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Le SC Paderborn 07 actuel puise ses origines dans les traditions et l'histoire de trois cercles: leSV 07 Neuhaus, leFC Preussen Paderborn 1908, et leTuS Sennelager 1910.
Ce club fut fondé en1907 à Schloss Neuhaus une commune de l'entité dePaderborn. Ce club resta relativement anonymement dans les séries inférieures jusqu'au terme de laSeconde Guerre mondiale. En vue de la saison1944-1945, le cercle gagna sa place enGauliga Westfalen mais les compétitions furent interrompues après un match.
Dissous par les Alliés en1945 (voirDirective n°23), le club fut rapidement reconstitué.
Il joua dans les séries "Amateur" jusqu'en1973. Le cercle fusionna alors avec le TuS Sennelager, créé en1910, pour former leTuS Schloss Neuhaus.
LeFC Preussen Paderborn fut créé en1908. Cinq ans plus tard, à la suite de dissensions internes, le club se scinda. Une partie des membres s'en allèrent et créèrent leSV 1913 Paderborn. Ce qu'il restait du "FC Preussen" prit alors le nom deVfB Paderborn qui en1920 opta pour l'appellationVerein für Jungend 07 Paderborn ouVfJ 08 Paderborn.
Les deux clubs continuèrent d'exister jusqu'au terme des années 1960. Dissous par les Alliés à l'issue de laSeconde Guerre mondiale, ils furent reconstitués.
LeSV 1913 Paderborn fut le moins en vue des deux. Il ne joua qu'une seule saison (1955-1956) dans la plus haute ligue deWestphalie. LeVfJ 08 Paderborn, par contre, évolua plusieurs saisons dans ce qui était alors nommé laLandesliga Westfalen. Il en remporta le titre en1952. Durant le tour final, il ne parvint pas à décrocher sa place en2. Oberliga West. Par la suite, le club se fit plus discret et recula dans la hiérarchie.
En1968, leVfJ 08 Paderborn et leSV 1913 Paderborn se retrouvèrent et s'unirent pour former le1. FC Paderborn.
Vice-champion derrière leSpVgg Erkenschwick en1980, le club conquit le titre1981 mais il ne monta en2. Bundesliga car celle-ci se voyait réduite de 2 à 1 série pour la saison suivante.
Lors des trois championnats qui suivirent son titre, le1. FC Paderborn recula sérieusement dans le classement, ne dépassant plus la9e place. Au terme de la saison1984-1985, il fusionna avec leTuS Schloss Neuhaus pour former leTuS Paderborn-Neuhaus.
Lors de sa première saison, le club fusionné termina vice-champion enOberliga Westfalen derrière l'ASC Schöppingen. Le club resta toujours dans la première partie du classement. Il fut de nouveau vice-champion en1990, derrière cette fois l'Arminia Bielefeld.
À la fin de cette saison, leSC Paderborn 07 se retrouva involontairement mêlé à l'Affaire Hoyzer, du nom d'un arbitre qui reconnut avoir participé à la falsification de rencontres au profit d'une maffia de paris clandestins. Lors d'un match deDFB-Pokal, leSC Paderborn 07 avait éliminé leHamburger SV (4-2, après avoir été mené0-2). Lors de cette partie, l'arbitre Hoyzer avait accordé deux penalties généreux à Paderborn et expulsé injustement l'attaquant belge duHSV,Émile Mpenza. Le résultat de cette partie ne fut jamais annulé.
Pour sa première saison enBundesliga, le club se classe dernier, malgré un excellent début de saison grâce auquel il avait occupé la place de leader à l'issue de la quatrième journée. La relégation en2. Bundesliga ne fait qu'accélérer la descente aux enfers de Paderborn, puisque le club vit une saison cauchemardesque et termine de nouveau dernier et se voit relégué pour la deuxième année consécutive, cette fois-ci en3. Liga. Les déboires du club ne s'arrêtèrent pas là puisque la saison 2016/2017 est une nouvelle fois catastrophique et Paderborn ne peut -pour la troisième année consécutive ! - éviter la zone de relégation en raison d'une triste18e place (sur 20 clubs). Le club s'apprête donc à enchaîner une troisième descente en trois ans, mais un incroyable concours de circonstances va permettre sa résurrection.
Un repêchage bénéfique suivi d'une incroyable résurrection
Parti pour évoluer enRegionalliga pour la saison 2017/2018, le club sera finalement repêché en3. Liga au détriment duTSV 1860 München pour une histoire de licence. Il validera son billet pour la2. Bundesliga à trois journées de la fin, en ayant occupé les premières places pratiquement toute la saison.
De retour en2. Bundesliga et après avoir pratiquement été classé confortablement durant plusieurs journées en milieu de classement, Paderborn enchaînera dans les derniers matchs de la saison une série de victoires qui, combinée à l'effondrement en fin de saison duHambourg SV, lui permettra de valider - grâce à une meilleure différence de buts que l'1. FC Union Berlin- pour la deuxième fois de son histoire son accession pour laBundesliga et ce alors que moins de deux ans plus tôt il aurait dû être relégué en quatrième division !
Pour son retour enBundesliga, la saison 2019/2020 est très compliquée et finira bon dernier place qu'il occupera dès la cinquième journée avec seulement quatre victoires et donc de retrouver la2. Bundesliga ou il finira 8e en 2021 avec comme fait d'arme une écrasante victoire sur le score de 8-3 sur le terrain duFC Erzgebirge Aue puis 6e en 2022 et 2023, 7e en 2024, 4e en 2025.