciario e primario. As comparacións están restrinxidas a esa parte da secuencia implicada directamente na reacción, o cal no caso das peptidases debe incluír ocentro activo, e para un inhibidor proteico o sitio reactivo. A clasificación é xerárquica: as secuencias ensámblanse en familias, e as familias ensámblanse en clans. Unha familia ensámblanse arredor dunexemplo tipo, que é a secuencia dunha peptidase ou inhibidor ben caracterizados. Todas as demais secuencias da familia deben estar relacionadas co exemplo tipo da familia, xa sexa directamente ou a través de relacións transitivas que implican unha ou máis secuencias xa consideradas membros da familia. Normalmente, úsanseFastA ou BlastP para establecer relacións entre as secuencias, cun valor esperado de 0,001 ou menor tomado para que sexaestatisticamente significativo. Un clan tamén se ensambla arredor dun exemplo tipo, que é a estrutura dunha peptidase ou inhibidor ben caracterizado. Unha familia inclúese nun clan se aestrutura terciaria dun membro da familia pode demostrarse que está relacionada coa do exemplo tipo do clan. Tipicamente, utilízaseDALI para establecer a pertenza a un clan, cunvalor z de 6.00 unidades dedesviación típica ou máis consideradas que son estatisticamente significativas. Para as peptidases, outra evidencia para indicar que familias están relacionadas cando unha estrutura terciaria está ausente é se inclúen a mesma orde de residuos catalíticos nas secuencias.
