Giovanni Graciano Pierleoni era arcipreste deLetrán cando accedeu ao papado mediante o pago de 1500 libras de ouro ao papaBieito IX, que pouco antes expulsara do pontificado aSilvestre III.
O continuo escándalo que vivía a Igrexa naqueles tempos, exemplificado no feito que o ano1045 se sucederon tres papas e que os tres aínda estivesen vivos, convenceu a Gregorio VI da necesidade dunha profunda reforma, polo cal rodeouse de importantes colaboradores, entre os que destacan o monxe Hildebrand de Toscana, o futuro papaGregorio VII, a quen nomeou o seu secretario persoal.
As súas ideas reformadoras non puideron ser desenvolvidas ao non contar coa axuda do emperadorHenrique III, que malia que tamén era partidario de reformar a Igrexa, non consideraba a Gregorio o Papa adecuado para levala a cabo porque a súa elección estaba manchada por prácticas desimonía.
Esta desconfianza de Henrique III cara a Gregorio, unida ao feito que Bieito IX aínda intentaba recuperar o «solio pontificio» e queSilvestre III tampouco renunciara de forma explícita, trouxérono a deixarse convencer porOdilón de Cluny e polo ermitán Gunter, a convocar unsínodo enSutri. Alí, valéndose dos privilexios que lle atribuían oPrivilegium Othonis, no cal depuxo a Bieito IX e a Silvestre III e obrigou aabdicar a Gregorio VI, que foi desterrado aColonia onde morreu ennovembro do1047.
