Pérouse qui semble bâtie sur une seule colline en occupe en réalité deux : le colle del Sole et lecolle Landone. La dépression maximale entre les deux collines s'étend dufosso di Santa Margherita à l'est, aufosso della Cupa, à l'ouest.
Au nord, les reliefs dumont Tezio et dumont Acuto le séparent de la commune d'Umbertide. Un bout de territoire atteint sur la partie occidentale les hauteurs qui entourent lelac Trasimène.
Pérouse apparaît pour la première fois dans l'histoire sous le nom dePerugia. C'est l'une des douze citésétrusques (ditesdodécapole). Elle est mentionnée lors de la guerre de310 ou309 av. J.-C. entre lesÉtrusques et lesRomains. Pérouse participe activement à la rébellion de295 av. J.-C. et doit se résoudre, avec Vulsinii (Bolsena) et Arretium (Arezzo), à demander la paix l'année suivante.
Au cours des guerres puniques de216 et205 av. J.-C., Pérouse reste fidèle à larépublique romaine. On n'entend parler à nouveau de la cité qu'en41-40 av. J.-C., lorsqueLucius Antonius vient s'y réfugier avant d'être vaincu parOctave à l'issue d'un long siège. On a retrouvé des balles de plomb jetées avec des frondes à l'intérieur de la cité et dans les environs (Corpus inscr. lat. xi. 1212). La ville est brûlée, nous dit-on, sauf les temples deVulcain et deJunon. Les murs-terrasses étrusques, toutefois, ne sont guère endommagés. La ville est ouverte à l'occupation de tous sur un territoire d'un mille. Des inscriptions « Augusta sacr(um) Perusia restituta » permettent de supposer que la ville a été rapidement reconstruite. Elle ne devint toutefois une colonie que vers251-253.
Les géographes ne mentionnent guère son existence jusqu'en548, lorsqueTotila l'envahit après un siège. Dans la périodelombarde, Pérouse est l'une des villes principales de la région deTuscia, qui s'étend au nord de Rome. AuIXe siècle, elle devient une propriété des papes avec l'accord deCharlemagne et deLouis le Pieux. La cité continue toutefois pendant des siècles à mener une vie indépendante, guerroyant contre les cités et territoires voisins deFoligno,Assise,Spolète,Todi,Montepulciano...
Lespapes ont parfois trouvé asile dans les murs de Pérouse. L'administration papale y a aussi organisé lesconclaves qui ont éluHonoriusIII en1216,HonoriusIV en1285,CélestinV en1294 etClémentV en1305. Cependant Pérouse fut parfois réticente à l'égard des papes, ainsi lors de larébellion de Rienzo en1347, la cité ombrienne envoya dix ambassadeurs au tribun romain et résista vigoureusement aux légats du pape venus la soumettre.
Au cours desXIVe et XVe siècles, les rivalités entre les premières familles locales, lesBaglioni et lesOddi, les Michelotti, transformèrent peu à peu la ville en champ de bataille (assassinat de Biordo Michelotti le). Le 12 juillet 1416,Braccio da Montone,condottiere natif de la cité dont il avait été chassé avec sa famille dans sa jeunesse, s'empare de la ville qui lui est offerte par ses habitants lors de la bataille de Sant'Egidio, en écrasant les troupes deCarlo Malatesta avec l'aide de son fils Oddo et deNiccolo Piccinino. Rapidement, presque toute l'Ombrie sera sous sa domination et le restera jusqu'à sa mort en 1424[1]. Comme dans de nombreuses villes deToscane et d'Ombrie, Pérouse se couvrit alors demaisons-tours érigées par les personnalités les plus puissantes et les plus riches. Lorsque les Oddi quittèrent la ville, les Baglioni se déchirèrent entre eux. Le mariage d'Astorre Baglioni, en1500, dégénéra en massacre. Le jeuneRaphaël, qui apprenait alors la peinture à Pérouse, a immortalisé dansLa Déposition la figure du beau Grifonetto Baglioni, mort au cours de ces journées.
Les papes commencèrent à craindre ces princes si instables et menaçants. En1520,LéonX attira à RomeGian Paolo Baglioni et le fit décapiter.Vingt ans plus tard, profitant d'une rébellion des Pérugins contre une taxe sur le sel imposée par le pape,PaulIII envoya son armée à Pérouse pour soumettre définitivement la ville. Il détruisit toutes les tours qui couronnaient la ville et construisit une énorme citadelle, laRocca Paolina, par-dessus les résidences des Baglioni. Les anciennes rues du quartier Baglioni devinrent des galeries souterraines que l'on peut encore visiter aujourd'hui. Cette citadelle, dressée au sommet de la ville, servait moins à protéger Pérouse de ses assaillants qu'à empêcher toute rébellion des habitants contre le pouvoir pontifical. Elle cristallisera pendant des siècles l'humiliation des Pérugins.
En1797, l'armée de Bonaparte occupa Pérouse et y ramassa les principales œuvres d'art, dont des tableaux duPérugin qu'on trouve aujourd'hui dans des musées français. La ville fut aussi touchée par des tremblements de terre en1832,1838 et1854. L'armée autrichienne prit la ville en mai1849. L'événement le plus important fut toutefois la « libération » de la ville en1860, lorsque la ville échappa définitivement au pouvoir papal pour rejoindre lePiémont avec le reste de l'Ombrie. L'une des premières décisions des dirigeants de la ville fut alors de détruire laRocca Paolina.
Pérouse fut le quartier général de la révolution fasciste en octobre 1922. Les membres du quadrumvirat, ou Comité révolutionnaire militaire, Bianchi, Balbo, Vecchi et Bono dirigèrent l'action insurrectionnelle d'après le plan arrêté par Mussolini dans ses moindres détails depuis Pérouse.
LeCorso Vannucci est l'artère principale de la ville de Pérouse.
Malgré ses richesses artistiques et l'intérêt de son vaste centre médiéval, Pérouse est une ville moins touristique queFlorence ouSienne. En revanche, c'est une ville étudiante importante. Elle accueille en particulier de nombreux étudiants étrangers dans sonUniversità per stranieri di Perugia.
LaPiazza IV Novembre et laFontana Maggiore, une fontaine médiévale construite sur les dessins deFra Bevignate et comportant trois vasques (deux en marbre et la supérieure en bronze), à 50 bas-reliefs et 24 statuettes, trois nymphes porteuses d'eau, deNicola etGiovanni Pisano,
LaPiazzaMichelotti, l'endroit le plus élevé de Pérouse (panorama sur la plaine, les montagnes et Assise)
Bagnaia, Bosco, Capanne, Castel del Piano, Cenerente, Città della Domenica, Civitella Benazzone, Colle Umberto I, Collestrada, Colombella, Ellera, Ferro di Cavallo, Fontignano, Fratticiola Selvatica, La Bruna, La Cinella, Lacugnano, Migiana di Monte Tezio, Monte Corneo, Monte Petriolo, Montebello, Mugnano, Olmo, Parlesca, Pianello, Piccione, Pila, Pilonico Materno, Poggio della Pietra, Poggio delle Corti, Ponte Felcino, Ponte Pattoli, Ponte Rio, Ponte San Giovanni, Ponte Valleceppi, Prepo, Pretola, Ramazzano, Rancolfo, Ripa, Sant'Andrea delle Fratte, Sant'Egidio, Sant'Enea, San Fortunato della Collina, San Giovanni del Pantano, Santa Lucia, San Marco, Santa Maria Rossa, San Martino in Campo, San Martino in Colle, San Sisto, Solfagnano, Villa Pitignano.