Le, il est au côté deMurtala Mohammed quand celui-ci s'empare du pouvoir à la faveur d'uncoup d'État. Lorsque ce dernier est tué le lors d'une tentative de renversement manquée, Obasanjo, alors chef des armées, le remplace. Il organise dès lors la transition démocratique du pays, rédige une nouvelle constitution et devient le premier dirigeant du pays à abandonner volontairement (ou vivant) le pouvoir en transmettant les rênes du pays àShehu Shagari, premier président civil élu.
Il se retire des affaires publiques, et, lorsque les militaires reprennent le pouvoir en1983, il n'est ni impliqué ni ne donne son approbation au renversement du pouvoir civil. Il reste tout au long des années qui suivent critique des nombreuses violations des droits de l’Homme et du népotisme généralisé des gouvernements militaires successifs.
Sous le gouvernement du généralSani Abacha, il est condamné en1995 à la prison à vie pour complot. La peine est commuée à 15 ans sous la pression internationale, puis purement et simplement annulée à la mort d'Abacha enjuin1998. Lors de son séjour en prison, il affirme avoir fait unenouvelle naissance, être devenuchrétien baptiste et devient membre d’une église baptiste lors de sa libération[3],[4],[5]. Il retourne dans l'arène politique sous la bannière du Parti démocratique populaire (People's Democratic Party - PDP) et est triomphalement élu en 1999 avec 62,6 % des voix face à un autre chrétien yoruba, Olu Falae. Paradoxalement, son plus mauvais score fut dans sa région d’origine, les électeurs locaux lui reprochant d’avoir remis le pouvoir auxhaoussas musulmans en 1979 et de leur être depuis lors inféodés. Son statut deBorn-again christian est cependant considéré comme un atout politique dans les autres régions du Sud chrétien.
Il mène une politique économique favorable aux investisseurs étrangers, ce qui conduit à une multiplication des banques privées, à une vague de privatisations et à des licenciements massifs d’employés du secteur public. Son élection, en 1999, avait été précédée d’un voyage de campagne aux États-Unis mené à bord d’un avion fourni par la compagnie pétrolièreChevron[6].
Les élections de 2003 reflètent une polarisation croissante de la société nigériane le long des lignes de fracture religieuses. S'il engrange à nouveau près de 61,8 % des voix face à l'ex-chef d'État haoussa musulmanMuhammadu Buhari et après une campagne tumultueuse, ce n'est que parce que le sévère recul dans les États du Nord est compensé par un fort soutien cette fois de son Sud-Ouest natal. Des accusations de fraudes seront par ailleurs lancées des deux côtés, mais les observateurs ne les jugent pas suffisamment systématiques pour avoir eu une réelle influence sur le résultat final du scrutin (Obasanjo l'emportant avec près de 11 millions de voix d'avance).
La constitution nigériane interdit au président de se représenter pour un troisième mandat. Une modification constitutionnelle avait été présentée sans qu'Obasanjo ne donne des informations claires sur sa volonté ou non d'effectuer un troisième mandat ainsi que sur son soutien à cette modification. Les anciens chefs d'État issus de l'arméeMuhammadu Buhari etIbrahim Babangida ainsi que le vice-présidentAtiku Abubakar[7] se déclarent opposés à cette modification. La proposition a rencontré un front uni de l'opposition au parlement ainsi que le soutien de députés et sénateurs duPeople's Democratic Party d'Obasanjo. Elle n'a pas reçu l'aval des deux tiers du Sénat nigérian lors d'un vote le. En conséquence, Obasanjo ne peut donc se représenter en2007[8]. Des accusations d'achats de voix ont été lancées et des enquêtes diligentées[9]. À l'issue du vote du Sénat, le président Obasanjo s'est exprimé au comité exécutif national du People's Democratic Party réuni en urgence et a déclaré ce vote « une victoire de la démocratie[10] ».
En, son dauphinUmaru Yar'Adua est élu président de la République à la faveur de nombreuses fraudes.
Il est depuis 2008 membre de l'Africa Progress Panel, une fondation basée à Genève et présidée parKofi Annan.
En août 2021, l'Union africaine nomme Olusegun Obasanjo au poste de Haut représentant pour laCorne de l'Afrique, alors que cette région est en proie à deux conflits majeurs, d'une part uneguerre civile au Tigré (Éthiopie) et d'autre part la guerrila menée par les milices islamistes enSomalie[12].
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