Personnage assez terne, aux origines inconnues, Zéphyrin se révèle peu apte à diriger l'Église face aux grands conflits doctrinaux qui l'agitent en ce début deIIIe siècle : c'est du moins l'image que l'antipapeHippolyte de Rome a transmise de lui dans sonPhilosophumena (IX, XI), le décrivant comme un homme simple et sans instruction (cette affirmation pourrait être interprétée en ce sens que Zéphyrin n'a pas entrepris les études les plus élevées, mais s'est consacré à l'administration pratique de l'Église plutôt qu'à laculture théologique).
Le grand théologienAlexandrinOrigène visite Rome sous son pontificat car « il désirait ardemment observer une Église très ancienne »[3].
LeLiber pontificalis lui attribue deux décrets, l'un sur l'ordination duclergé et l'autre sur laliturgie eucharistique dans les églises de Rome, mais, comme cela arrive souvent avec les premiers papes, il n'y a pas de preuves historiques suffisantes pour attester de ces actes.
Durant les 18 années du pontificat de Zéphyrin, la jeuneÉglise catholique subit la persécution sous l'empereur romainSeptime Sévère jusqu'à sa mort en l'an 211. PourAlban Butler, « ce saint pasteur était le soutien et le réconfort du troupeau en détresse »[4]. La position des chrétiens, restée calme dans les premières années du gouvernement de l'empereur Septime Sévère, dégénère lentement jusqu'à ce qu'en 202 ou 203 soit publié unédit de persécution qui empêche laconversion au christianisme sous peine de sanctions très sévères. Le déclencheur de la résurgence des persécutions semble être le refus de la communauté chrétienne de participer aux cérémonies instituées pour célébrer le dixième anniversaire de l'accession de l'empereur au trône. Septime Sévère n'apprécie pas le comportement offensant à son égard et publie donc des décrets antichrétiens, dont les sanctions ne sont atténuées ou abolies que lorsque, l'année suivante, un compromis est trouvé selon lequel les chrétiens ne participeraient qu'à des cérémonies non conflictuelles avec leurs principes anti-païens[5]. Cependant, on ne sait rien de l'exécution de l'édit à Rome même ni desmartyrs de l'Église à cette époque.
Statue dans l'église paroissiale de Caldari (Ortona).
Selon saintOptat de Milève, Zéphyrin combat également de nouvelles hérésies etapostasies, dont les principales sont lemarcionisme, celle dePraxéas, levalentinianisme et lemontanisme[6], qui se battent au sujet de laTrinité, notamment sur la nature divine dans la personne deJésus de Nazareth. Zéphyrin manque de subtilité pour lutter contre ces doctrines, son bagage théologique étant semble-t-il assez faible[3] ; cependant il s'appuie à cet égard sur sonarchiprêtre Calixte.
Les partisans du prédicateurhérétiqueThéodote de Byzance, appelé Pellaio, qui avaient été excommuniés avec leur chef par le pape Victor Ier, forment une communauté hérétique indépendante à Rome dirigée par un autre Théodote, appelé « leChangeur d'argent », et par un certain Esclipédote. SelonEusèbe de Césarée (Histoire ecclésiastique, V, XXXII), ils persuadent unconfesseur de la foi, un certain Natalius, qui, malgré lestortures qu'il a subies pendant la persécution, n'a pas renoncé à sa foi devant le juge païen, d'être consacré évêque de la secte moyennant un paiement mensuel de 150deniers. Natalius aurait alors eu plusieurs visions l'avertissant d'abandonner ces hérétiques. Il rêve qu'il est torturé par desanges et, revêtant un habit depénitence, il asperge sa tête decendres et se jette en pleurant amèrement aux pieds de Zéphyrin[7],[2]. Il avoue son erreur et obtient de revenir à la communion avec l'Église.
Les partisans deMontanus de Phrygie opèrent également avec une grande énergie à Rome. Le montaniste Proculus (ou Proclus) publie un écrit pour défendre les nouvelles prophéties ; un chrétien romain érudit et rigidement orthodoxe, Gaius, écrit une réfutation de Proclus sous la forme d'un dialogue, dans lequel il rejette l'Apocalypse deJean, qu'il considère comme l'œuvre du gnostiqueCérinthe. En opposition à Gaius, Hippolyte écrit laCapita contra Caium[8].
Zéphyrin est en butte aux critiques d'Hippolyte de Rome, prêtre romain venu duProche-Orient, extrêmement cultivé, intelligent et qui a une grande crédibilité auprès des chrétiens de Rome. Hippolyte reproche en particulier à Zéphyrin l'influence de Calixte, son successeur légitime, qualifié d'« ambitieux, de cupide, un taré », toujours selon Hippolyte. Celui-ci est le théologien le plus important parmi les prêtres romains de cette période. Il est un partisan de la doctrine duLogos divin. Il enseigne que leLogos divin s'est fait homme enChrist, qu'il diffère en tout de Dieu, que le Logos est l'intermédiaire entre Dieu et le monde des créatures. Cette doctrine, telle qu'elle est exposée par Hippolyte et son école, suscite de nombreux doutes et, contrairement à la sienne, une autre école théologique surgit, représentée à Rome, à cette époque, parCléomène etSabellius.
Ces hommes sont de farouches opposants à l'adoptianisme, qui considère que le Christ n'a eu qu'une nature humaine jusqu'à sonbaptême[3], mais ils ne veulent pas accorder de crédit à l'incarnation duLogos et ils mettent avant tout l'accent sur l'unité absolue (monarchie) de Dieu. Ils expliquent l'Incarnation du Christ comme une autre manifestation (modus) de Dieu dans son union avec la nature humaine : on les appelle modalistes ou patripassiens, puisque selon eux ce n'est pas leFils de Dieu qui a été crucifié, mais leDieu le Père lui-même. Le peuple chrétien orthodoxe croit fermement à l'unité de Dieu et à la divinité de Jésus-Christ ; au début, aucun d'entre eux ne se méfie de cette doctrine ; le pape Zéphyrin ne se mêle pas au conflit entre les deux écoles car l'hérésie des modalistes n'est pas, au début, clairement évidente, et la doctrine d'Hippolyte soulève de nombreuses difficultés quant aux traditions de l'Église.
Zéphyrin, dans toute cette affaire, déclare simplement qu'il ne reconnaît qu'un seul Dieu, et que c'est le « Seigneur Jésus-Christ » ; le Fils est mort, non le Père, telle est la doctrine de l'Église. Hippolyte exhorte alors le pape à émettre undogme dans lequel il est décrété que la personne du Christ est différente de celle du Père et que les positions du monarchisme et du patripassionisme sont condamnées, mais Zéphyrin n'est pas d'accord. Hippolyte est de plus en plus irrité et en colère contre le pape et, surtout, contre le diacre Calixte qu'il tient, en tant que conseiller, pour responsable (probablement à juste titre) de la position qu'il a prise. Il y a de bonnes raisons de croire que la haine envers Zéphyrin soit aussi dictée par une sorte de ressentiment de la part d'Hippolyte à l'égard de la position prestigieuse confiée à Calixte, à laquelle il aspire également. Lorsque, après la mort de Zéphyrin, Calixte est élu évêque de Rome, Hippolyte se distancie de l'Église et, avec ses partisans, provoqua le premierschisme de l'Église romaine, se faisant consacrer évêque de Rome et devenant ainsi le premierantipape de l'histoire de l'Église.
Eusèbe de Césarée insiste sur le fait que Zéphyrin a lutté vigoureusement contre lesblasphèmes des deuxThéodotes, qui en réponse l'ont traité avec mépris, mais l'ont ensuite désigné comme le plus grand défenseur de la divinité du Christ. Bien qu'il n'ait pas été martyrisé physiquement pour lafoi, ses souffrances – tant mentales que spirituelles – au cours de son pontificat lui ont valu le titre de martyr, titre qui a été abrogé 132 ans après sa mort[9]. Il a été accusé d'être séduit par les vuesmonarchiques[10].
Zéphyrin est le saintpatron de Caldari, un hameau d'Ortona (province de Chieti) ; sa fête est célébrée le 26 août[3]. Sa statue processionnelle se trouve à l'intérieur de l'église paroissiale dédiée au saint.
