Paul Stapfer est le sixième de neuf enfants d'une vieille famille protestante d'originesuisse. Son père, Charles-Louis (Berne,1799 -Paris,1880) est ingénieur des Ponts et Chaussées. Sa mère, Marie Suzanne Louise, est née Monod (Paris,1809 - Paris,1886) et est d'originevaudoise.
Il commence une carrière précaire de professeur "privé". Il devient, pour une courte période, précepteur du fils de l'homme d'ÉtatWilliam Waddington. Autour de1865 il est le précepteur des petits-enfants de l'historien et homme politiqueFrançois Guizot avec lequel plusieurs membres de sa famille sont liés depuis deux générations.
Il publie son premier essai,Petite comédie de la critique littéraire à compte d'auteur en1866.
Il part s'installer àGuernesey pour parfaire son anglais et estFrench master au Collège royal Elizabeth deSaint-Pierre-Port de1866 à1870. Il s'y lie d'amitié avec le futur critique anglais George Saintsbury (1845-1933).Il noue des relations avecVictor Hugo qui le reçoit àHauteville House à partir d'octobre1866 et qu'il reverra encore à Paris un an après le retour enFrance de l'illustre exilé. Cette relation donnera lieu à plusieurs ouvrages sur l'œuvre et la personne du poète.
Il quitte Guernesey pour Paris en 1870 et il soutient enSorbonne au mois d'avril une thèse de lettres classiques surLaurence Sterne et une thèse latine surFrancis Bacon.Il fréquenteGuillaume Guizot, fils de l'historien, qui vient d'obtenir la suppléance de la chaire de littérature française au Collège de France.Il professe quelque temps à Paris un cours libre de littérature.
Le, il est chargé du cours de littérature étrangère à la Faculté des lettres de Grenoble.Il devient professeur titulaire en1876.
Il épouse le Alice Lavallée (née en 1843), fille d'un ancien représentant à l'Assemblée constituante devenunotaire.Le il passe de la chaire de littérature étrangère (essentiellement anglaise et allemande) à celle de littérature française.
Il est nommé professeur de littérature française à la Faculté des lettres deBordeaux, où il a demandé son transfert, le, faisant échec au célèbre critiqueÉmile Faguet. L'Académie française lui décerne un prix pour son œuvreMolière et Shakespeare qui est en fait la traduction du livre du romaniste franco-allemandClaas Hugo Humbert, qui - il semble - n'est pas éligible pour le prix étant un ressortissant allemand.Stapfer est nommé doyen de sa Faculté le et son décanat sera encore renouvelé deux fois, jusqu'en novembre1899.Il est fait chevalier de laLégion d'honneur en1895.
Il est suspendu pour six mois de ses fonctions de doyen par le ministre de l'Instruction publique (arrêté ministériel du) pour avoir, le, manifesté publiquement, quoiqu'à mots couverts, son opinion en faveur ducapitaine Dreyfus dans son discours aux obsèques du recteurAuguste Couat qu'il avait connu àGrenoble. Cela lui vaudra d'être dénoncé parMaurras et soutenu parClemenceau[Note 1].
De juin à octobre1898, il publie, sous le pseudonyme de Michel Colline — afin de ne pas courir le risque d'une révocation, sesBillets de la Province dans le journalLe Siècle.
Il reprend son enseignement le.
Doyen honoraire, désormais en retraite de l'Enseignement, il publie encore une vingtaine d'ouvrages de plus en plus tournés vers les questions philosophiques et religieuses.
Petite comédie de la critique littéraire, ou Molière selon trois écoles philosophiques. Paris, Michel-Lévy frères, 1866. In-12, 371 p.
Causeries guernesiaises, édition accompagnée de dix lettres en anglais sur des sujets littéraires. Le Lièvre (Guernesey) et Saint-Jorre (Paris), 1869. In-8, 436 p.
Laurence Sterne, sa personne et ses ouvrages, étude biographique et littéraire, précédée d’un fragment inédit de Sterne. Thèse. Paris, Thorin, 1870. In-8, 318 p. (2e édition : 1881).
Causeries parisiennes. Paris, Sandoz et Fischbacher, 1872. In-18, 438 p.
L'antiquité grecque et latine dans les œuvres de Shakespeare (tome I deShakespeare et l’Antiquité), Paris, Sandoz et Fischbacher, 1879.
Variétés morales et littéraires. Paris, Fischbacher, 1881. In-12, 348 p.
Études sur la littérature française moderne et contemporaine, Fischbacher, Paris, 1881. In-12.
Goethe et ses deux chefs-d'œuvre classiques. Paris, Fischbacher, 1882. In-12. (2e édition : 1886).
Les tragédies romaines de Shakespeare. Paris, Fischbacher, 1883. In-12, 337 p.
Drames et poèmes antiques de Shakespeare. Paris, Fischbacher, 1884. In-12.
Molière et Shakespeare. Paris, Hachette et Cie, 1880. In-12, 388 p. (2e édition : 1886).
Racine et Victor Hugo. Paris, Armand Colin et Cie, 1886. In-12, 330 p. (10e édition : 1922).
Shakespeare et les tragiques grecs. (tome III de Shakespeare et l’Antiquité). Paris, Lecène et Oudin, 1888. In-12, 378 p. (2e édition, revue et corrigée : 1888).
Rabelais, sa personne, son génie, son œuvre. Paris, Armand Colin et Cie, 1889. In-12, 521 p.
Des réputations littéraires, essais de morale de l’histoire, 1e série. Paris, Hachette et Cie, 1893. In-12, 400 p.
Montaigne. Paris, Hachette et Cie, 1895. In-12, 205 p.
La famille et les amis de Montaigne, causeries autour du sujet. Paris, Hachette et Cie, 1895. In-12.
La Grande prédication chrétienne en France. Bossuet, Adolphe Monod, Paris, Fischbacher, 1898. In-8, 471 p.
Conférence du rez-de-chaussée, Des idées morales dans la tragédie, travail lu à la séance du. Versailles, imprimerie du Cerf, 1863. In-16, 50 p.
Alfred de Musset, conférence. Guernesey, Imprimerie Lelièvre, 1868. In-8, 28 p.
Qualis sapientæ antiquæ laudator qualis interpres franciscus baconus exstiterit. Paris, Thorin, 1870. In-8, 83 p. (Thèse de doctorat).
La poétique de sir Philip Sidney, lecture de réception faite le à l’Académie Delphinale par M. Stapfer et réponse de M. Vaison. Grenoble, imprimerie Prudhomme-dauphin & Dupont, 1877. In-8, 35 p.
Bacon et l'antiquité. Bibliothèque universelle et revue suisse, XLII. (Lausanne), 1871,p. 161-182 et 426-458.
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Les bêtes, les choses et la nature dans la poésie satirique de Victor Hugo. Revue des cours et conférences,, pp. 301-321.
Napoléon le grand et Napoléon le petit dans la poésie satirique de Victor Hugo. Revue des cours et conférences,, pp. 513-523.
Victor Hugo et la satire lyrique. Grande revue n°2,, pp. 562-592.
Les idées littéraires de Victor Hugo et la satire des pédants. Bibliothèque universelle et revue suisse (Lausanne), n°19,, pp. 67-91.
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