Ce qui est maintenant Novato était à l'origine le site de plusieurs villages de la côteMiwok : Chokeche, proche du centre-ville Novato, Puyuku, près d'Ignacio, et Olompali, devenu l'Olompali State Historic Park.
La ville d'origine s'étendait deNovato Creek à ce qui est aujourd'hui le sud de Novato Boulevard. Un chemin de fer a été construit en 1879, reliant Novato aucomté de Sonoma etSan Rafael. La zone autour du dépôt ferroviaire est devenu connue sous le nom de New Town, et forme ce qui est aujourd'hui la limite de la vieille ville de Novato. Le dépôt actuel a été construit en 1917, mais a fermé en 1959 et est en grande partie abandonné. Le dépôt se composait de deux bâtiments, un entrepôt et une gare. L'entrepôt a brûlé deux fois dans les années qui ont suivi et a été démoli à la fin 2007, tandis que la gare est encore debout.
Une église presbytérienne a été construite en 1896. Jusqu'en 2006, elle abritait un certain nombre de bureaux de la mairie, mais a été évacuée et condamnée la même année en raison de problèmes de sécurité. L'église a été rénovée depuis.
L'ancienne Hamilton Air Force Base est également située à Novato, mais a été déclassée en 1974 et classée « district historique » en 1998. Après être resté à l'abandon pendant de nombreuses années, d'importantes rénovations ont été réalisées sous l'égide de l'ancien maire Michael DiGiorgio. En 2008, la base a été largement réaménagée en des habitations.