Afiloxenia (dogrego:phylon = tribo, raza, egenetikos = relativo á xénese = orixe) é o termo comunmente utilizado para hipóteses de relaciónsevolutivas (ou sexa, relacións filoxenéticas) dun grupo deorganismos, isto é, para determinar as relacións ancestrais entre especies coñecidas (as que viven e as extintas).
A Sistemática Filoxenética, proposta porWilli Hennig, é o estudo filoxenético deses grupos, xeralmente coa finalidade de testar a validez de grupos e a súa taxonomía. De acordo con esta abordaxe, soamente se aceptan como naturais os grupos probadamentemonofiléticos. A Sistemática Filoxenética é unha base sobre a cal diversos métodos foron desenvolvidos, dos cales o dominante actualmente é acladística.
Comunmente os métodos usados para deducir filoxéneses inclúen parsimonia e máxima verosimilitude. Métodos baseados na distancia constrúen árbores baseadas na semellanza global que é asumida frecuentemente e que aproxima relacións filoxenéticas. Todos os métodos, con excepción da parsimonia, dependen dunmodelo matemático implícito ou explícito que describe a evolución dos caracteres observados nas especies analizadas, e é normalmente usado para afiloxenia molecular onde osnucleótidos aliñados son considerados caracteres.
Na parte final doséculo XIX, ateoría da recapitulación, ou lei bioxenética deHaeckel foi amplamente aceptada. Esta teoría foi expresada como a "ontoxenia recapitula a filoxenia", isto é, o desenvolvemento dun organismo reflicte exactamente o desenvolvemento evolutivo das especies. Esta teoría perdeu apoios no inicio doséculo XX por ser incompatible coaevolución e coaxenética, establecidas porCharles Darwin eGregor Mendel, respectivamente.
Os organismos poden herdarxenes de dous xeitos: a través da transferencia vertical, dos proxenitores para a prole, ou portransferencia lateral, na cal os xenes migran para organismos sen parentesco definido, un fenómeno común enProcariontes.
Carl Woese propuxo a teoría de tres dominios de vida (Eubacteria,Archaea eEucariontes) baseado no descubrimento de que os xenes que codifican oARN son antigos e se distribén enriba de tódalas liñaxes de vida con pequenas ou ningunha transferencia lateral. Por tanto, o ARN son xeralmente usados como reloxos moleculares para reconstruír filoxenias.
Isto foi particularmente útil para a filoxenia de microorganismos para os cales o concepto de especies non se aplica e que son morfoloxicamente moi simples.
Os caracteres observados están codificados nunha matriz e, a partir dunha serie de premisas (a máis fundamental delas é que os grupos que comparten características iguais deben posuír unha orixe evolutiva común), ás veces xéranse diagramas chamados de filoxenias ou árbores filoxenéticas (que na realiade son representacións gráficas dunha hipótese sobre as relacións evolutivas dos grupos analizados).
Cando un grupo de organismos (clado) presenta unha orixe en común, é considerado natural. Cando ese grupo representa un taxon recoñecido, ese taxon é considerado válido ou natural.
