Elle a été créée en 1945 afin de construire une structure syndicale unifiée de laprofession et de constituer un interlocuteur solide auprès despouvoirs publics. L’UNAF rassemble alors plusieurs organisations existantes comme le Syndicat des producteurs de miel français (SPMF) et le Syndicat national d'apiculture (SNA), auxquelles s’ajoutent plusieurs associations et syndicats départementaux. Elle adhère à laConfédération générale de l'agriculture et publie tous les mois laRevue française d'apiculture.
Elle regroupe en 2015 environ 100 syndicats départementaux, en métropole et outre-mer, et représente plus de 20 000 apiculteurs.
En 2005 elle lance le programmeAbeille, sentinelle de l’environnement, pour sensibiliser le grand public[4], dont plusieurs villes et régions sont partenaires (par exempleParis depuis 2015[5],Béziers[6],Montpellier[7],Clermont-Ferrand[8],Dijon depuis 2013[9]). Dans ce cadre depuis 2009, elle coordonne chaque année les APIdays, journées nationales du programme[10]. Elle est également à l'origine du label APIcité, qui récompense des collectivités pour leurs actions en faveur des pollinisateurs[11]. 95 collectivités sont labellisées en 2022[12],[13].
En 2014, elle participe au lancement du labelBee Friendly, destiné à valoriser l'engagement d'agriculteurs dans la protection des pollinisateurs[14].