Unmicro-organisme oumicroorganisme (dugrec ancienμικρός /mikrós, « petit » et deὄργανον /órganon, « organe ») oumicrobe (du grecμικρός /mikrós, « petit » etβίος /bíos, « vie ») est unorganisme unicellulaire qui ne peut être observé individuellement qu'à l'aide d'unmicroscope. Dans leur ensemble, les microorganismes représentent la majeure partie du monde vivant.
Les troisdomaines du vivant sont représentés parmi les micro-organismes :bactéries,archées eteucaryotes unicellulaires (protistes etchampignons). Certains microbiologistes y ajoutent lesvirus alors que d'autres ne les considèrent pas comme des êtres vivants à part entière[1],[2], puisqu'ils ne peuventmétaboliser ni serépliquer de manière autonome, hors d'une cellule-hôte[3].
L'hypothèse que certaines maladies pourraient provenir de micro-organismes invisibles à l’œil nu existe dès l'Antiquité, même si elle n'est pas privilégiée par médecins les plus influents commeHippocrate ouGalien. On la trouve cependant sous la plume deVarron dans sonÉconomie rurale :
« Il se développe dans lesmarécages certains petits animaux, invisibles à l’œil, qui par la respiration pénètrent dans le corps par la bouche et les narines, et y provoquent des maladies dangereuses »
Cette hypothèse est cependant négligée pendant l'essentiel de l'histoire européenne au profit de lathéorie des humeurs, et il faudra attendre les progrès de lamicroscopie pour la rétablir.
En 1878, le médecin militaireCharles-Emmanuel Sédillot propose, dans une note des Comptes rendus de l'Académie des sciences, le terme « microbe » (signifiant mot à mot :petite vie) pour désigner tous les agents microscopiques pathogènes[5]. Les scientifiques hésitaient sur la place à leur donner dans le monde du vivant, si bien qu'ils les désignaient sous les termes demicrophytes, microzoaires, microgermes ou germes,vibrions,leptothrix, bactéries, etc. Frappé des inconvénients d'une synonymie qui soulevait à chaque instant des contestations entre savants, Sédillot, propose le terme de microbes, agents visibles au microscope et susceptibles d'être cultivés.
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Les micro-organismes sont présents dans toute la structure de lataxonomie. Il est possible de distinguer d'une part les micro-organismesprocaryotes qui ne possèdent pas de noyau comme lesbactéries et lesArchaea, et d'autre part les micro-organismeseucaryotes possédant un noyau. Ces derniers comprennentchampignons unicellulaires (comme leslevures),algues unicellulaires etprotistes (photosynthétiques ou non).
Les micro-organismes sont souvent décrits comme unicellulaires, quelques protistes unicellulaires sont visibles à l'œil nu et quelques espèces multicellulaires sont microscopiques.
La taille moyenne des cellules bactériennes est de0,5 à 1μm, mais il existe certaines bactéries ayant une taille de plus de50μm. Les cellules eucaryotes ont un diamètre allant de5 à 20μm.
Les micro-organismes auraient été lespremières formes de vie à se développer surTerre, il y a environ 3,4 à 3,7 milliards d'années. Le transfert horizontal degènes, de pair avec un haut taux demutation et de nombreux autres moyens de lavariation génétique, permet aux micro-organismes d'évoluer rapidement (parsélection naturelle), de survivre dans des environnements nouveaux et répondre à des stress environnementaux.
Cette évolution rapide est importante dans lamédecine, car elle l'a conduite à l'évolution récente de « super-microbes » — des bactéries (notammentpathogènes) rapidement devenues résistantes auxantibiotiques modernes.
Les micro-organismes sont indispensables à l'homme et à l'environnement. Ils participent aucycle du carbone et aucycle de l'azote et accomplissent un rôle vital dans presque tous lesécosystèmes, tels que labiodégradation et le recyclage d'autres organismes. Un monde sans microbes est donc possible mais l'histoire des animauxaxéniques etgnotobiotiques met en lumière que l’absence de microbes entraîne une réduction massive des fonctions physiologiques fondamentales assurant croissance/développement, survie des êtres vivants[10].
On trouve les micro-organismes dans tous les types d'environnement présents dans la nature : ils colonisent tous les écosystèmes, comme les sols, les eaux douces et les eaux marines, l'air, mais aussi des environnements plus hostiles tels que lespôles, lesdéserts, lesgeysers, le fond desocéans, etc. Les micro-organismes rencontrés dans des environnements extrêmes sont qualifiés d'extrêmophiles. De nombreux micro-organismes sont associés auxplantes ou auxanimaux avec lesquels ils peuvent entretenir des relations desymbiose, decommensalisme ou deparasitisme. Certains micro-organismes peuvent être pathogènes, c’est-à-dire entraîner une maladie chez les plantes ou les animaux.
Dans les milieux fréquentés par l'homme, le taux de micro-organismes dans l'air peut fortement varier. Il est notamment lié à la poussière et à l'humidité contenues dans l'atmosphère.
Les rayons UV du soleil désinfectent l'air quand il est humide et riche en particules, telles que les poussières, les pollens, les suies, etc. car ces particules servent de support à de nombreuses bactéries, virus, micro-organismes, spores de champignon, et sont facilement mis en suspension dans l'air par le vent, les turbulences, le balayage, ou encore le flux des véhicules.
Les micro-organismes peuvent aussi être la cause de nombreuses maladies infectieuses. On distingue ainsi : les bactéries pathogènes qui provoquent des maladies comme lapeste, latuberculose et le charbon, les protozoaires responsables de maladies comme lepaludisme, la maladie du sommeil et latoxoplasmose et enfin les champignons qui provoquent des maladies telles que lateigne, lacandidose ouhistoplasmose. D'autres maladies comme lagrippe, lafièvre jaune ou leSIDA sont causées par des virus pathogènes qui ne sont généralement pas classés comme des organismes vivants et ne sont donc pas des micro-organismes au sens strict du terme. Heureusement, nous possédons des barrières naturelles (la peau et les muqueuses) dont le rôle est d'empêcher la contamination. Elles évitent que les micro-organismes ne pénètrent dans le milieu intérieur, évitant ainsi l'infection.
Aux échelles microscopiques, les organismes sont confrontés à une physique et à des besoins particuliers[16].
Pour se nourrir, les micro-organismes ont besoin de :
substances organiques :
glucides (sucres) :glucose,lactose… apport de carbone et d'énergie. Utilisation soit par respiration (dégradation totale : gaz), soit par fermentation (composés divers issus du « découpage » plus ou moins important des sucres). Les produits de ces fermentations sont des déchets et sont donc rejetés dans le milieu naturel.
protides (protéines) : apport de substances azotées.
Dégradation plus ou moins importante des protéines avec libération d'acides aminés, peptides, voire ammoniac : c'est la protéolyse.
lipides : éventuellement — apport de carbone et d'énergie.
Libération d'acides gras : appelée la lipolyse.
La quantité de lipides a un effet protecteur sur la destruction des bactéries par de hautes températures.
Substances minérales : sels.
Facteurs de croissance : vitamines.
Eau.
Par le froid, on stoppe la croissance de la majorité des micro-organismes qui vont se maintenir en état de dormance, sans multiplication.
L'importance du temps de chauffe permet, pour une température donnée, de parvenir à une destruction plus ou moins complète ; une augmentation de température impliquant une diminution du temps de chauffe. Les principaux traitements thermiques sont lapasteurisation et lastérilisation.
À une température favorable adaptée et optimale, on permettra le développement de certaines espèces :
L'interaction de micro-organismes différents peut varier :
lamétabiose : succession sur un même milieu de micro-organismes ; les premiers préparent le « terrain » pour les suivants, puis stoppent leur multiplication et enfin disparaissent ;
lasymbiose : développement sur un même milieu et en même temps de plusieurs espèces microbiennes, ces espèces se favorisant mutuellement ;
l'antibiose : il en existe plusieurs formes
par compétition, lié au nombre et à la virulence d'une espèce ; la plus combative occupant le milieu, celui-ci devient impropre au développement de l'espèce la plus faible,
↑À la suite des découvertes de Pasteur, Sédillot invente et propose en 1878 à l'Académie des sciences, après approbation de Littré, le mot « microbe ». Jusqu'alors on employait divers synonymes, par exemple « animalcules » ou « êtres microscopiques ». (Voir une liste de ces dénominations dans la communication de Sédillot :C. Sédillot, « De l'influence des découvertes de M. Pasteur sur les progrès de la Chirurgie »,Comptes rendus hebdomadaires des séances de l'Académie des sciences, t. 86, (1878),p. 634, consultable surGallica.)
↑Pierre Germa.Les grandes inventions, Berger Levrault Edit Paris 1982
↑JacquesRigoulet, AlainHennache, PierreLagourette, CatherineGeorge, LoïcLongeart, Jean-LoïcLe Net et Jitender P.Dubey, « Toxoplasmosis in a bar-shouldered dove (Geopelia humeralis) from the Zoo of Clères, France »,Parasite,vol. 21,,p. 62(ISSN1776-1042,PMID25407506,DOI10.1051/parasite/2014062)
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