Le lieu a été une petite ville de pêcheurs pendant l'Antiquité égyptienne et le règne d'Alexandre le Grand : il est alors nomméAmunia. Des ruines d'un temple deRamsès II () sont encore visibles. Marsa Matruh est ensuite connue sous le nom deParaitonion sous ladynastie lagide. Lorsque lesRomains occupent la région, la ville devient un port important pour le commerce et l'expédition des marchandises et des récoltes versRome. Le lieu est nomméParaetonium par les Romains.Cléopâtre etMarc-Antoine, se baignèrent dans une piscine, en bord de mer, près de la ville. Une plage de la ville porte aujourd'hui le nom de Cléopâtre. Située à 14 km au nord-ouest de Matruh, la plage est à l'opposé de lalagune de Marsa Matruh. Elle est fameuse pour ses eaux claires entourées de rochers, donnant ainsi l'impression d'une vaste piscine carrée[1]. On peut y voir unbuste moderne de Cléopâtre, haut de plusieurs mètres.
Une liaison ferrée versAin Soukhna, reliant la Méditerranée et lamer Rouge, est en projet[3]. Les réseaux de compagnies de bus privées desservent la ville, notamment depuisle Caire.