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Variant Bêta du SARS-CoV-2

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
Cas confirmés de variant Bêta, par pays, au 25 juin 2021[1]
Légende:
  • Plus de 1000 cas confirmés
  • De 250 à 999 cas confirmés
  • 100–249 cas confirmés
  • 10–99 cas confirmés
  • 2–9 cas confirmés
  • 1 cas confirmé
  • Aucun cas ou aucune donnée disponible

    • Levariant Bêta[2] duSARS-CoV-2, aussi appelé variant501.V2 ouB.1.351 et surnommé « variant sud-africain », est un variant considéré comme hautement transmissible duSARS-CoV-2,coronavirus responsable de laCovid-19. Ce variant a été détecté enAfrique du Sud et son existence rendue publique par ledépartement de la Santé (en) de ce pays le18 décembre 2020[3]. Il a par la suite été observé également en Europe, dont leRoyaume-Uni[4],[5] et la France[6].

    On a observé que laprévalence de ce variant est plus élevée chez les personnes jeunes sanscomorbidité et qu'elle conduit chez ces patients à des formes plus graves de la maladie que les autres variants[7],[8]. Le ministère de la Santé d'Afrique du Sud indique également que ce variant pourrait être responsable de la seconde vague de lapandémie de Covid-19 dans ce pays en raison de sa plus grande vitesse de diffusion[3],[7].

    Mutations

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    Ce variant contient plusieursmutations qui lui permettent de se lier plus facilement auxcelluleshumaines, notamment en raison des trois mutations suivantes[9] dupéplomèreS du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pourreceptor-binding domain), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : une mutation N501Y[10] (unrésidu d'asparagine est remplacé par unetyrosine en position 501), une mutation K417N[11] (un résidu delysine est remplacé par une asparagine en position 417) et unemutation faux sens E484K[11] (un résidu deglutamate est remplacé par une lysine en position 484).

    La mutation N501Y est également présente dans le variantvariant Alpha observé fin 2020 auRoyaume-Uni[9],[12],[13].

    Le variant Bêta possède aussi la mutation E484K, également présente chez levariant Gamma, et sans doute liée avec un échappement immunitaire[14].

    Le variant Bêta a plus muté que levariant Alpha, ce qui le rend plus inquiétant.[réf. nécessaire]

    Contagiosité

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    Le variant sud-africain serait une souche plus contagieuse du SARS-CoV-2, ce qui le rendrait plus difficile à contrôler et pourrait causer, arithmétiquement, plus d'hospitalisations et de décès. Le variant sud-africain 501.V2 semblerait être plus contagieux que le variant anglaisVOC-202012/01, ce dernier étant déjà entre 50 % et 70 % plus contagieux que la souche commune[15]. Cettecontagiosité supérieure serait due principalement à la mutation N501Y, mais aussi aux mutations K417N et E484K, présentes sur laprotéineSpike.

    Résistance aux vaccins

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    L'inquiétude quant à la résistance au vaccin du variant 501.V2 est plus grande que pour leVOC-202012/01, qui a été confirmé sensible aux vaccins occidentaux, notammentà ARN. La modification de la protéine S détectée par le système immunitaire est problématique. Il existe en effet, selon le professeur John Bell de l'université d'Oxford, une grande inconnue quant à l'efficacité des vaccins, qui, a minima, pourrait être réduite[15]. Des analyses de plasma de personnes précédemment infectées avaient montré que le virus déjouait l'immunité en étant« moins bien neutralisé » par les lymphocytes[16]. On note également le cas en d'une Brésilienne réinfectée par un variant porteur de la E484K, qui avait alors eu une forme plus sévère. Pfizer et Moderna ont assuré que leur vaccin neutralisait un virus porteur de la mutation N501Y, mais aucune étude n'a été faite pour la E484K[17]. Ce variant augmenterait également le risque de réinfection.

    Les scientifiques s'inquiètent de l'éventuelle accumulation de mutations dans le futur, réduisant progressivement l'efficacité des vaccins et nécessitant leur reformulation, même si à l'heure actuelle, une moitié d'entre eux reste optimiste concernant 501.V2, alors que l'autre est dubitative[18].

    Une étude provenant du Qatar publiée le 5 mai 2021 dans la revue The New Journal of Medecine portant sur 37 674 participants a démontré l'efficacité du vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) sur les variants B.1.1.7 (anglais) et B.1.351 (sud-africain). Pour un intervalle de confiance de 95%, l'étude indique que pour un minimum de 14 jours après la seconde dose, l'efficacité était de 89,5% contre les contaminations repérées par test PCR (symptomatiques ou non) pour le variant anglais contre 75% pour le variant sud africain. Le vaccin a été efficace à 100% contre les formes graves et mortelles pour les deux variants. L'étude suggère donc une réduction de l'efficacité du vaccin contre le variant sud-africain sur les formes légères et modérées qui ne remet cependant pas en question l'efficacité contre les formes graves et mortelles sur l'échantillon de population étudiée[19],[20].

    Origine

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    Ce variant accumule un nombre de mutations plus important que d'habitude. Les mutations pourraient être apparues chez un sujetimmunodéprimé, ayant de moins bonnes défenses et favorisant la multiplication du virus. D'autant que l'Afrique du Sud a un taux de prévalence auSIDA de plus de 20 % (pour les personnes âgées de 15 à 49 ans), particulièrement dans l'Est du pays[15].

    Détection

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    Lors d'untest RT-PCR, le variant Bêta peut être distingué notamment par la mutation E484K, également présente chez levariant Gamma[14].

    Statistiques

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    Cas par pays (mis à jour le 4 août 2021) GISAID[21]
    De campagneCas confirmésDate de collecte
    Drapeau de l'Algérie Algérie225 avril 2021
    Drapeau de l'Angola Angola40122 avril 2021
    Drapeau d'Anguilla Anguilla24 juin 2021
    Drapeau de l'Argentine Argentine3524 avril 2021
    Drapeau de l'Arménie Arménie125 juin 2021
    Drapeau d'Aruba Aruba410 avril 2021
    Auckland330 janvier 2021
    Drapeau de l'Australie Australie7328 juin 2021
    Drapeau de l'Autriche Autriche2608 juin 2021
    Drapeau de l'Azerbaïdjan Azerbaïdjan16 février 2021
    Drapeau de Bahreïn Bahreïn19 avril 2021
    Drapeau du Bangladesh Bangladesh5616 juin 2021
    Drapeau de la Belgique Belgique1 07514 juin 2021
    Drapeau du Bhoutan Bhoutan19 avril 2021
    Drapeau de la Bosnie-Herzégovine Bosnie-Herzégovine111 février 2021
    Drapeau du Botswana Botswana34227 juin 2021
    Drapeau du Brésil Brésil65 avril 2021
    Drapeau de Brunei Brunei120 janvier 2021
    Drapeau de la Bulgarie Bulgarie29 juin 2021
    Drapeau du Burkina Faso Burkina Faso230 mai 2021
    Drapeau du Burundi Burundi214 mai 2021
    Drapeau du Cambodge Cambodge131 mai 2021
    Drapeau du Cameroun Cameroun91er mars 2021
    Drapeau du Canada Canada86021 juin 2021
    Drapeau de la République centrafricaine République centrafricaine229 avril 2021
    Drapeau du Chili Chili422 mai 2021
    Drapeau de la Chine Chine894 juin 2021
    Drapeau de la Colombie Colombie113 avril 2021
    Drapeau du Costa Rica Costa Rica124 mai 2021
    Drapeau de la Côte d'Ivoire Côte d'Ivoire16 mars 2021
    Drapeau de la Croatie Croatie41
    Drapeau de la République tchèque République tchèque7110 juin 2021
    DR Congo3020 avril 2021
    Drapeau du Danemark Danemark12129 juin 2021
    Drapeau de Djibouti Djibouti229 avril 2021
    Drapeau de la République dominicaine République dominicaine221 mai 2021
    Drapeau de la Guinée équatoriale Guinée équatoriale431 avril 2021
    Drapeau de l'Estonie Estonie3723 avril 2021
    Drapeau Eswatini2623 mars 2021
    Îles Falkland12 mars 2021
    Îles Féroé16 mai 2021
    Drapeau de la Finlande Finlande1,12321 mai 2021
    Drapeau de la France France2,14923 juin 2021
    Guyane française27 avril 2021
    Drapeau du Gabon Gabon421 février 2021
    Drapeau de la Géorgie Géorgie123 mai 2021
    Drapeau de l'Allemagne Allemagne2 23119 juin 2021
    Drapeau du Ghana Ghana178 avril 2021
    Drapeau de Gibraltar Gibraltar114 mai 2021
    Drapeau de la Grenade Grenade224 février 2021
    Drapeau de la Grèce Grèce1929 avril 2021
    Drapeau de la Guadeloupe Guadeloupe425 mai 2021
    Drapeau de Guam Guam328 avril 2021
    Guinée-Bissau11 février 2021
    Haiti4016 janvier 2021
    Drapeau du Honduras Honduras27 mars 2021
    Drapeau de l'Inde Inde20814 juin 2021
    Drapeau de l'Indonésie Indonésie102 juin 2021
    Drapeau de l'Iran Iran23 avril 2021
    Drapeau de l'Irak Irak126 février 2021
    Drapeau de l'Irlande Irlande6919 avril 2021
    Drapeau d'Israël Israël24028 mai 2021
    Drapeau de l'Italie Italie691 juin 2021
    Drapeau de la Jamaïque Jamaïque17 juin 2021
    Drapeau du Japon Japon8913 juin 2021
    Drapeau de la Jordanie Jordanie218 avril 2021
    Kansas2226 mars 2021
    Drapeau du Kenya Kenya17831 mai 2021
    Drapeau du Koweït Koweït121 juin 2021
    Drapeau du Kosovo Kosovo26 juillet 2021
    Drapeau de la Lettonie Lettonie913 mai 2021
    Drapeau du Lesotho Lesotho1418 janvier 2021
    Libéria210 juillet 2021
    Drapeau de la Lituanie Lituanie119 avril 2021
    Drapeau du Luxembourg Luxembourg74422 mai 2021
    Drapeau du Malawi Malawi31216 avril 2021
    Drapeau de la Malaisie Malaisie16110 juin 2021
    Drapeau de Malte Malte31 juin 2021
    Manila187 juillet 2021
    Drapeau de la Martinique Martinique228 avril 2021
    Drapeau de la Mauritanie Mauritanie25 juin 2021
    Drapeau de Maurice Maurice712 mars 2021
    Drapeau de Mayotte Mayotte3231 janvier 2021
    Drapeau du Mexique Mexique2016 mai 2021
    Drapeau du Mozambique Mozambique32822 avril 2021
    Drapeau de la Namibie Namibie9
    Drapeau des Pays-Bas Pays-Bas69327 mai 2021
    Drapeau de la Nouvelle-Zélande Nouvelle-Zélande3125 juin 2021
    Drapeau de la Macédoine du Nord Macédoine du Nord110 mars 2021
    Îles Mariannes du Nord127 avril 2021
    Drapeau de la Norvège Norvège36211 juin 2021
    Drapeau du Pakistan Pakistan355 juin 2021
    Drapeau du Panama Panama212 janvier 2021
    Drapeau des Philippines Philippines1.2138 avril 2021
    Drapeau de la Pologne Pologne457 juin 2021
    Drapeau du Portugal Portugal992 juin 2021
    Drapeau du Qatar Qatar65018 mai 2021
    La Réunion40019 juin 2021
    Drapeau de la Roumanie Roumanie726 mai 2021
    Drapeau de la Russie Russie2312 juin 2021
    Drapeau du Rwanda Rwanda3915 juin 2021
    Drapeau de l'Arabie saoudite Arabie saoudite315 avril 2021
    Drapeau de Saint-Christophe-et-Niévès Saint-Christophe-et-Niévès128 février 2021
    Les Seychelles214 mars 2021
    Drapeau de Singapour Singapour10025 juin 2021
    Drapeau de Saint-Martin Saint-Martin124 mars 2021
    Drapeau de la Slovaquie Slovaquie3127 mai 2021
    Drapeau de la Slovénie Slovénie316 avril 2021
    Drapeau de la Somalie Somalie1
    Drapeau de l'Afrique du Sud Afrique du Sud6 15421 juin 2021
    Drapeau de la Corée du Sud Corée du Sud1917 avril 2021
    Drapeau du Soudan du Sud Soudan du Sud324 avril 2021
    Drapeau de l'Espagne Espagne58818 juin 2021
    Drapeau du Sri Lanka Sri Lanka426 mars 2021
    Surinam531 mars 2021
    Drapeau de la Suède Suède2.32217 juin 2021
    Drapeau de la Suisse Suisse22522 juin 2021
    Drapeau de Taïwan Taïwan326 avril 2021
    Drapeau de la Thaïlande Thaïlande4025 mai 2021
    Drapeau du Togo Togo25 février 2021
    Drapeau de Trinité-et-Tobago Trinité-et-Tobago28 juin 2021
    Drapeau de la Tunisie Tunisie124 avril 2021
    Drapeau de la Turquie Turquie91224 mai 2021
    Drapeau de l'Ouganda Ouganda132 avril 2021
    Émirats Arabes Unis627 avril 2021
    Drapeau de la Grande-Bretagne Royaume-Uni81224 juin 2021
    Drapeau des États-Unis États-Unis2 45428 juin 2021
    Drapeau du Venezuela Venezuela16 janvier 2021
    Wallis et Futuna122 février 2021
    Drapeau de la Zambie Zambie16128 avril 2021
    Drapeau du Zimbabwe Zimbabwe33126 février 2021
    Monde (131 pays)Total :28 537Total au 4 août 2021

    Notes et références

    [modifier |modifier le code]
    1. ↑« GISAID - hCov19 Variants », surgisaid.org(consulté le).
    2. ↑« Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », surliberation.fr,.
    3. ↑a etb(en) Sheri Fink, « South Africa announces a new coronavirus variant. », surnytimes.com,The New York Times,(consulté le).
    4. ↑(en) Sarah Newey, Tom Collins et Will Brown, « Two cases of 'highly concerning' South Africa virus variant detected in UK », surtelegraph.co.uk,The Daily Telegraph,(consulté le).
    5. ↑(en) Clive Cookson, David Pilling et Joseph Cotterill, « Coronavirus variant first detected in South Africa identified in Britain », surft.com,Financial Times,(consulté le).
    6. ↑Audrey Le Guellec, « Les variants du coronavirus progressent en France : à partir de quand faut-il s'inquiéter ? », surLCI,.
    7. ↑a etb(en) Lesley Wroughton et Max Bearak, « South Africa’s second coronavirus wave is fueled by a new strain, teen ‘rage festivals’ », surwashingtonpost.com,The Washington Post,(consulté le).
    8. ↑(en) Zwelini Mkhize, « Update on Covid-19 (18th December 2020) », sursacoronavirus.co.za,ministère de la Santé d'Afrique du Sud (en),(consulté le).
    9. ↑a etb(en) Derek Lowe, « The New Mutations », surblogs.sciencemag.org,Science,(consulté le) :« I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role. You’ll note the N501Y is also in the UK strain, but the E484K is one that people are particularly watching, because that’s in a region that a number of antibodies seem to recognize. ».
    10. ↑(en) Salim S. Abdool Karim, « The 2nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant », surscribd.com,Scribd,(consulté le).
    11. ↑a etb(en) « Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. »[PDF], surwho.int,Organisation mondiale de la santé,(consulté le).
    12. ↑(en)« Novel mutation combination in spike receptor binding site »(Archive.org •Wikiwix •Archive.is •Google •Que faire ?), surgisaid.org,GISAID,(consulté le).
    13. ↑(en)« Implications of the Emerging SARS-CoV-2 Variant VOC 202012/01 »(Archive.org •Wikiwix •Archive.is •Google •Que faire ?), surcdc.gov,CDC,(consulté le).
    14. ↑a etb« Le point sur les variants du Coronavirus Covid19 », surcerballiance.fr(consulté le).
    15. ↑ab etc« Covid-19 : le variant sud-africain plus "toxique" que le britannique ? », surLCI(consulté le).
    16. ↑« Covid-19 : ces nouvelles mutations qui inquiètent les scientifiques », surfranceinter.fr,(consulté le).
    17. ↑RMC, « Nom de code: « E484K »: pourquoi la mutation du Covid-19 pose question pour les vaccins », surRMC(consulté le).
    18. ↑Antoine Malo, « Sur les traces du variant sud-africain qui pourrait remettre en cause l'efficacité du vaccin », surlejdd.fr(consulté le).
    19. ↑Laith J.Abu-Raddad, HiamChemaitelly et Adeel A.Butt, « Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 Variants »,New England Journal of Medicine,vol. 0,no 0,‎, null(ISSN 0028-4793,DOI 10.1056/NEJMc2104974,lire en ligne, consulté le)
    20. ↑(en) EwenCallaway, « Pfizer COVID vaccine protects against worrying coronavirus variants »,Nature,‎(DOI 10.1038/d41586-021-01222-5,lire en ligne, consulté le)
    21. ↑« GISAID - hCov19 Variants », surgisaid.org(consulté le).

    Voir aussi

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    Articles connexes

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    v ·m
    SARS-CoV-2 et Covid-19
    Généralités
    Diagnostic
    Transmission
    Traitements
    Vaccin
    Variants
    Classification
    v ·m
    Ordre :Nidovirales
    Alphaletovirus (en)
    Milecovirus
    Alphacoronavirus
    Amalacovirus
    Colacovirus
    Decacovirus
    Duvinacovirus
    Luchacovirus
    Minacovirus
    Minunacovirus
    Myotacovirus
    Nyctacovirus
    Pedacovirus
    Rhinacovirus
    Setracovirus
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    Tegacovirus
    Betacoronavirus
    Embecovirus
    Hibecovirus
    Merbecovirus
    Nobecovirus
    Sarbecovirus
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    Cegacovirus
    Igacovirus
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    Samovirus
    Cette palette utilise laclassification de l'ICTV :version 2023
    v ·m
    Généralités
    Conséquences
    Localisation (confinements)
    Afrique
    Amérique
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