Afolla β,lámina β oufolla pregada β é un tipo deestrutura secundaria regular dasproteínas, só un pouco menos frecuente ca a estrutura secundaria enhélice alfa. A folla beta está constituída porcadeas (ou febras) beta conectadas lateralmente por polo menos dúas ou trespontes de hidróxeno, formando unha folla xeralmente pregada e torcida. Unha cadea β é un tramo de cadeapolipeptídica de xeralmente entre 3 e 10aminoácidos de longo cun eixe cunha conformación case totalmente estendida. As asociacións de maior nivel das follas β están implicadas na formación de agregados de proteínas e fibrilas observadas en moitas enfermidades humanas, como poden ser asamiloidoses como aenfermidade de Alzheimer.
A primeira estrutura en folla β foi proposta porWilliam Astbury na década de 1930. Astbury propuxo a idea dos enlaces de hidróxeno entre os grupos doenlace peptídico de cadeas β estendidas paralelas ouantiparalelas. Porén, Astbury non tiña os datos necesarios da xeometría dos aminoácidos para poder construír modelos precisos, especialmente porque naquela época non se sabía que o enlace peptídico é plano. Unha versión máis refinada foi proposta porLinus Pauling eRobert Corey en 1951.
 |  |
A maioría das cadeas β dispóñense adxacentes a outras cadeas β e forman unha extrensa rede depontes de hidróxeno coas cadeas veciñas, na cal os gruposN-H do eixe dunha das cadeas establecen pontes de hidróxeno cos gruposC=O do eixe de cadeas adxacentes. Na folla β completamente estendida, as cadeas laterais dos aminoácidos apuntan sucesivamente unha para arriba e a seguinte para abaixo. As cadeas β adxacentes dunha lámina β están aliñadas de modo que os seus átomos de Cα queden adxacentes e as súas cadeas laterais apunten na mesma dirección. O aspecto "pregado" das cadeas β orixínase polos enlaces químicos tetraédricos no átomo de Cα; por exemplo, se unha cadea lateral apunta para arriba, o enlace co debe apuntar lixeiramente cara a abaixo, xa que o seu ángulo de enlace é de aproximadamente 109,5°. O pregamento causa que a distancia entre e sexa aproximadamente de 6Å, en vez do valor de 7,6 Å (2 × 3,8 Å) esperado en dous enlaces virtuais peptídicos trans totalmente estendidos. As distancias "laterais" entre átomos de Cα adxacentes nas cadeas β unidas por pontes de hidróxeno é de arredor de 5 Å
Porén, as cadeas β raramente están perfectamente estendidas, xa que en xeral mostran un certo xiro debido áquiralidade dos aminoácidos que as compoñen. Osángulos diedros preferidos enerxeticamente preto de (φ, ψ) = (–135°, 135°) (en xeral, a rexión da parte superior esquerda dográfico de Ramachandran) diverxen significativamente da conformación completamente estendida (φ, ψ) = (–180°, 180°).[1] A torsión está a miúdo asociada con flutuacións alternantes nos ángulos diedros para impedir que cada unha das cadeas β dunha lámina máis longa se bisele por separado splaying apart. Un bo exemplo dunha forquita β moi torsionada podemos atopalo na proteínaBPTI.
As cadeas laterais apuntan cara a fóra desde os pregamentos, en dirección aproximadamente perpendicular ao plano da folla; e os residuos sucesivos apuntan cara a a fóra en caras alternadas da folla.
Como as cadeas peptídicas teñen unha direccionalidade que lles vén conferida por teren extremosN-terminal eC-terminal, as cadeas β tamén son direccionais. Represéntanse xeralmente nos diagramas de topoloxía de proteínas por frechas que apuntan cara ao extremo C-terminal. As cadeas β adxacentes poden formarpontes de hidróxeno en disposición paralela, antiparalela ou mixta.
Na disposición antiparalela, as sucesivas cadeas β teñen direccións alternas (onde acaba unha empeza a seguinte) polo que o extremo N-terminal dunha está ao lado do extremo C-terminal da seguinte. Esta disposición antiparalela é a que produce a maior estabilidade entre as cadeas, porque permite que os enlaces de hidróxeno intercatenarios entre os carbonilos (C=O) e grupos amino (NH) sexan planos, a cal é a orientación preferida. Os ángulos diedros do eixe da cadea peptídica (φ, ψ) son de –140°, 135° nas follas antiparalelas. Neste caso, se dous átomos e están adxacentes en dúas cadeas β unidas por enlaces de hidróxeno, entón formarán dous enlaces de hidróxeno entre os grupos doenlace peptídico (C=O, NH) enfrontados dunha e outra, o que se chamapar cerrado ou próximo (close pair) de enlaces de hidróxeno.
Cando están dispostos paralelamente, todos os extremos N-terminal das sucesivas cadeas están orinetados na mesma dirección; esta orientación pode ser lixeiramente menos estable porque supón unha non planaridade no patrón de enlaces de hidróxeno intercatenarios. Os ángulos diedros (φ, ψ) son de –120°, 115° nas follas paralelas. É raro atopar menos de cinco cadeas paralelas enlazadas nun determinado motivo estrutural, o que suxire que cun número menor de cadeas poderían ser inestables; porén, é tamén máis difícil que se formen as láminas β paralelas, porque as cadeas cos extremos N e C terminais aliñados deben necesariamente ter os seus grupos moi distantes. Hai tamén probas de que as láminas beta β paralelas poden ser máis estables, xa que as pequenas secuencias amiloidoxénicas parecen agregarse xeralmente en fibrilas con follas β compostas de cadeas de folla β paralelas principalmente, onde se esperarían máis ben fibrilas antiparalelas se as antiparalelas fosen máis estables.
Na estrutura da folla β paralela, se dous átomos e están adxacentes en dúas cadeas β enlazadas por pontes de hidróxeno, entónnon formarán pontes de hidróxeno entre elas, senón que un residuo forma enlaces de hidróxeno cos residuos que flanquean a outra (pero non viceversa). Por exemplo, o residuo pode formar pontes de hidróxeno cos residuos e; o que se chamapar largo de enlaces de hidróxeno. Polo contrario, o residuo pode establecer ponte de hidróxeno con varios residuos á vez ou con ningún.
Finalmente, unha determinada cadea pode mostrar un patrón mixto de enlaces de hidróxeno, cunha cadea paralela a un lado e outra antiparalela no outro. Dita disposición é menos común ca o que suxeriría unha distribución aleatoria das orientacións, o que parece indicar que este patrón é menos estable ca a disposición antiparalela, aínda que as análisesbioinformáticas sempre son inimigas de extraer conclusións de termodinámica estrutural, xa que hai sempre outras numerosas características estruturais nunha proteína completa. Ademais, as proteínas están inherentemente limitadas pola cinética e atermodinámica do pregamento, polo que hai que ser sempre prudente á hora de sacar conclusións de estabilidade das estruturas das análises bioinformáticas.
A unión por enlaces de hidróxeno das cadeas β non ten que ser perfecta, senón que pode ter algunhas distorsións localizadas coñecidas comovultos beta (beta bulges).
Os enlaces de hidróxeno están situados aproximadamente no plano da folla, cos gruposcarbonilo (C=O) doenlace peptídico de residuos sucesivos orientados en direccións alternas (como comparación, nahélice alfa os sucesivos carbonilos apuntan namesma dirección).
Os residuos aminoácidosaromáticos grandes (tirosina,fenilalanina etriptófano) e aminoácidos con ramificación na cadea lateral (treonina,valina,isoleucina) son os que teñen propiedades que favorecen que se localicen nas cadeas β nomedio das follas β. Un dato interesante é que nas cadeas situadas nosbordos das follas beta se encontran residuos de diferentes tipos (como aprolina), probablemente para evitar a asociación "bordo con bordo" entre proteínas que poderían agregarse e orixinar unha formación deamiloide.[2] Tamén se suxeriu que os momentos dipolares das follas β paralelas, que van do extremo C-terminal (parcialmente negativo) ao N-terminal (parcialmente positivo) poden influenciar a propensión de certos residuos (comolisina earxinina) a formar ascarapuchas (caps) desta estrutura.[3]
Un motivo estrutural moi simple formado por follas beta é aforquita beta, tamén chamadaunidade beta-beta na cal dúas cadeas antiparalelas están unidas por un curto bucle, o cal está formado por de dous a cinco residuos, dos cales un é frecuentemente aglicina ou aprolina, e ambos os dous poden asumir as conformacións co ángulo diedro pouco usual requiridas para un xiro cerrado. Porén, unha cadea pode tamén unirse de xeitos máis elaborados con longos bucles que poden conterhélices alfa ou mesmo dominios enteiros de proteínas.
As forquitas beta poden aparecer illadas ou formando parte dunha serie de cadeas enlazadas por pontes de hidróxeno, que forman en conxunto unha folla beta. Pode utilizarse aresonancia magnética nuclear de proteínas para mostrar que as forquitas beta poden formarse a partir dunpéptido curto illado en solución acuosa, o que suxire que as forquitas poderían formar sitios de nucleación para opregamento das proteínas.[4]
O motivo greca (Greek key, un tipo de greca decorativa) consiste en catro cadeas antiparalelas adxacentes e os bucles que unen os tramos rectos. Consta de tres cadeas antiparalelas conectadas por forquitas, e a cuarta está adxacente á primeira e unida á terceira por un bucle máis longo. Este tipo de estrutura fórmase doadamente durante o proceso de pregamento das proteínas.[5][6]
Debido áquiralidade dos aminoácidos que o compoñen, todas as cadeas mostran un xiro "á dereita" evidente na maioría das estruturas β de orde superior. En particular, o bucle de unión entre dúas cadeas paralelas case sempre ten unha quiralidade cruzada que xira á dereita, que está fortemente favorecida polo xiro inherente da lámina. Este bucle de unión contén frecuentemente unha rexión helicoidal, e nese caso denomínase motivoβ-α-β. Un motivo moi relacionado con este chamado motivo β-α-β-α forma o compoñente básico das estruturas terciarias máis comúns, obarril TIM.
É unha topoloxía proteica supersecundaria simple composta por dúas ou máis cadeas β antiparalelas consecutivas unidas por bucles de tipoforquita beta.[7][8] Este motivo é común nas cadeas β e pode atoparse en varias arquitecturas estruturais como obarril β e opropulsor β (β-propeller). Omeandro era un tipo de greca decorativa da arte grega antiga.
O motivo bucle psi (Ψ) consiste en dúas cadeas antiparalelas cunha cadea en posición intermedia que está conectada coas outras dúas por pontes de hidróxeno.[9] Hai catro posibles topoloxías das cadeas que poden formar bucles Ψ simples estudadas por Hutchinsonet al. (1990). Este motivo estrutural é raro, xa que o proceso que o orixina é bastante improbable que ocorra durante o pregamenteo das proteínas. O bucle Ψ foi identificado por primeira vez na familia daácido aspártico protease.[10]
As follas beta están presentes en dominios proteicostodo β,α+β eα/β de acordo coaClasificación Estrutural das Proteínas (SCOP) e en moitospéptidos ou pequenas proteínas con arquitecturas pouco definidas. Os dominios todo β poden formarbarrís β,sándwichs β,prismas β,propulsor β (β-propeller), ehélices β (β-helix)[11].
A topoloxía dunha folla β describe a orde das cadeas β unidas por pontes de hidróxeno ao longo do eixe da estrutura. Por exemplo, opregamento de flavodoxina ten unha folla β paralela de cinco cadeas coa topoloxía 21345, na cal as cadeas que están nos bordos da estrutura son as cadeas β 2 e 5. A cadea 2 está unida por pontes de hidróxeno á cadea 1, a cal está unida á 3, e esta á 4, que finalmente se enlaza á 5 situada no outro bordo. No mesmo sistema, o motivo greca (Greek key) descrito antes ten unha topoloxía 4123. A estrutura secundaria dunha folla β pode describirse aproximadamente dando información sobre o número de cadeas, as súas topoloxías, e se os seus enlaces de hidróxeno son paralelos ou antiparalelos.
As follas β poden serabertas, o que significa que teñen unha cadea en cada un dos seus dous bordos (como nopregamento de flavodoxina ou nopregamento de inmunoglogulina) ou poden serbarrís β pechados (como nobarril TIM). Algunhas follas β abertas están moi curvadas e pregadas sobre si mesmas (como nodominio SH3) ou adoptan formas de ferradura (como noinhibidor da ribonuclease). As follas β poden ensamblarse cara con cara (como nodominio propelente beta ou nopregamento de inmunoglobulina) ou bordo con bordo, formando unha folla β grande.
As láminas beta das proteínas poden realizar movementos de baixa frecuencia de tipo acordeón tal como se observa porespectroscopía Raman[12] e se analiza co modelo case-continuo.[13]
Unhahélice β está formada por unidades estruturais repetidas que constan de dúas ou tres cadeas β curtas unidas por bucles curtos. Estas unidades colócanse unhas enriba das outras de modo helicoidal para que as sucesivas repeticións da mesma cadea se enlacen por pontes de hidróxeno unhas con outras nunha orientación paralela.
Nas hélices β que xiran á esquerda, as cadeas están bastante rectas e pouco torsionadas, e as superficies helicoidais resultantes son case planas, e teñen unha forma de prisma triangular regular, como a que se mostra na imaxe da dereita daanhidrase carbónica de arqueas 1QRE. Outros exemplos son o encima de síntese dolípido A (LpxA) e asproteínas anticonxelantes de insectos coa súa disposición regular das cadeas laterais detreoninas nunha cara que imitan a estrutura do xeo.[14]
As hélices βdextroxiras, exemplificadas polo encimapectato liase que se mostra na imaxe da esquerda ou a proteína da espícula da cola dofago P22, teñen unha sección transversal menos regular, maior e dentada nun dos seus lados; dos seus tres bucles de unión, un é consecuentemente de só dous residuos de aminoácidos de lonxitude e os outros son variables, a miúdo formando unsitio activo ou de unión.[15]
Unha hélice β de dúas caras (dextroxira) atópase nalgunhasmetaloproteases bacterianas; os seus dous bucles son ambos os dous de seis residuos de lonxitude e a eles únense iónscalcio estabilizantes que manteñen a integridade da estrutura, e usan o eixe da estrutura e os osíxenos da cadea lateral doácido aspártico dun motivo coa secuencia GGXGXD.[16] Este pregamento denomínase rolo beta na clasificación SCOP.
Algunhas proteínas que son desordenadas ou helicoidais como monómeros, como o amiloide β (verplaca amiloide) poden formar estruturasoligoméricas ricas en follas β asociadas con estados patolóxicos. A forma oligomérica da proteína amiloide β foi sinalada como a causa daenfermidade de Alzheimer. A súa estrutura aínda non foi completamente determinada, pero datos recentes suxiren que pode ser semellante a unha hélice β de dúas cadeas pouco usual.[17]
As cadeas laterais dos residuos de aminoácidos que se encontran nunha estrutura en folla β poden tamén dispoñerse de tal xeito que moitas das cadeas laterais adxacentes dun lado da folla sexanhidrofóbicas, e que moitas das que están adxacentes en lados alternos da folla sexan polares ou cargadas (hidrofílicas),[18] o cal pode ser moi útil se a folla forma parte do límite entre un ambiente polar/acuoso e outro non polar/graxo.
