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C'est un arbredioïque, à feuilles persistantes aromatiques et à petites fleurs jaunes en grappes. Il peut atteindre une douzaine de mètres de hauteur et être centenaire. Seuls les individus femelles portent lesfruits.
L'arbre porte des fruits au bout de 8 ans et peut continuer à en produire pendant plus de 60 ans. On cueille les fruits mûrs, au moment de ladéhiscence dupéricarpe.
Le fruit est une capsule ovoïde. Il comprend un péricarpe épais et charnu, qui est localement consommé une fois confit, et unegraine. La graine est entourée d'unarille lacinié, qui donne l'épice appeléemacis. Elle a un tégument épais et lignifié en coque. La noix de muscade peut être commercialisée en coque, ou enalbumen débarrassé de sa coque. Cet albumen estruminé, ce qui donne les nombreuses lignes courbes que l'on voit en coupe. Il est utilisé comme épice, et râpé à l'aide d'une petite râpe souvent vendue avec l'épice.
Fruits du muscadier : noix de muscade avecarilles.