De 1983 à 2000, il travaille comme professeur à l'école de théologie desAssemblées de Dieu àLilongwe, dont il est nommé directeur en 1996[1]. En 1989, il devient président des Assemblées de Dieu du Malawi, un poste qu'il détient jusqu’en 2013[2]. Il est également devenu codirecteur et chargé de cours au Séminaire théologique de toutes les nations deLilongwe et professeur au Séminaire théologique panafricain en 2005.
En 2013, il se présente à la présidence duParti du congrès du Malawi et remporte une victoire écrasante. Il abandonne alors la présidence des Assemblées de Dieu. Lors de l'élection présidentielle malawite de 2014, il arrive en deuxième place derrièrePeter Mutharika avec 27,8 % des voix contre 36,4 % à son adversaire[3]. Il est élu comme parlementaire lors desélections législatives du même jour, avec 90,47 % des voix dans la circonscription du nord-ouest deLilongwe[4].
À nouveau candidat à l'élection présidentielle de 2019, il reçoit le soutien de l'ancienne présidenteJoyce Banda[5] mais est à nouveau battu par Peter Mutharika, par une faible marge[6], et dénonce une fraude électorale de la part du président sortant. Il est réélu à l'Assemblée nationale lors desélections législatives du même jour[7]. Après plusieurs mois de manifestations[8], les résultats de l'élection sont annulées en[9].
Le Malawi devient en novembre 2020 le premier pays africain à ouvrir son ambassade enIsraël à Jérusalem, allant à l'encontre des recommandations desNations unies qui estiment que le statut de Jérusalem doit faire l'objet d'un accord entre Israéliens et Palestiniens[11].
Son mandat est marqué par une détérioration de la situation économique conduisant à une spirale d’inflation, de pénuries et de chômage. Les affaires de corruption récurrentes ont aussi contribué à discréditer son gouvernement[12].
Lazarus Chakwera se présente pour un second mandat présidentiel lors des élections générales malawites de 2025. Il obtient 33 % des voix, perdant face à son prédécesseur, Peter Mutharika, qui remporte 57 % des suffrages[13],[14].