L'île de Mohéli est la plus ancienne des îles de l'union des Comores, et contrairement aux autres, elle possède des solsargileux qui peuvent retenir l'eau. C'est également la plus petite de ces îles.
En1886, laFrance y imposa unprotectorat. Plusieurs révoltes ont lieu, en 1899 et 1902, réglées dans le sang[3]. En1909, à la suite d'une rocambolesque histoire d'amour, la France annexe l'île, la dernière reine,Salima Machamba, ayant abdiqué et supprimé le sultanat en1902[4].
En1975, à la suite du référendum d'autodétermination organisé par le pouvoir colonial français et de la victoire du camp de l'indépendance, les représentants élus de quatre îles Comores déclarent la création de la République des Comores, après une proclamation unilatérale solennelle devant cette assemblée, de l'indépendance parAhmed Abdallah le chef du conseil de gouvernement, qui sera chassé du pouvoir trois semaines plus tard par Ali Soilih (1975-1978). À son retour au pouvoir, Ahmed Abdallah instaure laRépublique fédérale islamique des Comores (RFIC) en 1978, avec l'aide de mercenaires français. Le pouvoir politique de la RFI des Comores est alors situé à Moroni Grande Comore et l'administration.
Mais ce n'est que le, lorsque Mohéli rejointAnjouan, qui avait proclamé son indépendance une semaine plus tôt, que celle-ci obtient une indépendance de fait.Said Mohamed Souef devient Président de l'île etSoidri Ahmed Premier ministre. Après négociations, Mohéli rejoint cependant la RFI des Comores en1998. Depuis lors, les dirigeants de Mohéli essaient de rapprocher les points de vue entre Anjouan et la Grande Comore.
En2002, Mohéli ratifie le traité de la nouvelle constitution de l'union des Comores, qui laisse une plus grande place à l'autonomie des îles.Mohamed Saïd Fazul est alors élu président de l'île. Ses partisans ont gagné la majorité des sièges dans la délégation mohélienne au parlement pour lesélections législatives de2004.
En 2010, de nouvelles émeutes ont lieu à Foumboni, le présidentSambi (de 2006 à 2011) ayant retardé la tenue de l'élection ; celle-ci, organisée en 2011, amène à la tête de l'État comorien un président de l'Union mohélienne,Ikililou Dhoinine.
L'assemblée législative de l'île autonome de Mohéli comporte dix sièges et a été élue les 14 et. Neuf sièges ont été remportés par les partisans deSaid Mohamed Fazul et le dernier par un partisan d'Azali Assoumani. En 2007, c'estMohamed Saïd Fazul qui a été élu président de l’île autonome de Mohéli (actuellement président remplacé par gouverneur) face à Said Mohamed Fazul. Après avoir écourté son mandat de deux ans, qui devait prendre fin en 2012, pour des problèmes de calendrier électoral, Mohamed Ali Said est réélu, en, gouverneur de l’île autonome de Mohéli face au candidat de la majorité présidentielleSaid Ali Hilali. L’élection des conseillers de l’île a été remportée, à la majorité absolue, par le camp de Mohamed Ali Said.
À la suite des élections législatives et communales déroulées en 2015, c'est le parti du gouverneur Mohamed Ali Said qui a remporté la majorité à l'assemblée insulaire, s’alliant avec les conseillers (équivalents des députés au niveau national) de ceux des partisans et apparentés du Président Ikililou (parti UPDC).
En, à la suite des élections des gouverneurs des îles, c'est Mohamed Said Fazul qui a remporté, face à la femme du Président Ikililou (Hadidja Dhoinine), les élections de gouverneur pour un mandant de 5 ans. C'est donc la deuxième fois qu'il prend les rênes de l’île de Moheli.
Pour rappel, au niveau national, c'est l'ancien président (2002-2006) Azali Assoumani qui remporte les élections devant Mohamed Ali Soilih. C'est donc son deuxième mandat (2016-2021) en tant que président de l'union des Comores.
Le territoire de l'île autonome de Mohéli est divisé en communes[6]. Pour des raisons administratives les communes sont groupées en préfectures, et réparties comme il suit :
L'île de Mohéli est la plus petite et la plus pauvre des îles. Malgré les routes en très mauvais état, elle dispose de quelques belles plages, d'unparc naturel et d'hôtels (deux principaux, un à Fomboni et l'autre à Niouamachoua), ce qui permet d'espérer un essor dutourisme (mais les vols sont très rares et chers, le déplacement sur l'île est difficile à cause du mauvais état des routes).
Archéologie des Comores, tome II,Moheli & Shungwaya : traditions et archéologie, INALCO, Paris, 1989-1991, 194 p. (numéro spécial deÉtudes Océan Indien,no 12, 1991)
Claude Chanudet,Contribution à l'étude du peuplement de l'île de Moheli, Institut national des langues et civilisations orientales, Paris, 1988, 675 p. (thèse de3e cycle d'Études africaines)
Christophe Grosdidier,Djoumbe Fatima, reine de Mohéli, l'Harmattan, Paris, Torino, Budapest, 2004, 236 p.(ISBN2-7475-6953-5) (roman historique)
Michel Louette, Hachime Abdérémane, Ibrahim Yahaya (et al.),Atlas des oiseaux nicheurs de la Grande Comore, de Mohéli et d'Anjouan, Musée royal de l'Afrique centrale, Tervuren, 2008, 240 p.(ISBN978-90-74752-37-4)
Jean Aimé Rakotoarisoa,Moheli : contribution à l'étude géographique d'une île comorienne, Université d'Antananarivo, Institut de civilisations : Musée d'art et d'archéologie, 1991, 128 p. (thèse de3e cycle)
Claude Chanudet et Jean-Aimé Rakotoarisoa,Mohéli : une île des Comores à la recherche de son identité, Édition l'Harmattan,, 271 pages(ISBN978-2-7384-8736-0,lire en ligne)