Jusqu'à sa fondation officielle en 1849, le territoire de l'actuelle cité est peuplé par les Waco (espagnol :Hueco ouHuaco), membres de la tribuamérindienne desWichita. En1824, Thomas M. Duke explore ce territoire sur ordre deStephen Fuller Austin (le père de l'État du Texas). Il y décrit un village paisible composé d'une soixantaine de huttes entourant la grande maison du conseil où se réunissent les dignitaires[2]. Dans les environs, Duke trouve environ 400acres de terres plantées de maïs, de haricots, de courges et de melons[2].
Neil McLennan, originaire d'Écosse, est le premier colon à s'installer sur les berges de la branche sud de laBosque River en 1845[3]. À la demande de Jacob DeCordova, un riche agent immobilier, George B. Erath, un géomètre, originaire d'Australie, dessine en 1849 les premiers plans de la cité à venir[3],[4]. DeCordova songe tout d'abord à baptiser le village « Lamartine », mais opte finalement pour « Waco »[4]. Les premières parcelles du village se vendent à cinq dollars et les propriétés destinées à l'agriculture et à l'élevage pour deux ou trois dollars l'acre[4].
Le pont suspendu de Waco (carte postale de 1911)
En 1866, les édiles de Waco décident la construction d'un pont sur le fleuveBrazos et fondent la « Waco Bridge Company » chargée de la réalisation d'un pont suspendu, de 145 mètres de long, achevé en 1870[5]. La compagnie choisit la société deJohn Augustus Roebling, pour la fourniture des câbles et poutrelles du pont, et en confie le mandat de construction à l'ingénieur civil Thomas M. Griffith[6],[5]. L'ouverture du pont marque le début du développement économique de Waco. Il constitue alors un point de passage obligé des cowboys et des commerçants sur laPiste Chisholm entre le Texas et les gares ferroviaires duKansas[5].
En 1885, un pharmacien de Waco, Charles Alderton invente unsoda maintenant célèbre aux États-Unis[7]. Il propose sa nouvelle boisson à Wade Morrison, le patron du Morrison's Old Corner Drugstore, qui le trouve à son goût. Il le propose à ses clients qui prennent l'habitude de commander un « Waco ». Alderton donne ensuite sa formule à Morrison, qui nomme alors ce breuvageDr Pepper, en hommage à l'un de ses anciens employeurs, le Docteur Charles Taylor Pepper[7].
C'est en 1873, que les frères Addison et Randolph Clark fondent le AddRan College àFort Worth. L'institution est déplacée à Waco en 1895, et y devient l'Add-Ran Christian University. Elle reprend alors les locaux abandonnés de l'ancien Waco Female College[3]. Add-Ran change à nouveau de nom en 1902 et devient laTexas Christian University. Elle quitte Waco en 1910 après l'incendie de son bâtiment principal[3].
C'est le, à Waco, qu'est inauguré le Texas Cotton Palace, où se tient une foire exposition qui célèbre la contribution prépondérante ducoton pour l'agriculture de la région[3]. Depuis la fin de laguerre de Sécession, le coton est cultivé dans les vallées du Brazos et de la Bosque et la région de Waco est devenue l'un des plus grands producteurs du pays. Le grand bâtiment qui abrite la foire est détruit par le feu puis reconstruit en 1910. En 1931, l'exposition n'a pas lieu, victime de laGrande Dépression, et le bâtiment est démoli[8]. Cependant chaque année, au mois d'avril, la Historic Fondation of Waco organise conjointement le « Brazos River Festival » et le « Cotton Palace Pageant », des festivités qui retracent le passé de la ville[8].
En 1901, Waco entreprend la construction d'un nouveau pont sur le Brazos, à proximité de l'ouvrage suspendu de 1870[9]. Il s'agit cette fois d'un pont en acier à une seuletravée, le plus long des États-Unis à cette époque. Sa réalisation est confiée à John H. Sparks un ingénieur deSaint Joseph (Missouri)[9].
Le, un ouvrier agricole afro-américain de 17 ans,Jesse Washington est lynché par la foule après avoir été condamné pour le meurtre d'une femme blanche. Plus de 15 000 spectateurs, principalement des habitants de Waco, sont présents. Cet acte odieux est condamné internationalement et devient une cause célèbre de laNational Association for the Advancement of Colored People (NAACP). En 2006, leCity Council de Waco adopte officiellement une motion condamnant cet acte qui se déroula sans la moindre opposition des autorités politiques ou judiciaires[10].
Dans lesannées 1920, malgré la popularité duKu Klux Klan et un nombre important de lynchages au Texas, les autorités de Waco tentent de répondre aux demandes de la NAACP et offrent une protection accrue aux Afro-Américains et autres personnes menacées par les violences de la foule[11]. En 1923, le sheriff de Waco Leslie Stegall organise la protection deRoy Mitchell, un Afro-Américain condamné à la pendaison pour le meurtre de cinq personnes et quatre viols. Mitchell est pendu légalement le. Il est le dernier homme à être exécuté publiquement au Texas et aussi le dernier à y subir la pendaison avant l'introduction de la chaise électrique[11]. La même année, laLégislature du Texas crée laTenth Civil Court of Appeals et l'installe à Waco[12].
En, ledépartement de la Guerre des États-Unis demande aux autorités du comté et de la ville de Waco de lui offrir un terrain destiné à accueillir une base aérienne[5]. Le, leWaco Army Air Field est inauguré. Il devient une base d'entraînement pour les aspirants pilotes. Il est rebaptisé, le,Connally Air Force Base en mémoire du colonel James T. Connally, un pilote de la région tué auJapon en 1945[5]. Son nom change à nouveau en 1951 : il devient laJames Connally Air Force Base. L'activité militaire cesse en et les bâtiments sont maintenant occupés par leTexas State Technical College. Le terrain d'aviation est quant à lui toujours en activité.
Le une tornade exceptionnelle frappe le centre-ville de Waco, tuant 114 habitants et faisant plus de 1 000 blessés[5]. Elle reste l'une des plus fortes enregistrées aux États-Unis et la plus meurtrière du Texas. C'est après cet évènement meurtrier que le Texas décide la création duTexas Tornado Radar Warning Network, un système d'avertissement public des tornades utilisant un système de radars météorologiques[13]. Un monument en granite noir, à la mémoire des victimes de cette tornade, est érigé dans le centre de Waco, sur Austin Avenue, en 2004.
En 1964, leTexas Department of Public Safety (département de la sécurité publique du Texas) choisit Waco pour y construire un musée consacré aux fameuxTexas Rangers. En 1976, il devient aussi leHall of Fame (français:temple de la renommée) des Rangers et prend le nom deTexas Ranger Hall of Fame and Museum[14].
Le nom de Waco demeure associé à la secte des Davidiens guidée parDavid Koresh, dont près de 80 membres périrent dans l’incendie de leur ferme lors d’unassaut lancé par l’armée américaine et leFBI le, après 51 jours de siège.
En mai 2015, une fusillade entre bandes rivales de bikers fait 9 morts et 18 blessés[15].
Depuis 2000, la ville est connue pour sa proximité avec leranch deCrawford, où le président américainGeorge W. Bush a construit sa « Maison blanche de l’Ouest ».