En 2008, il intègre pour deux ans le conseil de gérance de la Société des rédacteurs du journalLe Monde (SRM)[2], et sera reconduit pour trois ans en 2010[3].
En décembre 2008, il révèle un scandale touchant des chercheurs de l'Institut de physique du globe de Paris (IPGP), plusieurs de leurs travaux dans la revueEarth and Planetary Science Letters (EPSL) ayant été acceptés pour publication par des scientifiques qui étaient à la fois membres de l'IPGP et du comité éditorial d’EPSL[4]. À la suite de ce qui a été qualifié de« liberté prise avec les règles éthiques », le mandat du françaisClaude Jaupart au comité éditorial d’EPSL n'a pas été reconduit[5]. Stéphane Foucart détaille cette histoire dans son livreL'Avenir du climat : Enquête sur les climato-sceptiques[réf. nécessaire].
Entre juin et, son enquête avecStéphane Horel, basée sur lesMonsanto papers, est publiée en 4 volets dansLe Monde[6],[7],[8]. Elle précise les stratégies deMonsanto pour défendre leglyphosate et mène à la création d’une commission spéciale au Parlement européen[9],[10]. En, il apprend que les lobbyistes deFleishman-Hillard engagés par Monsanto le fichent avec les notes maximales en termes d’audience et de crédibilité dans leur liste (dont la légalité est mise en cause) des opposants au glyphosate ; il porte plainte[11].
En 2020, Stéphane Foucart et Stéphane Horel, ainsi que le sociologue Sylvain Laurens, publient l'ouvrageLes Gardiens de la raison : Enquête sur la désinformation scientifique enquêtant sur les nouvelles formes de lobbying à l'heure d'internet, menées selon les auteurs par certains industriels et entrainant de nombreux acteurs du monde de la vulgarisation scientifique. Le livre suscite de nombreuses réactions dès sa sortie, de la part des personnes incriminées, mais aussi des médias[12],[13].
2015 : prix de journalisme de laSociété européenne de météorologie pour ses articles sur le changement climatique[16] et le prix Charles-Oulmont-Fondation de France de l'essai littéraire[17].
Le populisme climatique : Claude Allègre et Cie, enquête sur les ennemis de la science, Paris,Denoël,, 320 p.(ISBN978-2-207-10747-8)[26],[27],[28],[29],[30] Réédité dans une version revue et augmentée, sous le titre :Stéphane Foucart,L'avenir du climat : enquête sur les climato-sceptiques, Paris,Folio,, 432 p.(ISBN978-2-07-046559-0)
La fabrique du mensonge : comment les industriels manipulent la science et nous mettent en danger, Paris,Denoël,, 304 p.(ISBN978-2-207-11514-5)[31].
Climat : La catastrophe annoncée, Paris, Le Monde // Histoire - Collection Comprendre un monde qui change,, 104 p.(ISBN978-2-36156-104-8)[32],[33].
Des marchés et des dieux : Quand l'économie devient religion, Paris,Grasset,, 272 p.(ISBN978-2-246-86101-0) – édité en poche en 2020, sous le titreComment l'économie est devenue une religion(ISBN978-2-07-282664-1).
↑« « La confrérie des insectes », ces scientifiques indépendants qui enquêtent sur la disparition des abeilles »,Le Monde,(lire en ligne, consulté le)
↑« « De nombreux éléments de preuves pointent vers les néonicotinoïdes comme cause majeure » du déclin des abeilles »,Le Monde,(lire en ligne, consulté le)