Ако сте един от тях...

Инсталация

install.packages("remotes")remotes::install_github("StanTraykov/c19bg")

install.packages("remotes")remotes::install_github("StanTraykov/c19bg",ref="v0.1.1")

Опционално: шрифтове

Windows

install.packages("extrafont")extrafont::font_import()# отнема време

macOS

$ mkdir ~/Library/Fonts/Microsoft$ cd ~/Library/Fonts/Microsoft$ cp -a /Applications/Microsoft\ Word.app/Contents/Resources/DFonts/* .

Опционално: ImageMagick и Inkscape за по-качестевен растерен изход

Windows

macOS

Генериране на всички графики

library(c19bg)# бързо генериране на SVG (високо качество)# - отиват в c19bg/plots в текущата папка (обикн. Documents под Windows)# - в c19bg/data ще намерите изтеглените данни и изчислен R (estR.csv)c19_save_all()# бързо генериране на PNG, без презареждане от Интернет (dl = F)c19_save_all(file_ext=".png",dl=F)# JPEGc19_save_all(file_ext=".jpg",dpi=125,quality=100)# PNG 2000x2000pxc19_save_all(file_ext=".png",dpi=200,w=10,h=10)# растеризация с Inkscape, JPEG компресия с ImageMagick# - по-високо качество на PNG и JPEG, но по-бавно# - вижте раздел Опции за указване на пътища към програмитеc19_inkmagick()# генерира SVG, PNG и JPEG файлове# илиc19_inkmagick(dl=F)# без презареждане от Интернет# вкл. графики за умирания в други страни (ЕС+)c19_inkmagick(d_all=TRUE)

Опции

# промяна на шрифтoptions(c19bg.font_family="Calibri")options(c19bg.font_scale=1)# скалиране на всички текстове (напр. 0.8, 1.1)options(c19bg.font_size=14)# базов размер (пробвайте първо font_scale)# Забележка: за промяна на размер/резолюция, използвайте аргумент dpi# във функциите за изход.options(c19bg.output_dir="c19bg/plots")# ще бъдат създадени, ако ги нямаoptions(c19bg.data_dir="c19bg/data")options(c19bg.output=list(inkopts="-w %d --export-filename",mgkopts="-quality 100",pixwidth=1375,width=11,height=7,inkscape="\"C:\\Program Files\\Inkscape\\bin\\inkscape.exe\"",magick="magick"# работи, ако е в PATH))# изобразяване на всички опции за пакетаlibrary(c19bg)# предварително зададени опции ще се запазятnames(options())[grep("c19bg",names(options()))]

Генериране на единични графики

library(c19bg)# зареждане на шрифтове за екран/растерен запис (ако са инсталирани)if (.Platform$OS.type=="windows"&&"extrafont"%in% rownames(installed.packages())) {extrafont::loadfonts(device="win")}# слчуаи по възрастови групиmy_plot<- c19_var_plot("age",roll_func=mean,roll_window=7,line_legend="0")# 14-дневно плаващо средно за Европа, Америка с# изпъкване на Германияmy_plot2<-c19_eu_weekly("r14_cases",continents= c("Europe","America"),lower_y=0,highlight="DE")# извеждане на екранmy_plot# или print(my_plot) в неинтерактивен режимmy_plot2c19_oblasts(incid_100k=TRUE)# извеждане директно на екран# запис във файлggplot2::ggsave(file="my_plot.png",width=11,height=7,plot=my_plot)# R-графика на екран# (отнема време, освен ако R вече не е изчислен)c19_r_plot()# за разлика от функциите за масово записване, които по подразбиране теглят# от Интернет, презареждането трябва да се указва ръчно:c19_reload()# презареждане от диск (c19bg/data)c19_reload(redownload=TRUE)# презареждане от Интернет# помощ?c19_var_plot?c19_eu_weekly#etc

Данни

library(c19bg)# Данните могат да се достъпят с тези две функции# (те се използват и от графичните фукнции)eu_data<- c19_eu_data()bg_data<- c19_bg_data()# При първо изпълнение, те свалят и обработват данни от# data.egov.bg, ECDC, и EUROSTAT. Това трае известно време.# Последващи повиквания връщат вече заредените данни. За# презареждане, напр.:new_bg_data<- c19_bg_data(reload=TRUE)# от дискnew_eu_data<- c19_eu_data(redownload=TRUE)# от Интернет# Съдържанието може да се разглежда/задълбава в браузера# на данни на RStudio.# ECDC/EUROSTAT седмични случаи, смъртни случаи от COVID-19,# свръхсмъртност, фактори на надвишаване, брой хоспитализирани,# тестове, позитивностView(eu_data$factor_tab)# Умирания по седмици от EUROSTATView(eu_data$eurostat_deaths)# За БългарияView(bg_data$gen_inc_hist)# обща статистика, вкл. ограничен набор# данни от преди да отворят даннитеView(bg_data$age)# по възраст (днвени)View(bg_data$subdivs)# по области (дневни)

Примерна заявка и графика

library(dplyr)library(tidyr)library(ggplot2)library(c19bg)bg_data<- c19_bg_data()oblasts_table<-bg_data$subdivs %>%    select(!ends_with("_ACT")) %>%    pivot_longer(cols=!matches("date"),names_to="oblast",names_pattern="(.*)_ALL",values_to="cases") %>%    group_by(oblast) %>%    mutate(mva7=zoo::rollapply(cases,7,mean,align="right",fill=NA))# графикаmy_plot<- ggplot(data=oblasts_table,mapping= aes(x=date,y=mva7,color=oblast))+    geom_line()my_plot# изобразяване на екранggsave(file="my_plot.svg",plot=my_plot,width=13,height=8)