À la mort d'Henri VI, qui laisse comme successeur au trône impérial son fils, le très jeune Frédéric (le futurFrédéric II), des désordres importants éclatent entre la famille Hohenstaufen et ceux qui refusent l'idée d'un empereur mineur. Pour défendre les intérêts de son neveu, Philippe accepte la couronne et il est éluroi des Romains au mois de, au cours de la diète tenue àMühlhausen. Il est couronné le, devenant ainsi la nouvelle référence des Gibelins en Italie. Cela déplait au papeInnocent III, qui prend le parti d'Otton IV de Brunswick, second fils du duc de SaxeHenri le Lion. Ce dernier accepte des sacrifices immenses : il renonce à l'intervention impériale dans les élections épiscopales en Germanie, abandonne toute idée de suzeraineté sur la ville de Rome ou de souveraineté sur laSicile, qui redeviendrait vassale du Saint-Siège, etc. Le pape fait élire Othonroi des Romains àCologne le, avant de le couronner le. Dans le conflit qui s'ensuit, Philippe de Souabe est soutenu par le roiPhilippe II de France, tandis que la monarchie anglaise défend Othon, auquel le lient des liens familiaux. Les Welf sont définitivement battus le lors de la bataille deWassenberg.
L'archevêque de Cologne (Adolphe), qui soutenait jusqu'alors la cause guelfe, rejoint finalement le parti de Philippe, celui-ci est de nouveau couronné et en 1208, le pape lui-même finit par le reconnaître comme empereur.
Le, il meurt poignardé à l'âge de 32 ans àBamberg (250 km au nord deMunich enBavière) par son alliéOtton de Wittelsbach (exécuté le), comte palatin de Bavière, qu'il aurait mortellement offensé en lui refusant la main de sa fille. Le clan desAndechs fut accusé de lui avoir prêté main-forte, ce qui leur valut d'être privés de leurs biens et contraints de fuir en Hongrie.
Son épouse Irène, qui s'était enfuie après son assassinat, meurt le de la même année des suites de l'accouchement d'un enfant, mort-né.
Élisabeth, aussi appeléeBéatrice après la mort de sa sœur aînée (1203 †Toro,), qui épouse en 1219Ferdinand III, roi deCastille et deLeón (v.1200 † 1252) ;
Anthony Stokvis,Manuel d'histoire, de généalogie et de chronologie de tous les États du globe, depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours, préf. H. F. Wijnman, Israël, 1966,chapitreVIII et tableau généalogiqueno 87 « Généalogie des ducs de Souabe,II: Les Hohenstaufen »p. 219.