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Métabolisme

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Schéma d'un métabolisme cellulaire.

Lemétabolisme est l'ensemble des réactions chimiques qui se déroulent à l'intérieurde chaque cellule d'un être vivant et lui permettent notamment de se maintenir en vie, de sereproduire (se diviser), de sedévelopper et de répondre auxstimuli de son environnement (échanges par exemple). Certaines de cesréactions chimiques se déroulent en dehors descellules de l'organisme, comme ladigestion ou le transport de substances entre cellules. Cependant, la plupart de ces réactions ont lieu dans les cellules elles-mêmes et constituent lemétabolisme intermédiaire.

Labiochimie cellulaire repose sur des réactions chimiquescatalysées par desenzymes, c'est-à-dire desprotéines possédant chacune la faculté de faciliter une réaction chimique spécifique. Ces réactions sont régies par lesprincipes de la thermodynamique et s'organisent envoies métaboliques. Ces dernières sont constituées d'un ensemble de transformations permettant de convertir uncomposé chimique en un autre à travers des transformations successives, parallèles ou cycliques, catalysées par des enzymes. Certaines de ces enzymes sont soumises à une régulation par desmétabolites cellulaires ou par dessignaux extracellulaires. Ces facteurs de régulation modifient lacinétique enzymatique, accélérant ou ralentissant certaines réactions déterminantes, et aboutissant à l'autorégulation du système par l'ouverture et la fermeture des différentes voies métaboliques selon les circonstances.

Dans l'ensemble des réactions constituant le métabolisme, on distingue d'une part l'anabolisme, qui représente l'ensemble des voies debiosynthèse des constituants cellulaires (et/ou autres constituants), et d'autre part lecatabolisme, qui représente l'ensemble des voies de dégradation de ces constituants cellulaires enpetites molécules pour en libérer l'énergie paroxydation ou pour rebâtir d'autres constituants cellulaires. Les réactions de l'anabolisme et du catabolisme sont interconnectées à travers des molécules spécialisées jouant le rôle decofacteurs enzymatiques. C'est par exemple le cas de l'adénosine triphosphate (ATP), dont l'hydrolyse enadénosine diphosphate (ADP) et enphosphate inorganique (Pi) est souvent couplée aux réactions d'anabolisme pour les rendre thermodynamiquement favorables. Ledinucléotide nicotinamide-adénine (NAD+ à l'état oxydé) et ledinucléotide nicotinamide-adénine phosphate (NADPH à l'état réduit), quant à eux, sont des transporteurs d'électrons utilisés dans lesréactions d'oxydoréduction cellulaires, le NAD+ plutôt dans le catabolisme et le NADPH dans l'anabolisme. Descoenzymes permettent également d'échanger de la matière entre les différentes voies métaboliques. Ainsi, lacoenzyme A permet d'activer desgroupesacyle pour former uneacyl-CoA, dont la plus importante est l'acétyl-CoA : cette dernière se trouve au carrefour de plusieurs voies métaboliques majeures, telles que la dégradation desglucides et deslipides, la production d'énergie métabolique, ou encore labiosynthèse des acides gras et desoses.

Le métabolisme d'un être vivant définit les types desubstances chimiques qui sont desnutriments pour cet organisme et lesquels sont au contraire despoisons : ainsi, lesulfure d'hydrogène H2S est indispensable au développement de certainsprocaryotes, alors que ce gaz esttoxique pour lesanimaux[1] en général. L'intensité dumétabolisme de base détermine également la quantité de nourriture nécessaire à l'organisme.

Il est frappant d'observer la similitude des voies métaboliques fondamentales et des composés biochimiques à travers les organismes les plus divers[2]. Ainsi, lesacides carboxyliques constituant les intermédiaires ducycle de Krebs se retrouvent chez tous les êtres vivants connus de nos jours, allant d'unprocaryote tel qu'E. coli jusqu'à unanimal tel que l'éléphant[3]. Ces similitudes remarquables sont très certainement dues à l'apparition précoce de ces voies métaboliques au cours de l'évolution des formes de vie sur Terre et à leur conservation en raison de leur efficacité[4],[5].

Molécule d'ATP, unité d'échange d'énergie universelle.
Molécule deNAD+,coenzyme desréactions d'oxydoréduction.
Molécule d'acétyl-CoA, coenzyme activant unrésiduacétyle.

Éléments historiques

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La balance deSantorio, illustration duXVIIe siècle.

« On peut considérer, de façon arbitraire, trois périodes dans l'évolution des modes de raisonnement sur le fonctionnement des organismes vivants, depuis l'Antiquité grecque jusqu'à laRenaissance : la période desphilosophes grecs riche d'idées audacieuses, souvent spéculatives, leMoyen Âge dominé par le pouvoir ecclésiastique qui prend de l'héritage grec ce qui est en accord avec lefinalisme de latradition biblique, enfin la période ou fleurit l'alchimie qui marque un renouveau dans la pratique expérimentale et annonce le nouvel esprit de la Renaissance »[6].

Certains des philosophes grecs méditent sur la structure et la dynamique du vivant. Leur théorie desquatre éléments, enseignée jusqu'auXVIIIe siècle, considère que le monde (et donc les organismes vivants, leurs organes et tissus) résultent de l'association de la terre, du feu, de l'air et de l'eau et qu'elle devrait faire mieux comprendre le métabolismedes humeurs (chaque humeur étant associée à un organe)[7]. Dans son traitéParties des animaux,Aristote décrit le processus métabolique à partir d'unprincipe vital, lepneuma (pneuma inné apporté par lesperme ou pneuma inspiré, souffle vital produit par l'évaporation du sang qui a lieu dans le cœur, siège immédiat de l'âme)[8]. Ce souffle vital, fabriqué dans le cœur à partir de l'air inspiré« répartit dans le corps la chaleur qui donne la vie ; il permet la digestion et l'assimilation des aliments. Les aliments broyés par les dents sont désintégrés dans l'estomac, puis dans l'intestin pour être portés au cœur et transformés en sang »[9].

Laphysiologie expérimentale plonge ses racines dans lesalchimistes de l'Antiquité orientale, du Moyen Âge et de la Renaissance, dont les expérimentations sur les métaux ont préparé laméthode expérimentale. Dans ce contexte,Santorio Santorio fait figure de pionnier en inventant une balance reliée à un siège, afin de peser à la fois ce qu'il absorbe et ce qu'il rejette à travers la transpiration et lesexcréments. Son expérience métabolique réalisée pendant une trentaine d'années donne les premiers résultats d'une étude à long terme sur le métabolisme humain, publiés dans son livreArs de statica medicina en 1614[10].

Lanutrition humaine devient unediscipline scientifique à la fin duXVIIIe siècle et se concentre auXIXe siècle sur lemétabolisme de base et lavaleur calorique desaliments. Les expériences pionnières pour vérifier les liens entre la nourriture et l'énergie sont en effet réalisées dans le contexte de la crise sociologique de larévolution industrielle[11] où il devient« important pour les gestionnaires de fonder la hiérarchie du travail sur les capacités de chacun et, pour le travailleur, de connaître son rôle dans le système »[12]. L'impact du « paradigmeénergétiste » dans les recherches se traduit alors par« la mesure du rendement de l'activité corporelle [qui] devient l’élément central du processus d’expérimentalisation de laphysiologie »[13].

Au cours des années 1854 à 1864,Louis Pasteur réalise des expériences démontrant que lafermentation alcoolique n'est pas un processus purement chimique mais un processus physiologique résultant du métabolisme demicroorganismes[14]. En 1897, le chimisteEduard Buchner et son frèreHans (de), bactériologiste, montrent que cette fermentation nécessite des médiateurs du métabolisme, lesenzymes,biocatalyseurs qui permettent d'accélérer la plupart des réactions biochimiques se déroulant dans la cellule (anabolisme,catabolisme,oxydoréduction, transferts d'énergie)[15].

Depuis les années 1950, les recherches biochimiques se multiplient. S'appuyant sur le développement de techniques telles que lachromatographie, lamicroscopie électronique, lacristallographie aux rayons X, letraçage isotopique, laspectroscopie RMN ou ladynamique moléculaire, elles aboutissent à une meilleure connaissance des voies métabolique et des molécules impliquées.

Composés biochimiques fondamentaux

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Articles détaillés :cellule,biochimie etbiomolécule.
Molécule detriglycéride, constituant principal de lagraisse.

Lesanimaux, lesplantes et lesmicrobes sont formés de trois grandes familles demolécules :

  1. Leslipides, qui jouent un rôle à la fois de réserve d'énergie, de constituant principal desmembranes de leurscellules, et de communication entre cellules par des mécanismes designalisation lipidique ;
  2. Lespeptides, qui jouent un rôle déterminant à la fois dans la structure desorganismes (protéines), leurbiochimie (enzymes) et l'intégrationphysiologique entre lesorganes (hormones peptidiques) ;
  3. Lesglucides, qui servent à la fois à stocker de l'énergie, à stabiliser certainesprotéines et à favoriser l'adhérence des cellules entre elles, par exemple dans les mécanismes de reconnaissance dusystème immunitaire à travers leslectines.

Ces molécules étant essentielles à la vie, le métabolisme cellulaire consiste ou bien à lessynthétiser pour produire de nouvelles cellules et faire croître lestissus, ou bien à les dégrader lors de ladigestion pour les utiliser comme sources d'énergie et de constituants élémentaires qui peuvent être recyclés dans la biosynthèse de nouvellesbiomolécules.

Lesmacromolécules biologiques sont elles-mêmes despolymères appartenant à trois familles différentes :

  1. Lespolypeptides, qui sont constitués d'acides aminés, au sein desquels on trouve lesprotéines et lesenzymes ;
  2. Lespolysaccharides, qui sont constitués d'oses — par exemple l'amidon, lacellulose, leglycogène ;
  3. Lespolynucléotides, qui sont constitués denucléotides, et dont les deux représentants sont lesacides ribonucléiques (ARN) et lesacides désoxyribonucléiques (ADN), lesquels portent lecode génétique, qui détermine notamment la nature des protéines et des enzymes — et donc laphysiologie — de chaque cellule.

Acides aminés et protéines

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Articles détaillés :acide aminé etprotéine.

Lesprotéines sont constituées d'acidesα-aminés liés entre eux par uneliaison peptidique pour former une chaîne linéaire. De nombreuses protéines sont desenzymes quicatalysent desréactions chimiques du métabolisme. D'autres protéines ont un rôle structurel ou mécanique, comme celles ducytosquelette, qui maintient la forme générale de la cellule[16]. Les protéines jouent également un rôle clé dans lasignalisation cellulaire, commeanticorps dusystème immunitaire, l'adhésion cellulaire, letransport actif à travers lesmembranes et lecycle cellulaire. Les acides aminés contribuent également à fournir de l'énergie au métabolisme cellulaire en alimentant lecycle de Krebs[17], en particulier lorsque les principales sources d'énergie, telles que leglucose, font défaut, ou lorsque la cellule est soumise à un stress métabolique[18].

Lipides

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Article détaillé :lipide.

Leslipides sont le groupe de composés biochimiques le plus diversifié. Leur fonction structurelle principale est celle de constituant desmembranes cellulaires, notamment de lamembrane plasmique et dusystème endomembranaire des celluleseucaryotes, ainsi que de celles d'organites telles que lesmitochondries et leschloroplastes, voire de sous-organites tels que lesthylakoïdes. Ils sont également utilisés comme sources d'énergie. On les définit généralement comme des molécules biologiqueshydrophobes etamphiphiles, solubles dans lessolvants organiques tels que lebenzène et lechloroforme[19]. Lesgraisses sont, parmi les lipides, un grand groupe de composés solides essentiellement constitués d'acides gras et deglycérol. Une molécule formée de troisrésidus d'acides grasestérifiant les troishydroxyles d'un résidu de glycérol est appeléetriglycéride. Il existe diverses variations autour de ce thème central, par exemple avec de lasphingosine dans le cas dessphingolipides, et desgroupeshydrophiles tels que le groupephosphate dans le cas desphospholipides. Lesstéroïdes, tels que lecholestérol, sont une autre famille importante de lipides[20].

Glucides

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Représentations duglucose, de laprojection de Fischer (linéaire) à laprojection de Haworth (cyclique).
Article détaillé :glucide.

Lesglucides sont desaldéhydes ou descétones ayant plusieursgroupeshydroxyle. Ces molécules peuvent exister sous forme linéaire oucyclique. Ce sont les molécules biologiques les plus abondantes. Elles remplissent un grand nombre de fonctions, comme substances de stockage et le transport de l'énergie (amidon,glycogène) ou comme composants structurels (cellulose chez lesplantes,chitine chez lesanimaux). Lesmonomères glucidiques sont appelésoses : ce sont par exemple legalactose, lefructose, et surtout leglucose. Ils peuventpolymériser en donnant despolysaccharides avec une variété de structures quasiment infinie[21].

Nucléotides

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Article détaillé :nucléotide.

Lesnucléosides résultent de la liaison d'unemolécule deribose ou dedésoxyribose à unebase nucléique. Ces dernières sont des composéshétérocycliques contenant desatomes d'azote ; elles se divisent enpurines etpyrimidines. Lesnucléotides sont formés d'un nucléoside et d'un ou plusieurs groupements phosphates liés au sucre.

Les deuxacides nucléiques, l'acide ribonucléique (ARN) et l'acide désoxyribonucléique (ADN), sont despolymères denucléotides, oupolynucléotides. L'ARN est constitué deribonucléotides (contenant un ribose) et l'ADN de désoxyribonucléotides (contenant un désoxyribose). Les acides nucléiques permettent lecodage et l'expression de l'information génétique ainsi que sondécodage à travers les processus successifs detranscription et detraduction génétique de labiosynthèse des protéines. Cette information est préservée par les mécanismes deréparation de l'ADN et transmise à travers le processus deréplication de l'ADN. De nombreuxvirus, ditsvirus à ARN, ont ungénome constitué d'ARN et non d'ADN — c'est par exemple le cas duvirus de l'immunodéficience humaine (VIH) ou duvirus de la grippe— certains ont recours à destranscriptases inverses pour générer dans la cellule hôte une matrice d'ADN à partir du génome viral en ARN[22], d'autres sont directement répliqués d'ARN en ARN par uneARN-polymérase ARN-dépendante (ou réplicase). L'ARN desribozymes, tels que lessplicéosomes (ou particules d'épissage) et lesribosomes, est semblable auxenzymes dans la mesure où il est capable decatalyser desréactions chimiques.

Coenzymes et cofacteurs

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Articles détaillés :coenzyme,cofacteur etvitamine.

Le métabolisme implique un très grand nombre de réactions chimiques différentes formant un réseau de transformations complexe, mais la plupart d'entre elles peuvent être rapprochées de quelques types de réactions basiques consistant en des transferts degroupes fonctionnels[23]. Cela résulte du fait que labiochimiecellulaire fait appel à un nombre relativement restreint de molécules agissant comme des activateurs susceptibles de transporter des groupes d'atomes entre différentes réactions[24]. De telles molécules sont appeléescoenzymes. Chaque type de transfert de groupe fonctionnel fait appel à une coenzyme spécifique. Chacune de ces coenzymes est également spécifique d'un certain nombre d'enzymes quicatalysent les réactions de transfert, enzymes qui les altèrent et les régénèrent en permanence[25].

(en) Lasuccinate déshydrogénase fait intervenir plusieurscofacteurs, dont unFADH2, descentres fer-soufre et unhème.

L'adénosine triphosphate (ATP) est la coenzyme universelle des échanges d'énergie chez tous les organismes connus. Cenucléotide permet de transférer de l'énergie métabolique entre les réactions qui libèrent de l'énergie et celles qui en absorbent. Il n'y a à chaque instant qu'une faible quantité d'ATP dans les cellules, mais, comme ce capital d'ATP est continuellement consommé et régénéré, lecorps humain peut en réalité consommer chaque jour une masse d'ATP pratiquement équivalente à son poids total[25]. L'ATP permet de coupler l'anabolisme aucatabolisme, le premier consommant l'ATP produit par le second. Il sert également de transporteur de groupesphosphate dans les réactions dephosphorylation.

Lesvitamines sont descomposés organiques indispensables en petite quantité au fonctionnement des cellules mais que ces dernières ne peuvent pas produire elles-mêmes. Chez l'homme, la plupart des vitamines deviennent descoenzymes après quelques transformations dans les cellules. Ainsi, les vitamines hydrosolubles (vitamines B) sontphosphorylées ou couplées à desnucléotides lorsqu'elles sont utilisées dans les cellules. Par exemple, laniacine (acide nicotinique) entre dans la composition dudinucléotide nicotinamide-adénine (NAD+) et dudinucléotide nicotinamide-adénine phosphate (NADP+), qui sont des coenzymes importantes impliquées dans lesréactions d'oxydoréduction comme accepteurs d'hydrogène. Il existe des centaines dedéshydrogénases, qui soustraient desélectrons de leursubstrat et réduisent le NAD+ en NADH et H+. Cette forme réduite de la coenzyme peut alors être utilisée par uneréductase[26]. Le coupleNAD+ / NADH intervient davantage dans les réactions cataboliques tandis que le coupleNADP+ / NADPH est spécifique à l'anabolisme.

Sels minéraux

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Articles détaillés :sel minéral etchimie bioinorganique.
Molécule detriiodothyronine, principalehormone thyroïdienne, contenant troisatomes d'iode (ici en violet).

Lessels minéraux jouent un rôle déterminant dans le métabolisme. Certains sont abondants, comme lesodium et lepotassium, tandis que d'autres ne sont actifs qu'à faible concentration. Environ 99 % de la masse desmammifères est constituée desélémentscarbone,azote,calcium,sodium,chlore,potassium,hydrogène,phosphore,oxygène etsoufre[27]. Lescomposés organiques (protéines,lipides etglucides) contiennent l'essentiel du carbone et de l'azote, tandis que l'essentiel de l'oxygène et de l'hydrogène sont présents sous forme d'eau.

Les sels minéraux les plus abondants agissent commeélectrolytes. Les principauxions sont lesodium Na+, lepotassium K+, lecalcium Ca2+, lemagnésium Mg2+, lechlorure Cl, lephosphate PO43− et l'ionorganiquebicarbonate HCO3. Le maintien degradients de concentration déterminés à travers lesmembranes cellulaires permet de maintenir l'équilibre osmotique et lepH du milieu intracellulaire. Les ions sont également essentiels au fonctionnement desnerfs et desmuscles grâce aupotentiel d'action issu de l'échange d'ions, à travers lamembrane plasmique, entre lefluide extracellulaire (en) et le fluide intracellulaire, c'est-à-dire lecytosol. Les ions entrent et quittent les cellules en empruntant desprotéines membranaires appeléescanaux ioniques. Ainsi, lacontraction musculaire dépend du passage des ions calcium, sodium et potassium à travers les canaux ioniques de la membrane cellulaire et lestubules T[28].

Lesmétaux de transition sont généralement présents à l'état de trace chez les organismes vivants, lezinc et lefer étant les plus abondants d'entre eux[29],[30]. Ces métaux interviennent commecofacteurs de certainesprotéines etenzymes et sont essentiels à leur bon fonctionnement. C'est par exemple le cas d'une enzyme telle que lacatalase et d'une protéine transporteuse d'oxygène telle que l'hémoglobine[31]. Les cofacteurs métalliques se lient spécifiquement à certains sites des protéines. Bien que les cofacteurs puissent être modifiés au cours de la réaction catalysée, ils reviennent toujours à leur état d'origine à la fin de la réaction. Ils sont absorbés par les organismes à l'aide de transporteurs spécifiques, par exemple lessidérophores pour absorber le fer, et sont liés à des protéines de stockage telles que laferritine et lesmétallothionéines lorsqu'ils ne sont pas utilisés[32],[33].

Catabolisme

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Article détaillé :catabolisme.

Lecatabolisme est l'ensemble des processus métaboliques de dégradation desbiomolécules. Cela comprend par exemple la dégradation et l'oxydation desnutriments. Le catabolisme a pour fonction de fournir l'énergie et les constituants élémentaires indispensables au métabolisme de la cellule. La nature exacte de ces réactions dépend de chaque organisme. Les êtres vivants peuvent être classés en fonction de leurs sources d'énergie et de carbone, ce qu'on appelle leurtype trophique :

Classification des êtres vivants d'après leur métabolisme
Source d'énergieLumière solairephoto- -trophe
Composés chimiqueschimio-
Donneur d'électronsComposés organiques organo- 
Composés inorganiqueslitho-
Source de carboneComposés organiques hétéro-
Composés inorganiquesauto-

Lesorganotrophes utilisent desmolécules organiques commesource d'énergie tandis que leslithotrophes utilisent dessubstrats inorganiques et que lesphototrophes convertissent l'énergie solaire enénergie chimique. Ces différents métabolismes reposent cependant tous sur le transfert d'électrons de composés donneurs — tels que des molécules organiques, l'eau, l'ammoniac, lesulfure d'hydrogène ou encore descations defer(II) Fe2+ (fer ferreux) — vers des composés accepteurs d'électrons tels que l'oxygène, lesnitrates ou encore lessulfates[34]. Chez lesanimaux, ces réactions conduisent à dégrader des molécules organiques complexes en molécules plus simples telles que ledioxyde de carbone et l'eau. Chez les organismesphotosynthétiques tels que lesplantes et lescyanobactéries, ces réactions permettent de libérer l'énergie de la lumière solaire absorbée et stockée par l'organisme.

Les principaux groupes de réactions cataboliques chez les animaux peuvent être classés en trois étapes principales. Dans la première, les grandes molécules organiques telles que lesprotéines, lespolysaccharides ou leslipides sontdigérés en leurs composants élémentaires à l'extérieur descellules. Puis ces composants élémentaires sont absorbés par les cellules et convertis enmétabolites encore plus petits, le plus souvent enacétyl-coenzyme A (acétyl-CoA), avec libération d'un peu d'énergie. Enfin, lerésiduacétyle de l'acétyl-CoA estoxydé eneau etdioxyde de carbone par lecycle de Krebs et lachaîne respiratoire, cette dernière permettant de libérer l'énergie desélectrons à haut potentiel transférés auNADH au cours du cycle de Krebs.

Digestion

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Article détaillé :digestion.

Lesmacromolécules telles que l'amidon, lacellulose et lesprotéines, qui sont desbiopolymères, ne peuvent être absorbées facilement par lescellules et doivent êtreclivées enoligomères, voire enmonomères, afin de pouvoir être métabolisées. C'est ce qu'on appelle ladigestion. Plusieurs classes d'enzymes communes réalisent ces transformations, par exemple lespeptidases, qui clivent les protéines enoligopeptides et enacides aminés, ou encore lesglycosides-hydrolases (ouglycosidases), qui clivent lespolysaccharides enoligosaccharides et enoses.

Lesmicroorganismes sécrètent leurs enzymes digestives dans leur voisinage[35],[36] alors que lesanimaux sécrètent ces enzymes uniquement à partir de cellules spécialisées situées dans leurappareil digestif. Les acides aminés et les oses libérés par ces enzymes extracellulaires sont ensuite absorbés à travers lamembrane plasmique des cellules par desprotéines membranaires detransport actif[37],[38].

Libération de l'énergie des composés organiques

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Cycle de Krebs etcycle du glyoxylate avec leursmétabolites (acétyl-CoA,citrate,cis-aconitate,isocitrate,α-cétoglutarate,succinyl-CoA,succinate,fumarate,malate,oxaloacétate etglyoxylate) et leursenzymes (citrate-synthase,aconitase,isocitrate-déshydrogénase,complexe alpha-cétoglutarate-déshydrogénase,succinyl-CoA-synthétase,succinate-déshydrogénase,fumarase,malate-déshydrogénase,isocitrate-lyase etmalate-synthase).
Articles détaillés :respiration cellulaire etfermentation.

Larespiration de la cellule se produit au sein de l'organitemitochondrie et permet principalement de créer de l'ATP, molécule réserve d'énergie universelle de la cellule. La première partie de la respiration a lieu dans le cytosol et enrichit en électrons les molécules de NADH. De façon simplifiée, leglucose (glucide provenant de l'alimentation) joue le rôle de combustible. La seconde partie a lieu dans la mitochondrie où les électrons, transportés par lesNADH, sont convertis en gradient de protons au sein de la chaîne respiratoire[39]. C'est à ce niveau que ledioxygène, jouant le rôle d'accepteur final d'électrons, capte des électrons et est transformé en eau, produit final de dégradation. La dissipation du gradient de protons à travers lesprotéinesmembranaires ATP-synthases (ou ATP-synthétases) permet de créer de l'ATP à partir d'ADP (adénosine diphosphate) et de phosphate organique (H3PO4) selon lathéorie chimiosmotique dePeter Mitchell, qui lui valut leprix Nobel de chimie en1978[40].

Lesglucides sont généralement absorbés par lescellules après avoir été préalablement digérés enoses[41]. La principale voie de dégradation des oses à l'intérieur de la cellule est laglycolyse, qui produit quelques molécules d'ATP et deux molécules depyruvate par molécule deglucose dégradée[42]. Le pyruvate est unmétabolite commun à plusieursvoies métaboliques, mais l'essentiel est converti enacétyl-CoA pour alimenter lecycle de Krebs. Ce dernier produit encore quelques molécules d'ATP, mais son produit essentiel est leNADH, issu de laréduction duNAD+ lors de l'oxydation de l'acétyl-CoA. Cette oxydation libère dudioxyde de carbone comme sous-produit. En conditionsanaérobies, la glycolyse produit dulactate par transfert des électrons du NADH au pyruvate par unelactate-déshydrogénase en vue de régénérer du NAD+ pour la glycolyse. Une voie alternative pour la dégradation du glucose est lavoie des pentoses phosphates, qui a pour fonction première non pas de libérer de l'énergie, mais de produire desprécurseurs de diversesbiosynthèses tels que duNADPH, utilisé notamment pour labiosynthèse des acides gras, ainsi que duribose-5-phosphate, utilisé pour la synthèse desnucléotides, et de l'érythrose-4-phosphate, précurseur d'acides aminésaromatiques.

Leslipides sont dégradés parhydrolyse englycérol etacides gras. Le glycérol est dégradé par la glycolyse tandis que les acides gras le sont par laβ-oxydation pour produire de l'acétyl-CoA, dégradé à son tour par lecycle de Krebs. L'oxydation des acides gras libère davantage d'énergie que les glucides car ces derniers contiennent plus d'oxygène et sont donc davantage oxydés que les acides gras.

Lesacides aminés sont utilisés ou bien pour produire desprotéines et diverses autres biomolécules, ou bien oxydés enurée etdioxyde de carbone pour libérer de l'énergie[43]. Leur oxydation commence par leur conversion enα-cétoacide par unetransaminase qui clive leurgroupeamine, ce dernier alimentant lecycle de l'urée. Plusieurs de cesα-cétoacides sont des intermédiaires du cycle de Krebs : la désamination duglutamate donne ainsi de l'α-cétoglutarate[44]. Lesacides aminés glucoformateurs peuvent également être convertis en glucose à travers lanéoglucogenèse[45].

Énergie et métabolisme

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Phosphorylation oxydative

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Articles détaillés :phosphorylation oxydative,mitochondrie etchimiosmose.

Au cours de laphosphorylation oxydative — qu'il faudrait appeler plus correctement en françaisoxydation phosphorylante — lesélectrons à haut potentiel, issus des réactions d'oxydation du métabolisme, sont transférés à de l'oxygène avec libération d'énergie, cette énergie étant récupérée pour synthétiser de l'ATP. Ceci est réalisé par leseucaryotes à travers une série deprotéines membranaires desmitochondries formant lachaîne respiratoire. Chez lesprocaryotes, ces protéines se trouvent dans lamembrane interne[46]. Ces protéines membranaires utilisent l'énergie libérée par la circulation des électrons depuis lescoenzymes réduites telles que leNADH et leFADH2 vers l'oxygène pour pomper desprotons à travers lamembrane mitochondriale interne (chez les eucaryotes) ou lamembrane plasmique (chez les procaryotes)[47].

Fonctionnement de l'ATP synthase illustrant laphosphorylation de l'ADP enATP.

Le pompage des protons hors de lamatrice mitochondriale ou ducytoplasme génère ungradient de concentration de protons à travers lesmembranes — c'est-à-dire une différence depH. Il en découle ungradient électrochimique[48]. Cette « force proton motrice » actionne uneenzyme appeléeATP-synthase qui fonctionne comme uneturbine quicatalyse laphosphorylation de l'ADP enATP au passage desprotons qui retournent vers la matrice mitochondriale à travers la membrane mitochondriale interne[25].

Libération de l'énergie des composés inorganiques

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Lachimiolithotrophie (en) est untype trophique définissant lesprocaryotes qui tirent leur énergie decomposés inorganiques. Ces organismes peuvent utiliser l'hydrogène[49], les composés réduits dusoufre[1]sulfure S2−,sulfure d'hydrogène H2S,thiosulfate S2O32− — lefer ferreux (Fe2+)[50] et l'ammoniac (NH3)[51] comme donneurs d'électrons qu'ils transfèrent à des accepteurs tels que l'oxygène O2 ou l'anionnitrite (NO2)[52]. Ces processus microbiens sont importants du point des vue descycles biogéochimiques planétaires tels que lecycle de l'azote, lanitrification et ladénitrification, et sont déterminants pour la fertilité des sols[53],[54].

Absorption de l'énergie lumineuse

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Couplagechimiosmotique entre l'énergie lumineuse, labactériorhodopsine et l'ATP synthase chezHalobacterium salinarum, unearchéehalophileaérobie. Laparoi cellulaire n'est pas représentée.
Articles détaillés :phototrophie etchloroplaste.

L'énergie lumineuse est absorbée par lesplantes, lescyanobactéries, lesbactéries pourpres, lesbactéries vertes sulfureuses et certainsprotistes. Ce processus est souvent couplé à la conversion dudioxyde de carbone encomposés organiques dans le cadre de laphotosynthèse. Ces deux processus — absorption de l'énergie lumineuse etbiosynthèse de composés organiques — peuvent néanmoins fonctionner séparément chez lesprocaryotes. Ainsi, les bactéries pourpres et les bactéries vertes sulfureuses peuvent utiliser la lumière du soleil comme source d'énergie et en même temps mettre en œuvre ou bien un processus defixation du carbone ou bien un processus defermentation des composés organiques[55],[56].

Chez de nombreux organismes, l'absorption de l'énergie solaire repose sur des principes semblables à ceux de laphosphorylation oxydative dans la mesure où un phénomènephysique — la récupération de l'énergie desélectrons decoenzymes réduites — est couplé à un phénomènechimique — laphosphorylation de l'ADP enATP — parchimiosmose au moyen d'ungradient de concentration deprotons générant ungradient électrochimique à travers unemembrane[25]. Dans le cas de laphotosynthèse, les électrons à haut potentiel sont issus deprotéines d'absorption de l'énergie lumineuse appeléescentres réactionnels photosynthétiques ourhodopsines. Les centres réactionnels se déclinent en deuxphotosystèmes selon lepigment photosynthétique présent : la plupart desbactéries photosynthétiques n'en ont qu'un, tandis que les plantes et les cyanobactéries en ont deux[57].

Chez les plantes, lesalgues et les cyanobactéries, lephotosystème II transfère l'énergie lumineuse à deux électrons d'unemolécule d'eau qui sont captés par lecomplexecytochromeb6f tandis que de l'oxygène O2 est libéré. L'énergie des électrons à haut potentiel transférés au complexecytochromeb6f est utilisée pour pomper desprotons à travers lesmembranes desthylakoïdes dans leschloroplastes, protons dont le retour dans lelumen s'accompagne de laphosphorylation d'ADP enATP par uneATP-synthase, comme dans le cas de laphosphorylation oxydative. Les électrons passent ensuite à travers lephotosystème I et peuventréduire unecoenzymeNADP+ enNADPH en vue de son utilisation par lecycle de Calvin, ou bien être utilisés pour produire encore davantage d'ATP[58].

Anabolisme

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Article détaillé :anabolisme.

L'anabolisme comprend l'ensemble desvoies métaboliques qui utilisent l'énergie (ATP) et le pouvoir réducteur (NADH) produits par lecatabolisme poursynthétiser desbiomolécules complexes. De manière générale, les molécules complexes qui contribuent aux structures cellulaires sont construites étape par étape à partir deprécurseurs bien plus petits et plus simples.

L'anabolisme comprend trois étapes principales :

  1. Tout d'abord la production de précurseurs tels que lesacides aminés, lesoses, lesisoprénoïdes et lesnucléotides ;
  2. Puis leur activation sous une forme réactive du point de vuebiochimique en utilisant l'énergie de l'ATP ;
  3. Enfin l'assemblage de ces précurseurs activés pour construire des molécules complexes telles que lesprotéines, lespolysaccharides, leslipides et lesacides nucléiques.

Les organismes diffèrent dans le nombre des constituants de leurs cellules qu'ils sont capables de produire eux-mêmes. Lesautotrophes tels que lesplantes peuvent synthétiser les molécules organiques complexes de leurs cellules tels que les polysaccharides et les protéines à partir de molécules très simples comme ledioxyde de carbone CO2 et l'eau H2O. En revanche, pour produire leurs biomolécules complexes, leshétérotrophes ont besoin denutriments plus complexes comme dessucres et des acides aminés. Les organismes peuvent être classés plus finement en fonction de leur source d'énergie première : lesphotoautotrophes et lesphotohétérotrophes tirent leur énergie de la lumière du soleil tandis que leschimioautotrophes et leschimiohétérotrophes tirent leur énergie deréactions d'oxydoréduction.

Fixation du carbone

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Articles détaillés :fixation du carbone,photosynthèse et [[:chimiotrophie]].
cellules d'uneplante délimitées par une paroi de forme vaguement hexagonale et remplies dechloroplastes (en vert), qui sont le siège de laphotosynthèse.

Laphotosynthèse est labiosynthèse deglucides à partir d'eau et dedioxyde de carbone en utilisant la lumière du soleil. Chez lesplantes, lesalgues et lescyanobactéries, lamolécule d'eau H2O est scindée enoxygène O2 et enélectrons à haut potentiel dont l'énergie est utilisée pourphosphoryler de l'ADP enATP et pour former duNADPH utilisé pour réduire le dioxyde de carbone en3-phosphoglycérate, lui-même précurseur duglucose. Cette réaction defixation du carbone est réalisée par laRubisco, uneenzyme essentielle ducycle de Calvin[59]. Il existe trois types différents de photosynthèse chez les plantes : lafixation du carbone en C3, lafixation du carbone en C4 et lemétabolisme acide crassulacéen (CAM). Ces types de réactions diffèrent par la voie empruntée par le dioxyde de carbone pour entrer dans le cycle de Calvin : les plantes en C3 le fixent directement, tandis que les plantes en C4 et à photosynthèse CAM fixent leCO2 préalablement sur un autre composé comme adaptation aux températures élevées et aux conditions arides[60].

Chez lesprocaryotes photosynthétiques, les mécanismes de fixation du carbone sont plus diversifiés. Ce processus peut être réalisé par le cycle de Calvin, mais aussi par uncycle de Krebs inverse[61] ou parcarboxylation de l'acétyl-CoA[62],[63]. Les organismeschimioautotrophes procaryotiques fixent également le carbone du CO2 en utilisant le cycle de Calvin mais avec de l'énergie provenant de l'oxydation decomposés inorganiques[64].

Glucides et glycanes

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Articles détaillés :néoglucogenèse,cycle du glyoxylate,glycogénogenèse etglycosylation.

Au cours de l'anabolisme desglucides, desacidesorganiques simples peuvent être convertis enoses tels que leglucose, puis êtrepolymérisés enpolysaccharides tels que l'amidon. Labiosynthèse du glucose à partir de composés tels quepyruvate,lactate,glycérol,3-phosphoglycérate etacides aminés est appeléenéoglucogenèse. La néoglucogenèse convertit le pyruvate englucose-6-phosphate en passant par une série demétabolites dont de nombreux sont également des intermédiaires de laglycolyse[42]. Cependant, cettevoie métabolique ne doit pas être vue comme la glycolyse prise en sens inverse car plusieurs de ses étapes sontcatalysées par desenzymes différentes de la glycolyse. Ce point est important car il permet de réguler la biosynthèse et la dégradation du glucose de façon distincte l'une de l'autre et donc d'empêcher de voir ces deux processus fonctionner en même temps, l'un détruisant l'autre en pure perte[65],[66].

Bien que les organismes stockent couramment l'énergie sous forme delipides, lesvertébrés tels que leshumains ne peuvent convertir lesacides gras de leursgraisses en glucose au moyen de la néoglucogenèse car ils ne peuvent pas convertir l'acétyl-CoA en pyruvate : lesplantes disposent de l'équipement enzymatique nécessaire pour ce faire, mais pas lesanimaux[67]. En conséquence, les vertébrés soumis à unjeûne prolongé utilisent leurs lipides pour produire descorps cétoniques destinés à pallier le manque de glucose dans les cellules qui ne sont pas en mesure de dégrader les acides gras pour produire leur énergie, notamment les cellules ducerveau[68]. D'autres organismes, tels que lesplantes et lesbactéries, traitent ce stress métabolique à l'aide ducycle du glyoxylate, qui court-circuite l'étape dedécarboxylation ducycle de Krebs et permet la transformation de l'acétyl-CoA enoxaloacétate, ce dernier pouvant alors être utilisé pour produire du glucose[67],[69].

Lespolysaccharides et lesglycanes sont produits par addition séquentielle d'oses par uneglycosyltransférase à partir d'un donneur ose-phosphate tel que l'uridine diphosphate glucose (UDP-glucose) sur ungroupehydroxyle accepteur d'un polysaccharide en cours de biosynthèse. Comme chacun des groupes hydroxyle du substrat peut être accepteur, les polysaccharides peuvent être linéaires ou ramifiés[70]. Les polysaccharides produits peuvent avoir un rôle structurel ou métabolique en eux-mêmes, ou bien encore être transférés à deslipides ou à desprotéines par desenzymes appeléesoligosaccharyltransférases[71],[72].

Acides gras, terpénoïdes et stéroïdes

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Représentation simplifiée de labiosynthèse desstéroïdes. Pour une meilleure lisibilité, seuls les intermédiaires principaux sont représentés :diméthylallyl-pyrophosphate (DMAPP),isopentényl-pyrophosphate (IPP),géranyl-pyrophosphate (GPP),squalène etlanostérol.
Articles détaillés :biosynthèse des acides gras,terpénoïde etstéroïde.

Lesacides gras sontsynthétisés par lasynthase d'acide gras (FAS), un ensemble d'enzymes quicatalyse lacondensation de Claisen d'unitésmalonyl-CoA sur une amorce d'acétyl-CoA. Les chaînesacyle sont allongées par une séquence de quatre réactions qui se reproduisent en boucle à l'occasion de chaque condensation d'une nouvelle unitémalonyl-CoA. Chez lesanimaux et lesmycètes (champignons), ces réactions sont réalisées par un complexe enzymatique multifonctionnel appeléFAS I[73], tandis que chez lesplantes et lesbactéries ces réactions sont catalysées par un ensemble d'enzymes distinctes appeléFAS II dont chaque enzyme est monofonctionnelle[74],[75].

Lesterpènes etterpénoïdes forment une grande famille delipides qui comprennent lescaroténoïdes et constituent la principale classe de produits naturels des plantes[76]. Ces composés résultent de l'assemblage et de la modification d'unitésisoprène issues de précurseurs réactifs tels que l'isopentényl-pyrophosphate et lediméthylallyl-pyrophosphate[77]. Ces précurseurs peuvent être produits de différentes façons. Chez les animaux et lesarchées, lavoie du mévalonate les synthétise à partir de l'acétyl-CoA[78] tandis que chez les plantes et les bactéries lavoie du méthylérythritol phosphate, dite égalementvoie non mévalonique par anglicisme, les produit à partir dupyruvate et du3-phosphoglycérate[77],[79]. Ces donneurs d'unités isoprène sont utilisés notamment dans la biosynthèse desstéroïdes, tout d'abord pour former dusqualène, qui est ensuite replié pour faire apparaître descycles constituants dulanostérol[80]. Cestérol peut alors être converti en d'autres stéroïdes tels que lecholestérol et l'ergostérol[80],[81].

Protéines

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Article détaillé :Biosynthèse des protéines.

Les organismes possèdent des capacités très variables de synthétiser les22 acides aminés protéinogènes. La plupart desbactéries et desplantes peuvent produire tous ceux dont ils ont besoin, mais lesmammifères ne peuvent synthétiser eux-mêmes que douze acides aminés, ditsnon essentiels, ce qui signifie que leur alimentation doit leur en apporter neuf autres :histidine,isoleucine,leucine,lysine,méthionine,phénylalanine,thréonine,tryptophane etvaline — ils n'utilisent pas lapyrrolysine, spécifique auxarchéesméthanogènes.

Certains organismes simples, tels que la bactérieMycoplasma pneumoniae, sont incapables de synthétiser le moindre acide aminé et les absorbent tous à partir de leurhôte[82]. Tous les acides aminés sont synthétisés à partir d'intermédiaires de laglycolyse, ducycle de Krebs et de lavoie des pentoses phosphates. L'azote provient duglutamate et de laglutamine. La synthèse des acides aminés dépend de la formation de l'α-cétoacide approprié, qui est alorstransaminé pour former l'acide aminé.

Les acides aminés sont assemblés enprotéines en formant entre eux desliaisons peptidiques aboutissant à des chaînes linéairespolypeptidiques. Chaque protéine a uneséquence déterminée enrésidus d'acides aminés : c'est leurstructure primaire. Les acides aminés peuvent s'associer en un nombre pratiquement illimité de combinaisons différentes, chaque combinaison correspondant à une protéine particulière. Les protéines sont assemblées à partir d'acides aminés qui sont préalablement activés sur une molécule d'ARN de transfert (ARNt) par uneliaisonester. Ce précurseur, appelé aminoacyl-ARNt, est formé sous l'action d'enzymes spécifiques, lesaminoacyl-ARNt-synthétases[83]. Cet aminoacyl-ARNt peut alors être traité par unribosome, dont la fonction est de lier les acides aminés entre eux en suivant laséquence indiquée par l'ARN messagertranscrit à partir desgènes[84].

Voiede novo et voie de sauvetage des nucléotides

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Article détaillé :voie de sauvetage des nucléotides.

Lesnucléotides sont produits à partir d'acides aminés, dedioxyde de carbone et deformiate à travers desvoies métaboliques qui consomment beaucoup d'énergie[85]. C'est la raison pour laquelle la plupart des organismes disposent de systèmes efficaces pour récupérer les nucléotides déjà existants[85],[86]. Lespurines sont produites sous forme denucléosides, c'est-à-dire d'unebase azotée liée auribose. L'adénine et laguanine dérivent toutes deux de l'inosine monophosphate (IMP), produite à partir d'atomes issus de laglycine, de laglutamine, de l'aspartate et duformiate transféré autétrahydrofolate. Lespyrimidines, quant à elles, sont produites à partir de l'orotate, lui-même issu de laglutamine et de l'aspartate[87].

Xénobiotiques et stress oxydant

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Articles détaillés :détoxication etantioxydant.

Tous les organismes sont exposés en permanence à desespèces chimiques qu'ils ne peuvent pas utiliser commenutriments et qui pourraient être dangereuses si elles s'accumulaient dans les cellules, n'apportant aucun bénéfice métabolique. De tels composés sont appelésxénobiotiques[88]. L'organisme peutdétoxiquer certains d'entre eux tels que lesdrogues, lespoisons et lesantibiotiques à l'aide de groupes d'enzymes spécifiques. Chez l'homme, de telles enzymes comprennent lescytochromes P450[89], lesglucuronosyltransférases[90] et lesglutathionS-transférases[91]. Ce système enzymatique agit en trois étapes pour d'abordoxyder le xénobiotique(phase I) puisconjuguer desgroupeshydrosolubles sur le composé(phase II) et enfin pomper ce dernier hors descellules pour être éventuellement encore métabolisé chez lesorganismes multicellulaires avant d'être finalementexcrété(phase III). Ces réactions sont particulièrement importantes du point de vueécologique car elles interviennent dans ladégradationmicrobienne despolluants et labioremédiation des sols contaminés et desmarées noires[92]. De nombreuses réactions métaboliques microbiennes sont présentes également chez les organismes multicellulaires mais, compte tenu de l'extrême diversité desorganismes unicellulaires, ces derniers sont en mesure de traiter un bien plus grand nombre de xénobiotiques que les multicellulaires et peuvent dégrader jusqu'aux polluants persistants tels que lescomposés organochlorés[93].

Les organismesaérobies sont confrontés austress oxydant[94]. En effet, laphosphorylation oxydative et la formation desponts disulfure indispensables au repliement de nombreuses protéines produisent desdérivés réactifs de l'oxygène tels que leperoxyde d'hydrogène[95]. Cesoxydants dangereux sont traités par desantioxydants tels que leglutathion et desenzymes telles que lescatalases et lesperoxydases[96],[97].

Régulation et contrôle du métabolisme

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Articles détaillés :voie métabolique,hormone etsignalisation cellulaire.

Les êtres vivants étant soumis à de constants changements de leurenvironnement, leur métabolisme doit être continuellement adapté pour maintenir leurs constantes physiologiques — comme latempérature et laconcentration intracellulaire des différentesespèces chimiques — dans un intervalle de valeurs normales, ce qu'on appelle l'homéostasie[98],[99]. La régulation du métabolisme permet également aux êtres vivants de répondre auxstimulus et d'interagir avec leur environnement[100]. Deux mécanismes apparentés sont particulièrement importants pour comprendre les modes de contrôle du métabolisme cellulaire : d'une part, larégulation d'une enzyme est la modulation de lacinétique réactionnelle de cette enzyme, c'est-à-dire l'accroissement ou la réduction de son activité en réponse à divers signaux chimiques, et, d'autre part, lecontrôle exercé par une enzyme est l'effet de ses variations d'activité sur l'activité globale d'unevoie métabolique, représentée par le flux demétabolites qui empruntent cette voie[101]. En effet, une enzyme peut être fortement régulée, et ainsi montrer d'importantes variations d'activité, tout en n'ayant pas d'incidence sur le flux global de métabolites à travers une voie dans laquelle elle intervient, de sorte qu'une telle enzyme n'exerce pas de contrôle sur cette voie métabolique[102].

(en)Action de l'insuline sur l'absorption et le métabolisme duglucose. L'insuline se lie à sonrécepteur (1), ce qui déclenche une cascade d'activations deprotéines et d'enzymes (2), notamment la translocation dutransporteur de glucose de type 4 vers lamembrane plasmique et l'entrée de glucose dans la cellule (3), lasynthèse du glycogène (4), laglycolyse (5) et labiosynthèse des acides gras (6).

Il existe plusieurs niveaux de régulation du métabolisme. Larégulation intrinsèque est l'autorégulation d'une voie métabolique en réponse aux changements de concentration dessubstrats ou des produits. Ainsi, la baisse de la concentration du produit d'une voie métabolique peut accroître le flux de métabolites à travers cette voie pour compenser la raréfaction de ce composé dans la cellule[101]. Ce type de régulation repose souvent sur larégulation allostérique de plusieurs enzymes de la voie métabolique[103]. Lecontrôle extrinsèque concerne les cellules d'organismes multicellulaires répondant auxsignaux d'autres cellules. Ces signaux prennent généralement la forme de « messagers hydrosolubles », tels que deshormones et lesfacteurs de croissance, qui sont détectés par desrécepteursmembranaires spécifiques à la surface des cellules[104]. Ces signaux sont transmis à l'intérieur de la cellule par un mécanisme detransduction de signal faisant intervenir desmessagers secondaires qui agissent souvent à travers laphosphorylation de certainesprotéines[105].

Un exemple de contrôle extrinsèque très bien compris est la régulation du métabolisme duglucose par l'insuline[106]. L'insuline est produite en réponse à l'augmentation de laglycémie, c'est-à-dire du taux de glucose dans lesang. La liaison de cette hormone à ses récepteurs cellulaires active une cascade deprotéine-kinases qui conduisent les cellules à absorber du glucose et à le convertir en molécules de stockage telles que desacides gras et duglycogène[107]. Le métabolisme du glycogène est contrôlé par l'activité de laglycogène-phosphorylase, qui dégrade le glycogène, et de laglycogène-synthase, qui le produit. Ces enzymes font l'objet d'une régulation symétrique, la phosphorylation activant la glycogène phosphorylase mais inhibant la glycogène synthase. L'insuline favorise la production de glycogène en activant desphosphatases qui réactivent la glycogène synthase et désactivent la glycogène phosphorylase en réduisant leur phosphorylation[108].

Évolution

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Articles détaillés :évolution du génome etphylogénie.
Arbre phylogénétique montrant les filiationsgénétiques des êtres vivants dans les troisdomaines du vivant : lesbactéries figurent en bleu, leseucaryotes en rouge et lesarchées en vert. Certainsembranchements sont positionnés sur l'arbre.

Les grandesvoies métaboliques évoquées plus haut, telles que laglycolyse et lecycle de Krebs, sont présentes chez les organismes appartenant aux troisdomaines du vivant :bactéries,eucaryotes etarchées. Il est possible qu'elles remontent toutes les trois à undernier ancêtre commun universel[3],[109], vraisemblablementprocaryotique et peut-êtreméthanogène doté d'un métabolisme complet desacides aminés, desnucléotides, desglucides et deslipides[110],[111] ; leschlorobactéries pourraient être les plus anciens organismes encore vivants[112]. La conservation au cours de l'évolution de ces voies métaboliques anciennes pourrait provenir du fait qu'elles sont apparues comme des solutions optimales à des problèmes métaboliques particuliers, la glycolyse et le cycle de Krebs produisant leursmétabolites de façon efficace et en un minimum d'étapes[4],[5]. Il est possible que les premières voies métaboliques fondées sur desenzymes aient été relatives auxpurines, tandis que les voies alors préexistantes seraient apparues dansun monde à ARN fondé sur desribozymes[113].

De nombreux modèles ont été proposés pour décrire les mécanismes par lesquels de nouvelles voies métaboliques apparaissent. Cela passe par l'addition séquentielle de nouvelles enzymes à des voies plus courtes, la duplication ou la divergence de voies préexistantes ou encore l'intégration d'enzymes préexistantes dans des voies métaboliques nouvelles[114]. L'importance relative de ces différents mécanismes reste obscure, mais lagénomique a montré que les enzymes d'une même voie métabolique ont de fortes chances de partager un ancêtre commun, ce qui tendrait à montrer que de nombreuses voies ont évolué progressivement par apparition de nouvelles fonctionnalités à partir d'étapes préexistantes dans la voie métabolique en question[115]. Un autre modèle provenant d'études sur l'évolution des structures protéiques impliquées dans les réseaux de voies métaboliques a suggéré que les enzymes y sont très largement intégrées pour réaliser des fonctions semblables dans différentes voies métaboliques, ce qui apparaît clairement dans la base de donnéesMANET[116]. Ces processus d'intégration se déroulent selon un modèle en mosaïque[117]. Une troisième possibilité est la présence de certains segments de voies métaboliques utilisables de façon modulaire pour faire apparaître d'autres voies métaboliques et réaliser des fonctions semblables sur des molécules différentes[118].

Outre l'apparition de nouvelles voies métaboliques, l'évolution peut également faire disparaître certaines fonctionnalités biochimiques. C'est par exemple le cas chez certainsparasites, qui tendent à absorber lesbiomolécules de leurhôte et à perdre la capacité à les synthétiser eux-mêmes[119]. On observe une semblable réduction des aptitudes métaboliques chez les organismesendosymbiotiques[120].

Thermodynamique du métabolisme

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Le métabolisme est soumis aux principes de lathermodynamique, qui régissent les échanges dechaleur et detravail. Ledeuxième principe de la thermodynamique indique que, dans toutsystème fermé, l'entropie (c'est-à-dire le désordre) tend à augmenter. Bien que l'extrême complexité des êtres vivants semble en contradiction avec ce principe, la vie n'est cependant possible que parce que tous les organismes sont dessystèmes ouverts, qui échangentmatière eténergie avec leurenvironnement. Par conséquent, les êtres vivants ne sont pas en équilibre, mais sont dessystèmes dissipatifs qui maintiennent leur haut degré de complexité par l'augmentation plus importante de l'entropie de leur environnement[121]. Le métabolisme cellulaire y parvient en couplant lesprocessus spontanés ducatabolisme avec les processus non spontanés de l'anabolisme : du point de vue thermodynamique, le métabolisme maintient l'ordre en créant le désordre[122].

Exemples de réactions métaboliques

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Le métabolisme de dégradation de grossesmolécules en petites molécules, qui permet la libération d'énergie, est appelécatabolisme. L'énergie est mise en réserve lors de la phosphorylation de l'ADP (adénosine diphosphate) enATP (adénosine-triphosphate). Cette énergie servira à assurer les différentes fonctions de la cellule.

Trois modes de productions principaux d’énergie :

Cependant diverses voies métaboliques existent comme en témoigne cette image :

Voies métaboliques.

Métabolisme et température

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Chez les organismes fongiques, bactériens, végétaux ou animaux à sang chaud ou froid, divers processus font interagir la température interne, externe et le métabolisme[123], avec des boucles de rétroactions plus ou moins complexes, variant selon les espèces, les individus, leur forme et taille[123] et leur masse corporelle[124] et les milieux[125].

Plantes et levures semblent disposer d'unthermostat biologique simple ; Chez l’arabetteArabidopsis thaliana, une seuleprotéine (l'histone H2A.Z) joue ce rôle pour des variations de température de moins de°C. Cette protéine modifie l’enroulement de l’ADN sur lui-même et contrôle ainsi l’accès à l’ADN de certaines molécules inhibant ou activant plusieurs dizaines de gènes. Cet effet « bio-thermostat » semble fréquent dans la nature, car également détecté chez des organismes aussi différents que lalevure et une crucifère commune[126],[127].

La compréhension de ces mécanismes devrait aussi aider à mieux comprendre certains effets (sur les gènes) duchangement climatique.

Métabonomique

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La métabonomique mesure l'empreinte des perturbations biochimiques causées par les maladies, les médicaments ou des produits toxiques[128]. Introduite dans lesannées 1980, cette discipline n'a commencé à jouer un rôle important enrecherche et développement dans l’industrie pharmaceutique qu'auXXIe siècle. Complémentaire de lagénomique et de laprotéomique, elle permet par exemple de caractériser lesmodèles animaux de diversespathologies afin d’identifier de nouvellescibles pharmacologiques. La particularité de la métabonomique est l'analyse simultanée d'un très grand nombre demétabolites, c'est-à-dire depetites molécules intermédiaires desvoies métaboliques, dans les milieux biologiques tels que l'urine ou leplasma. Des outils de screening (exploration large et systématique) métabolique tels que larésonance magnétique nucléaire ou laspectrométrie de masse sont utilisés afin d’identifier des marqueurs detoxicité (ou des séries de marqueurs, correspondant à des profils métaboliques), dans le but de déceler, tôt dans le cycle de développement, les médicaments candidats qui présenteront des effets indésirables. Idéalement, lesbiomarqueurs identifiés en phase préclinique seront non-invasifs et utilisables en phase clinique pour suivre le déclenchement, la progression et la guérison d’une pathologie. Afin d’identifier de nouveaux métabolites marqueurs de toxicité, il est également nécessaire de connaître les variations dites « normales » du pool métabolique (effet durythme circadien, dustress, durégime alimentaire, de l'amaigrissement, etc.). Il est ainsi possible de découvrir les perturbations métaboliques qui sont spécifiques de la pathologie étudiée.

Autre contenu sémantique

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Métaphoriquement et par extension on parle parfois demétabolisme urbain (en)[129] (thème notamment développé en France parSabine Barles),métabolisme industriel ousocial[130],[131] ousociétal[132] pour décrire lesintrants (ressources naturelles, énergétique, foncières, humaines...) et extrants (déchets, plus ou moins dégradables et/ou recyclés) qui caractérisent cessystèmes.

Notes et références

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  2. (en)Norman R. Pace, « The universal nature of biochemistry »,Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,vol. 98,no 3,‎,p. 805-808(PMID 11158550,DOI 10.1073/pnas.98.3.805,lire en ligne)
  3. a etb(en)Eric Smith et Harold J. Morowitz, « Universality in intermediary metabolism »,Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,vol. 101,no 36,‎,p. 13168-13173(PMID 15340153,DOI 10.1073/pnas.0404922101,lire en ligne)
  4. a etb(en)Oliver Ebenhöh et Reinhart Heinrich, « Evolutionary optimization of metabolic pathways. Theoretical reconstruction of the stoichiometry of ATP and NADH producing systems »,Bulletin of Mathematical Biology,vol. 63,no 1,‎,p. 21-55(PMID 11146883,DOI 10.1006/bulm.2000.0197,lire en ligne)
  5. a etb(en)Enrique Meléndez-Hevia, Thomas G. Waddell et Marta Cascante, « The puzzle of the Krebs citric acid cycle: Assembling the pieces of chemically feasible reactions, and opportunism in the design of metabolic pathways during evolution »,Journal of Molecular Evolution,vol. 43,no 3,‎,p. 293-303(PMID 8703096,DOI 10.1007/BF02338838,lire en ligne)
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  7. Pierre Vignais,op. cit.,p. 306-307.
  8. André Pichot,Expliquer la vie. De l'âme à la molécule, éditions Quæ,(lire en ligne),p. 57-60
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Annexes

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Bibliographie

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Articles connexes

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Liens externes

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