Yn de moderne taksonomy wurdt besocht út dizze trije haadboarnen fan ynformaasje (anatomy, fossile foarmen en genetika) in sadanige systematyk op te setten, dat der allinne groepen (taksa, inkelfâldtakson) binne dy'tmonofyletysk binne, dat wol sizze dat:
- de groep fan ien stamfoarm ôfstammet en
- alle ôfstammelingen fan dy stamfoarm ta de groep hearre.
In takson dat net oan de earste eask foldocht wurdtpolyfyletysk neamd, en in takson dat wol oan de earste mar net oan de twadde eask foldocht wurdtparafyletysk neamd. Fierder hat men yn guon foarmen fan taksonomy de organisaasjelagen heger as skaai mar ôfskaft, omdat der geandewei mear tuskenlagen en laachjes by kamen (boppeskift,ûnderskift,boppefamylje,ûnderfamylje, ensf.).
Probleem is lykwols dat guon taksa, dy't noch stamme út de tiid fan Linnaeus, sa ynboargere binne dat se diel útmeitsje fan de deistige taal en dêrom beswierlik ôf te skaffen binne. In foarbyld dêrfan is de KlasseReptilen,Reptilia. binne in sa ynboargere begryp dat se in diel fan it gewoane spraakgebrûk wurden binne. Taksonomysk is de Klasse Reptilia net akseptabel omdat bygelyks de fûgels dêryn misse, hoewol ek dy ôfstamme fan de lêste mienskiplike foarâlden dy't de tsjintwurdige slangen, krokodillen skylpodden ensf. mien hawwe. Reptilia is dêrmei in parafyletyske takson.
Dit lêste probleem wie al bekend foardat it DNA-ûndersyk de stambeam fan it libben trochelkoar begûn te skodzjen. Sa die út it DNA ûndersyk fan desûchdieren bygelyks bliken dat sterk ynboargere taksa as de Insectivora yn werklikheid polyfyletysk wiene. De Afrikaanske en Madagaskyske leden fan dit no fersmiten takson, blykten mear ferwantskip te hawwen mei de oaljefant as mei despitsmûzen.
De taksonomy is dêrom anno 2003, ûndanks in histoarje fan 300 jier, in libben gebiet fan ûndersyk en stúdzje.
