N.B : ne sont considérés comme acteurs principaux, que ceux dont les noms apparaissent dans le générique d'entrée. En l'occurrence, seulement trois sont pris en compte dans cette catégorie.
Le, le réseauFox annonce la reprise de la sérieX-Files pour une suite composée de six épisodes[10].Chris Carter confirme peu après qu'il sera aux commandes du projet et assurera les fonctions de producteur et de scénariste[11].
Chris Carter déclare que l'ambiance de la mini-série s'inspirera de préoccupations actuelles telles que la surveillance accrue des citoyens et la réduction des droits et des libertés au nom de la sécurité[15]. Certains épisodes, deux ou trois selon David Duchovny, seront consacrés à l'arc narratif de la mythologie de la série, alors que les autres reprendront le format « monstre de la semaine »[16].
Chris Carter voulait faire revenirRobert Patrick etAnnabeth Gish pour reprendre leurs rôles respectifs des agentsJohn Doggett etMonica Reyes. Cependant, Robert Patrick a dû décliner l'offre en raison de son implication dans la sérieScorpion[20]. Le retour d'Annabeth Gish est par contre confirmé pour au moins un épisode alors que le tournage touche à sa fin[21].
Le tournage de la mini-série se déroule dans la région deVancouver, où ont été tournées les cinq premières saisons de la série, et commence le[24]. Il se termine le[25]. L'ordre de production n'est pas gardé pour le passage à la télévision, les épisodes sont diffusés dans le désordre (l'ordre de production équivalant à l'ordre de diffusion 1-4-3-5-2-6)[26].
Plusieurs coupes au montage ont été faites pour la diffusion française de cet épisode, M6 se défend en invoquant la réglementation du CSA en ce qui concerne la diffusion en prime-time[40].
Mulder relit ses vieux dossiers et découvre que la plupart des affaires inexpliquées ont été résolues de façon rationnelle. Scully espère lui remonter le moral par une affaire impliquant un monstre : deux drogués ont permis la découverte de quatre cadavres dans une forêt et jurent avoir vu un homme-lézard sur place. Les résultats des autopsies surprennent Scully mais Mulder reste pessimiste jusqu'à la nuit suivante où une prostituée se fait agresser par le monstre et que le garde-chasse et lui-même le voient également. Le gérant du motel où logent Mulder et Scully le surprend également par une des entrées secrètes qui lui permettent d'espionner les clients, mais Mulder doute du témoignage, vu l'ivresse du témoin.
Mulder remonte la trace de l’individu, appelé Guy Mann, grâce au psychiatre qui lui a prescrit des anti-psychotiques et accepte d'écouter son histoire : il est un homme-lézard, vivant en paix jusqu'à ce qu'il surprenne le tueur qui l'a mordu. Dès lors, le jour, il se transforme en simple humain et se sent profondément déprimé par sa condition absurde, affecté par des sentiments humains auxquels il ne comprend rien. La seule issue qu'il voit est le suicide assisté par une lame de verre vert dans l'appendice, conformément à une légende locale. Mulder reste dubitatif à l'écoute de l'histoire et vexé, le suspect part. Scully finit par démasquer le vrai tueur (le garde-chasse) mais Mulder espère encore croire à l'histoire de Guy. Il le retrouve dans la forêt, en pleine nuit, alors qu'il affirme se préparer à hiberner et lui avoue vouloir croire à son histoire. Guy pardonne alors à l'agent et le laisse assister à sa transformation avant de s'enfoncer dans les bois.
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Un épisode comique avec une allusion àDossiers brûlants : Guy, l'homme lézard porte exactement les mêmes vêtements de Carl Kolchak (à savoir son chapeau et son costume).
Afin de rendre hommage àKim Manners, réalisateur de nombreux épisodes de la série décédé en 2009, une scène a été tournée dans le cimetière où se trouve sa tombe : pour approcher le suspect, Mulder fait mine de s'y recueillir[44].
Lorsque Scully appelle Mulder au cimetière, on entend sa sonnerie de téléphone : le thème original de la série.
À son arrestation, le meurtrier demande que l'on nourrisse sonpoisson rouge pour lui : un clin d’œil aux saisons précédentes, quand les amis de Mulder allaient à son appartement durant ses absences pour nourrir le sien ou bien, sous ce prétexte.
Un employé de la mairie de Philadelphie est retrouvé la tête et les membres arrachés dans son bureau. Mulder et Scully sont envoyés sur l’affaire mais Scully doit s'absenter : sa mère a fait une attaque cardiaque et elle est en situation critique. Mulder reprend donc seul l’affaire et découvre une légende urbaine sur le Trashman, qui aurait tué l'employé pour sauver les SDF du quartier menacés d'expulsion. Un graffiti du personnage est enlevé par deux marchands d'art qui sont tués à leur tour, mais le seul indice trouvé est un pansement sans trace biologique. À l'hôpital, Scully découvre que sa mère a changé ses dernières volontés, ne voulant pas être réanimée, et a demandé à contacter Charlie, un frère de Dana qui a rompu tout lien avec sa famille. Quand Dana parvient à joindre son frère et faire écouter sa voix à sa mère, celle-ci reprend brièvement conscience et évoque William avant de sombrer définitivement dans le coma. Scully est alors assaillie par les souvenirs de son fils, sa naissance et son abandon.
Quand Margaret Scully meurt, Dana décide de replonger dans le travail et avec Mulder, elle retrouve le peintre de rue Trashman, un clochard marginal qui affirme avoir créé des êtres par sa pensée à partir de ses statues de glaise, dont l'Homme au Sparadrap qui serait le plus puissant. Les derniers responsables de l’expulsion sont finalement tués à leur tour, toujours par l'Homme au Sparadrap, dont Trashman finit par remodeler le visage. Scully disperse les cendres de sa mère sur une plage, encore sous le choc et pleine de remords pour William.
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L'avis d'urbanisme qui démarre l'épisode est unemise en abyme : la datation reprise dans l'avertissement correspond à celle de la première diffusion de l'épisode, sur laFOX.
Un attentat à la bombe est perpétré dans une galerie d'art au Texas par deux terroristes islamistes et un des deux kamikazes survit, grièvement blessé et dans le coma. Mulder et Scully reçoivent la visite des jeunes agents Miller et Einstein, un duo très semblable aux deux vétérans qui les demandent sur cette affaire, chacun à leur façon : Miller veut l’aide de Scully pour un interrogatoire basé sur les réponses de l'encéphalogramme du terroriste, pendant que Mulder demande l'assistance d'Einstein alors qu'il va ingérer des champignons hallucinogènes et tenter de communiquer avec le terroriste dans lanoosphère.
Miller et Scully sont interrompus par la NSA. Mulder voit le terroriste dans ses visions et entend un message, que Miller traduit comme la cachette du reste de la cellule terroriste. L'expérience rend Mulder et Scully songeurs sur la nature humaine.
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La personne entendue dont l'agent Einstein confirme être une parente éloignée auprès de Scully, n'est ni plus ni moins qu'Albert Einstein.
Des références (Easter Eggs) à la série originale, visuelles ou audio, ont été insérées dans cet épisode[50].
Les Bandits solitaires, depuis longtemps disparus, font une ultime apparition posthume dans cet épisode au travers d'hallucinations.
La séquence de Mulder hallucinant fait penser à celle de Sam Hodiak (joué également parDavid Duchovny) dans l'épisode 10 de la sérieAquarius (saison 01 : "It's Alright Ma (I'm Only Bleeding)") réalisé quelques mois auparavant.
Six semaines après sa rencontre avec Tad O'Malley, Scully remarque la disparition de Mulder et le retour en ligne de l'émission complotiste. Scully en informe Skinner et Einstein avant de retrouver O'Malley, qui recherche aussi Mulder et affirme avoir des preuves de l'insémination d'ADN extra-terrestre dans le génome de chaque citoyen américain en vue de déclencher une pandémie par le virus Spartiate et tuer une grande partie de la population. Scully et Einstein voient peu à peu les malades affluer, mais Einstein refuse de croire à l'ampleur d'un tel complot. Scully découvre par l'ex-agent Monica Reyes que la pandémie est réelle et a été déclenchée par l'Homme à la Cigarette, qui a survécu au bombardement au Nouveau-Mexique et possède le moyen de se protéger du virus Spartiate. Reyes a accepté le vaccin et tenté d'empêcher la pandémie de l’intérieur du Syndicat, en vain. Scully et Einstein commencent donc à développer un vaccin à partir de l'anomalie génétique que Scully a découvert dans son ADN. Miller retrouve Mulder alors que celui-ci confrontait l'Homme à la Cigarette et refusait son offre de rejoindre les rangs des survivants à la pandémie.
Scully injecte le vaccin à Einstein mais quand elle trouve Mulder, il est trop affaibli et un don de cellules souches est nécessaire, or seul William, leur fils, serait un donneur potentiel. Alors que Mulder s'effondre, un OVNI apparait dans le ciel au-dessus des agents.