Lyon à la préhistoire est une période longtemps considérée par les historiens comme inexistante, la fondation romaine de la cité restant jusqu'à la fin duXXe siècle le point de départ de l'occupation humaine de la ville. Toutefois, de nombreuses fouilles archéologiques ont progressivement mis au jour des signes de présence celte permanente ou de long terme et la vision des historiens a fortement évolué depuis lors.
La présence humaine est ainsi attestée depuis l'épipaléolithique, avec des traces de groupes de chasseurs-cueilleurs.

La présence humaine sur le site antique est attestée à différentes périodes mais sa permanence n'est pas avérée[c 1]. Le plus probable est que la région ait été parcourue par des groupes de chasseurs-cueilleurs durant l'épipaléolithique, fixé entre 12500 et 9600 av. JC et lemésolithique (entre 9600 et 6000 av JC.). La fin de laglaciation libère l'accès à la Saône et au Rhône, facilitant les déplacements[a 1].
C'est au néolithique qu'apparaissent les premières traces de sédentarisation à Lyon[N 1] et dans laplaine du Velin. C'est par des trous de poteaux, la présence de foyers, de fours, d'outils en silex et de sépultures qu'a été identifiée une certaine sédentarisation, sans qu'il soit possible d'affirmer qu'elle a été permanente. C'est à partir des années 3500-2500 av. JC que d'autres traces, essentiellement la présence de céramiques importées, indiquent l'apparition de courants d'échanges suivant les deux voies d'eau[a 1].

Comme auparavant, les indices archéologiques montrent que même à cette période, les communautés villageoises ne se fixent pas définitivement sur un site. Ce sont« de petits établissements ruraux, développés de manière temporaire par des communautés agropastorales soumises aux crues et à l'épuisement des sols, mais aussi capables de mobilité, afin de tirer le meilleur parti des écosystèmes locaux »[a 2].
À l'âge du bronze (−2 200 à −800), le site est faiblement occupé, conformément à l'appauvrissement régulier des sols : sont découverts des foyers culinaires (vers −2 000 à −1 500, rue Mouillard) et unesépulture à incinération en urne (rue Gorge de Loup), des traces d'habitat (site deLa Croix-Rousse) et un dépôt d'objets en bronze (trésor de Vernaison).
De nombreuses traces d'habitat ont été découvertes dans le quartier deVaise (rue Marietton, rue du Souvenir, quartier de Gorge de Loup, rue duDr Horand) : fragments de balsamairerhodien en verre bleu, traces de poteaux, de maisons de bois et torchis, foyers domestiques, restes alimentaires, palissades, tombes, cultures céréalières, céramiques abondantes (notamment des amphores de vin d'origineétrusque et marseillaise), objets en fer (épée)[c 2].
Ces traces attestent l'existence d'un relais de commerce de vin entre le littoral méditerranéen et le nord (VIe siècle av. J.-C.). En l'absence d'artéfacts plus élaborés, on ne peut à ce stade parler de village ou de ville[c 2].

En1989, l'analyse deChristian Goudineau réfute la présence d'une importante occupation pré-romaine du site[1] malgré les découvertes faites sur le site du clos du Verbe Incarné et sous l’hôpital Sainte-Croix àFourvière. Les archéologues ont longtemps suggéré qu’il s’agissait de vestiges decamps militaires romains.
À Fourvière, les analyses sont réinterprétées par l’archéologie récente et les datations sont reculées. Ces traces, que l’on pensait contemporaines de la fondation de la colonie romaine, interprétées d'abord comme étant celles d'un camp militaire, sont en fait plus anciennes d’une cinquantaine ou d’une centaine d’années : les fossés découverts, larges de plusieurs mètres et long de plusieurs centaines de mètres, délimitent de vastes enclos comportant de très nombreux ossements d'animaux et tessons d’amphores àvin provenant d’Italie. On ne peut conclure à un habitat permanent en la quasi-absence d’objets liés à la vie quotidienne[c 3], mais ces fossés et les restes associés sont typiques d'un grand sanctuaire. L’interprétation de ces dizaines de milliers d’amphores et d’ossements, qui suggèrent la présence de plusieurs milliers de convives rassemblés dans ces enclos, donne vie aux immenses banquets gaulois décrits dans les textes (Phylarque,Histoires, cité par Athénée IV, 34). La multiplicité du phénomène dans le périmètre deFourvière n’est pas anodine, ni la position du site, dans le territoire desSégusiaves, mais à la frontière avec lesAllobroges (installés rive gauche duRhône) et avec lesAmbarres (installés entre Rhône etSaône). Les sites identiques fouillés enGaule, souvent aussi en position frontière, indiquent qu’il s’agit de grands sanctuaires fédéraux où plusieurs peuples pouvaient se retrouver.
Dans le quartier Saint-Vincent[c 4], les fouilles effectuées en trois points de la zone montrent une occupation durant la période dite deHallstatt : traces de charbon de bois, fragments de céramiques domestiques. Du début duIer siècle av. J.-C. auIVe siècle, on trouve un atelier de potier, des fours circulaires, une aire de stockage, des céramiques campaniennes.
Bien que la fondation de la colonie romaine soit datée avec certitude de43 av. J.-C., le site de la rue du Souvenir atteste l’existence d’unemporium antérieur à la colonie[c 5]. Situé à la frontière du monde romain (la cité allobroge deVienne est à moins de 30 km au sud et son territoire, qui fait partie de laProvincia, commence juste de l'autre côté du Rhône), l’emporium faisait le pont entre les cultures romaines et gauloises et servait également de port de transbordement (le goulet d’étranglement de laSaône à Pierre-Scize interdisait la navigation). La céramique indigène retrouvée lors des fouilles traduit l’intensité du commerce entreSégusiaves etÉduens, ces derniers étant eux-mêmes « amis » desRomains dès leIIe siècle av. J.-C.

Une autre fouille réalisée en 2014 livre des informations sur l'occupation pré-romaine de la colline de Fourvière[2]. Les restes d'unmur de défense gaulois sur plus de trente mètres, possiblement édifié par des Ségusiaves, ont été mis au jour. Conforme à la description que faitJules César dans laGuerre des Gaules des systèmes defortification gaulois, cemurus gallicus est composé par« un important remblai conforté par un assemblage en couches entrecroisées de poutres horizontales fixées entre elles par de grands clous en fer. Le tout étant recouvert d'un parement en pierre sèche »[§ 1]. Cette découverte, inespérée et exceptionnelle, permet de confirmer l'existence d'unoppidum gaulois dont la fortification, qui semble de type Vertault/Alesia selon la classification constituée par S. Fichtl, est donc chronologiquement récente au sein de l'âge du fer[§ 2]. Toutefois, ce mur ne permet pas d'affirmer avec certitude qu'il existait bien une agglomération gauloise à cet endroit.« Son ampleur est inconnue, son usage parait éphémère, sa datation est tardive (autour de la conquête césarienne ou de la fondation de la colonie romaine) et son usage exact demeure par conséquent à préciser ». Il faut remarquer également que César ne mentionne pas la colline dans saGuerre des Gaules, et que le reste des découvertes archéologiques de Fourvière n'a fourni que des indices de présence occasionnelle[a 3].
La plupart des découvertes ont été faites dans le quartier deVaise et le versant oriental de la colline deLa Duchère (9e arr).
De nombreux objets ont été découverts : armatures de flèches ensilex du Mésolithique (−12 000) (bas de la colline deLa Duchère), silex et ossements d'animaux domestiqués (rue des Tuileries)[§ 3], des trous de poteaux, des silex et une pointe en cristal de roche (rue Mouillard) datant duNéolithique ancien (−5 500 à −4 900). La culture deChassey-Cortaillod-Lagozza est attestée durant le Néolithique moyen (−4 800 à −3 500), puis une colonie agricole (site de l'ancienne usineRhodiacéta, quartier Saint-Pierre) durant le Néolithique moyen bourguignon (−4 000 à −3 000). Au Néolithique final (−3 500 à −2 500) on trouve des trous de poteaux, vases et jarres à grains, ossements de bœuf, de chat et de lapin (rue Gorge de Loup). Enfin, leCampaniforme (−2 500 à −2 100) est attesté par des poteries en forme de cloche[N 2].
Les tombes des fouilles de Gorge-de-Loup sont situées à proximité de traces de poteaux enfoncés dans le sol, ce qui suggère des habitations[§ 4],[§ 5]. Les céramiques retrouvées à cet endroit proviennent de la Méditerranée, indiquant des échanges commerciaux sur une aire large[d 1].
Une fouille sur le chantier du Verbe-Incarné a retrouvé un grand nombre de traces d'occupation provisoire, datées des années 70-40 avant notre ère.
Sur la colline de Fourvière, unmurus gallicus a été découvert.
Avec les autres découvertes locales, l'ensemble des fouilles de la colline montre que Fourvière était un« important pôle d'activités socio-économiques de l'Est ségusiave à la fin de l'âge du Fer »[e 1].
Letrésor de Vernaison a été découvert en 1856, révélant des armes, outils et éléments de parure ; datés d'environ 1100-1000 av. JC[a 2].
Des vestiges datés des années 1100-1000 av. JC ont été découverts en 2000 sur le site des Feuilly[a 2].
Pendant longtemps, les historiens ont considéré que la présence humaine permanente sur le site lyonnais ne datait que de la fondation de Lugdunum.
Camille Germain de Montauzan, premier savant à entreprendre des fouilles organisées sur la colline de Fourvière ne découvre rien qui établisse la présence d'un regroupement structuré. Les historiens telArthur Kleinclausz en concluent à l'absence de ville pré-romaine.« Dans le courant du XXe siècle,Amable Audin, soucieux de doter Lyon d'un passé prestigieux, imagine un sanctuaire celtique à Fourvière, dont la toponymie aurait gardé la trace :Lug-dunum serait la colline (dunum) du dieu gaulois Lug. Force pourtant de constater l'absence de vestiges tangibles »[f 1].
Jusqu'à la fin du XXe siècle, les découvertes archéologiques étaient si faibles et éloignées que les ouvrages spécialisés n'indiquaient rien ou presque pour la zone lyonnaise. Ainsi, la synthèse[3] dirigée parHenry de Lumley n'indique rien pour l'ensemble du néolithique et de l'âge du bronze[d 2] et l'ouvrage collectif de 1989Aux origines de Lyon conclue à l'apparente inexistence de structures antérieures à la ville romaine[4].
Les chercheurs, malgré les découvertes récentes nombreuses sont encore hésitants sur de nombreux points importants liés au site lyonnais. Savoir s'il existait une ville gauloise sur le site avant la fondation romaine se heurte à des difficultés méthodologiques majeures. Distinguer les strates et les artefacts proprement gaulois ou romains sur les quelques décennies cruciales, 60 à 40 av. JC s'avère complexe et sujet à interprétations divergentes, surtout au sein d'un site à la croisée des deux cultures[a 4].
Pour Armand Desbat et Matthieu Poux; l'évolution progressive d'un lieu de rassemblement et de culte en agglomération gauloise avant la fondation de laLugdunum« ne fait plus aucun doute »[5].
Patrice Faure estime que c'est en dépassant les distinctions entre objets typiquement gaulois ou romain, en cherchant les motifs de mutation et de continuité entre les deux cultures que la recherche pourra progresser dans ce domaine[a 4].
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