1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour :
Elneny est remarqué lors de la saison 2010-2011 sous le maillot de l'équipe égyptienne desArab Contractors SC, dès lors il est appelé en sélection égyptienne des moins de 20 ans où il participe grandement au parcours de l’Égypte enCoupe du monde de football des moins de 20 ans.
En 2012 une rumeur fait état d'un intérêt du Bayern Munich pour Elneny[3].
Début décembre le FC Bâle lui propose un stage d'essai à partir du pour une durée d'une semaine[4].
Le, Elneny signe un prêt de six mois, avec option d'achat, en faveur duFC Bâle[5].
Malgré la volonté deMurat Yakin qui voulait le faire signer en été, le président duFC Bâle,Bernhard Heusler, fait signer un contrat à Elneny lors du mercato d'hiver de peur que d'autres équipes ne lui proposent un contrat ou que son club ne fasse monter les enchères.
Elneny est devenu, depuis l'arrivée deBob Bradley, un pilier de la sélection égyptienne et il est presque toujours appelé chez les Pharaons. Mohamed Elneny dispute sa première compétition internationale lors de laCoupe d'Afrique des nations 2017. Il fait partie de la liste des 23 joueurs égyptiens sélectionnés pour disputer laCoupe du monde de 2018 enRussie[10]. L'année suivante, il figure sur la liste des joueurs sélectionnées pour participer à laCoupe d'Afrique des nations 2019. Deux ans plus tard, il est de nouveau convoqué pour participer à laCoupe d'Afrique des nations 2021. En décembre 2023, il est retenu dans la liste des vingt-sept joueurs égyptiens sélectionnés parRui Vitória pour disputer laCoupe d'Afrique des nations 2023.