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Yoritomo est né àAtsuta (Nagoya). À cette date,Minamoto no Tameyoshi (le grand-père de Yoritomo) est à la tête du clan. C’est alors qu’éclate larébellion de Hōgen. Cetteguerre civile commence à la mort de l’empereur Toba : Minamoto no Yoshitomo (fils de Tameyoshi) soutient le nouvel empereurGo-Shirakawa, fils de l’empereur Toba, alors que Minamoto no Tameyoshi prend le parti de l’empereur retiréSutoku. En 1159, l’ex-empereur Sutoku est vaincu et mis aux arrêts, alors que Tameyoshi est exécuté malgré les demandes de clémence de Yoshitomo. Yoshitomo devient le chef du clan Minamoto.
Mais en 1160 commence larébellion de Heiji.Taira no Kiyomori, chef duclan Taira, avec l'appui deFujiwara no Nobuyori soutient un nouvel empereur, le fils de Go-Shirakawa, l'empereur Nijo, alors que Minamoto no Yoshitomo et les alliésFujiwara no Tadamichi etFujiwara no Michinori restent fidèles à l'empereur Go-Shirakawa. Malheureusement le clan Minamoto est mal préparé et le clan Taira prend rapidement le pouvoir à Kyoto : Fujiwara no Michinari et Fujiwara no Tadamichi sont exécutés alors que le palais de Go-Shirakawa est incendié.
Minamoto no Yoshitomo s’enfuit de la capitale juste avant l’arrivée de Taira mais est trahi et exécuté par un serviteur dans laprovince d'Owari.
Yoritomo n’est pas exécuté, à la demande d'Ikenozunni, la belle-mère de Kiyomori. Yoritomo prend donc la tête du clan ; il est exilé à Izu, dans laplaine de Kantō, qui est sous le contrôle duclan Hōjō.Minamoto no Noriyori, demi-frère de Yoritomo, part également en exil alors queMinamoto no Yoshitsune, un autre demi-frère, est forcé de rentrer au monastère. Tous les autres enfants héritiers du clan Minamoto sont exécutés.
Taira no Kiyomori et le clan Taira sont les chefs indiscutés du Japon.
En 1179, Yoritomo épouse Hōjō Masako, la fille de Tokimasa, le chef du clan Hōjō. À la même époque, il est informé des événements à Kyoto : la famine et la brutalité du clan Taira attisent la colère de la population. Pour Yoritomo, l’exil prend bientôt fin.
En 1180, laguerre de Genpei, de succession, éclate lorsque le clan Taira soutient l'empereurAntoku, neveu du fils de l'empereur Go-Shirakawa, le princeMochihito. Humilié, le prince lance un appel à la rébellion au clan Minamoto.
Après la mort de Minamoto no Yorimasa et du prince Mochihito, Yoritomo décide de prendre les armes. Yoritomo est l’héritier légitime du clan Minamoto malgré les tentatives de conspiration de son oncle, Minamoto no Yukiie, et de son cousinMinamoto no Yoshinaka. De plus, Yoritomo bénéficie de l'aide financière du clan Hōjō (la famille de son épouse). Il a installé sa capitale dans l'est, à Kamakura dans la province de Suruga.
En 1181, Taira no Kiyomori meurt, le clan Taira est alors dirigé parTaira no Munemori. Munemori mène une politique plus agressive contre le clan Minamoto et attaque des bases des Minamoto à Kyoto. Heureusement, Yoritomo est protégé àKamakura.
Ses demi-frères, Minamoto no Yoshitsune et Minamoto no Noriyori battent les Taira dans plusieurs batailles importantes mais ils ne peuvent empêcher Minamoto no Yoshinaka, le rival de Yoritomo, d'entrer dans Kyoto en 1183 et d’y chasser les Taira. Ceux-ci partent avec l'empereur Antoku, ainsi, quand les Minamoto entrent dans la capitale, désignent-ils le demi-frère d'Antoku,Go-Toba, comme nouvel empereur.
Lors de sa première grande bataille, Yoritomo est défait à Ishibashiyama. Il triomphe cependant de ses rivaux dans le clan et remporte une victoire décisive contre les Taira lors de labataille de Dan-no-ura en 1185[1].
Peinture sur rouleau Minamoto no Yoritomo, fin du XIVe siècle
Yoritomo établit la suprématie de la caste guerrière dessamouraïs et instaure le premierbakufu à Kamakura (Kamakura bakufu, 鎌倉幕府 oushogunat Kamakura)[1]. Commence ainsi l'âge féodal du Japon, qui durera jusqu'au milieu duXIXe siècle[1]. Yoritomo obtient le titre deshogun (seii-taishogun, « grand général qui pacifie les Barbares ») en 1192.
Après sa mort en 1199 des suites d'une chute de cheval, son beau-pèreTokimasa Hōjō prend le titre de régent (shikken), instituant la domination duclan Hōjō sur lebakufu naissant. Le titre de shogun, quant à lui, passera par la suite à son fils aînéYoriie en 1202, et deviendra dès lors héréditaire.