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Le prince Naruhiko est né àKyoto, ancienne capitale impériale. Il est le neuvième fils du princeKuni Asahiko et de la dame Terao Utako. Son père, Kuni Asahiko est un des fils du princeFushimi Kuniie qui est le vingtième chef de laFushimi-no-miya, plus vieille branche cadette de la famille impériale japonaise. Son père est également le fils adoptif de l'empereurNinko et proche conseiller de l'empereurMeiji. Le prince Naruhiko est le demi frère du princeKuniyoshi Kuni, père de l'impératriceKōjun, femme de l'empereurHirohito.
Conformément aux mœurs de l'époque, il fait, en tant que membre de la famille impériale japonaise, ses études à l'école primaire de l'armée impériale puis est diplômé de l'École des Officiers.
L'empereurMeiji l'élève au titre de Higashikuni no miya et lui permet de fonder une nouvelle branche au sein de la famille impériale le. Le prince se marie le avec la neuvième fille de l'empereur Meiji, laprincesse Toshiko ; le couple a quatre fils.
Le prince Nahuriko Higashikuni étudie ensuite la tactique militaire à l'École spéciale militaire de Saint-Cyr enFrance de 1920 à 1926. Son comportement durant sa vie àParis scandalise la Cour impériale. Il quitte sa femme et ses enfants et les laisse au Japon. La mort de son second fils ne provoque même pas son retour. Lors de sa vie en France il vit dans le luxe, a une maîtresse française ; il se passionne également pour l'impressionnisme et entretient un vaste cercle d'amis incluantClaude Monet etGeorges Clemenceau. Par ses fréquentations, le prince Higashikuni apprend beaucoup à propos de la politique et de la société occidentale et développe une réputation de libéral parmi les membres de lanoblesse japonaise.
Promugénéral il sert à partir de 1939 au sein du Conseil suprême de la guerre (sensō-shido). Il commande la défense nationale de 1941 à 1944.
En, après la démission deFumimaro Konoe, il est pressenti pour prendre la tête du gouvernement par les états-majors de l'Armée impériale japonaise et de laMarine impériale japonaise. Konoe lui-même le recommande auprès de l'empereur Hirohito dans l'esprit que seul un homme issu de la famille impériale et ayant sa compétence dans le domaine militaire peut empêcher la guerre contre l'Occident. CependantHirohito préfère nommer le belliciste et ministre de l'ArméeHideki Tōjō, estimant qu'il est déplacé qu'un membre de la famille impériale serve en tant que premier ministre et entraîne de la sorte la responsabilité directe de la famille dans la guerre contre l'Occident.
Sa mission en tant que Premier ministre est de garantir aux Alliés la cessation des hostilités ainsi que la démobilisation de l'Armée impériale japonaise, de même que de rassurer la population japonaise quant à la capacité de l'institution impériale à ramener la sécurité dans le pays.
Le prince Naruhiko Higashikuni démissionne de son poste en octobre 1945 à la suite de différends avec l'armée d'occupation américaine, liés notamment à l'abolition de laTokkō, la police de la pensée.
En, il déclare lors d'entrevues avec des médias que plusieurs membres de la famille impériale auraient approuvé la démission deHirohito et l'institution d'unerégence en faveur du princeNobuhito Takamatsu.
Il demande en 1946 la permission à l'empereur de ne plus faire partie de la famille impériale et de devenir par conséquentroturier. Celui-ci refuse. Cependant il perd son titre et une grande partie de sa fortune, conséquence des mesures prises par l'armée américaine pour restreindre l'étendue de la famille impériale aux parents immédiats de l'empereur.
Il crée par la suite sa propre « secte » religieuse :Higashikuni-kyō.
Il publie ses mémoires en 1968, intitulésHigushikuni Nikki.
Il meurt le à l'âge de 102 ans d'uneinsuffisance cardiaque, après avoir survécu à sa femme, ses deux fils, et à son neveu l'empereur Hirohito mort un an plus tôt.
Premier ministre japonais au mandat le plus court (1 mois et 22 jours), il est également celui dont la longévité est la plus grande, devantYasuhiro Nakasone décédé à 101 ans.