Le motKalimantan est emprunté à l'indonésien,langue dans laquelle il désigne l'ensemble de l'île de Bornéo. Il dérive dusanskrit Kalamanthana (« île au climat brûlant »), composé dekal[a] (« temps, saison, période ») etmanthan[a] (« tourner, bouillir, brûler »)[1].
Il y a 5 000 ans, des habitants du littoral de laChine du sud commencent à traverser le détroit pour s'installer àTaïwan. Vers, des migrations ont lieu de Taïwan vers lesPhilippines. De nouvelles migrations commencent bientôt des Philippines vers lesCélèbes et Timor, et, de là, vers les autres îles de l'archipel indonésien. Vers, un autre mouvement mène des Philippines enNouvelle-Guinée et au-delà, lesîles du Pacifique.
LesAustronésiens sont sans doute les premiers navigateurs de l'histoire de l'humanité.
Les habitants de Bornéo sont issus de ces migrations. On a tendance à les répartir en deux grandes catégories : ceux qui peuplent le littoral et ceux qui habitent l'intérieur.
Dans les zones côtières, on trouve lesMalais (orang Melayu), qui se distinguent eux-mêmes localement par de fortes particularités. Outre la languemalaise, les Malais se distinguent surtout par l'adhésion à l'islam. Cela dit, nombre de Malais descendent en fait deDayaks islamisés, qui se sont ensuite mêlés à des immigrants d'autres îles de l'archipel commeJava,Sumatra ouCélèbes. Cette identification à l'islam permet également à ces Malais de se différencier (et parfois de s'opposer) desIndonésiens d'origine chinoise, qui contrôlent une partie importante des activités économiques de la région.
À l'intérieur des terres, on trouve les peuplesdayaks (constitués de plusieurs dizaines d'ethnies différentes) qui continuent à pratiquer les langues et les cultures d'origines de leurs ancêtres, quoiqu'ayant adopté différents éléments extérieurs, dont lechristianisme.
Probablement habitée dès lePaléolithique inférieur, l'île possède l'un des gisements préhistoriques les plus importants de cette région.
En 2000, l'université de Leicester a lancé le « Niah Cave Project », destiné à permettre aux archéologues de réexaminer la stratigraphie du site archéologique le plus célèbre d'Asie du Sud-Est, lesgrottes de Niah dans les forêts côtières deSarawak. Dans lesannées 1950 et 1960, deux Anglais, Tom et Barbara Harrisson, y avaient mené des premières excavations. Parmi leurs découvertes se trouvait notamment un crâne humain que le radiocarbone a daté d'environ 40 000 ans. Il s'agissait des plus anciennes traces de présence humaine à Bornéo, bien antérieure à l'arrivée desAustronésiens. Les Harrisson pensaient que le site avait été occupé sans interruption jusqu'à nos jours. Toutefois, leurs excavations n'avaient pas fait l'objet d'un inventaire systématique, et de grandes incertitudes demeuraient sur leurs résultats.
Les trois premières campagnes (, et) apportent des éléments importants pour la connaissance de l'histoire du peuplement de l'Asie du Sud-Est, en particulier sur la date de l'arrivée de l'homme moderne à Bornéo en route pour l'Australie.
Par ailleurs, plusieursgrottes ornées de peintures rupestres (empreintes de mains en négatif,bovidés,cerfs et quelques représentations anthropomorphiques) ont été découvertes dans l'est de Kalimantan ; ces peintures, datées approximativement de 20 000 ans avant l'ère chrétienne et présentant des analogies formelles avec l'art rupestre ancien desaborigènes d'Australie, pourraient modifier les théories jusqu'à présent admises sur la chronologie du peuplement de l'Asie du Sud-Est, en montrant que l'influence pré-austronésienne s'est étendue beaucoup plus à l'ouest qu'on ne pensait.
Quoi qu'il en soit, il y a 5 000 ans (), des habitants du littoral de laChine du sud commencent à traverser le détroit pour s'installer àTaïwan. Vers, des migrations ont lieu de Taïwan vers lesPhilippines. De nouvelles migrations commencent bientôt des Philippines versCélèbes etTimor et de là, les autres îles de l'archipel indonésien, dont Bornéo.
C'est à Bornéo qu'on a trouvé les plus anciennes inscriptions d'Indonésie connues à ce jour, dans la région de Kutai dans la province deKalimantan oriental. Écrites en alphabetpallava, elles figurent sur quatre poteaux sacrificiels de pierre (appelésyupa en sanscrit) qu'on a datés des environs de 400apr. J.-C. Elles louent la générosité du roiMulawarman(en), fils d'Aswawarman, envers lesbrahmanes. On n'a plus de trace dans cette région pour les 1 000 années qui suivent.
Les noms deBanjarmasin (Kalimantan du Sud) et Kutai sont attestés dès leXIVe siècleapr. J.-C. LeNagarakertagama, un poème épique écrit en 1365 dans le royaumejavanais deMajapahit, les mentionne parmi les quelque cent « contrées tributaires » du royaume. En réalité, le territoire contrôlé par Majapahit ne s'étendait que sur une partie de l'est et du centre de Java. Les « contrées tributaires » étaient en fait des comptoirs formant un réseau commercial dont Majapahit était le centre. Majapahit y envoyait des dignitaires dont le rôle était de s'assurer que ces comptoirs ne s'adonnaient pas à un commerce privé qui échapperait au royaume.
En1606, la VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie ou « Compagnie néerlandaise des Indes orientales ») ouvre un comptoir àBanjarmasin. Dans lesannées 1620, lesultan Agung deMataram à Java veut attaquer Banjarmasin et demande le soutien naval de la VOC, qui le lui refuse. Banjarmasin devient finalement vassal de Mataram mais s'en affranchit en 1659.
En 1733, une flotte de pirates Bugis attaque sans succès Banjarmasin. Le déclin de la VOC à la fin duXVIIIe siècle permet une renaissance des réseaux commerciaux asiatiques, musulmans et chinois, favorisant le développement de Banjarmasin.
En 1800, le gouvernement néerlandais reprend les actifs de la VOC, déclarée en faillite. À partir de 1815, les Néerlandais combattent les "pirates malais" qui pillent notamment les côtes de Java. Ces campagnes servent de prétexte à attaquer les sultanats malais, dont Banjarmasin. Entre 1817 et 1821, le sultan de Banjarmasin doit céder des territoires aux Néerlandais, qui commencent à y exploiter des mines decharbon en 1846.
Dans lesannées 1840, un aventurier anglais,James Brooke, se met au service du sultan deBrunei dans le nord de Bornéo, objet d'attaques de pirates et de rébellions de populations de l'intérieur. Les Néerlandais y voient une menace pour leurs propres visées expansionnistes à Bornéo. Ils signent des traités avec les différents États de la côte, dont lesultanat de Pontianak. Cet intérêt néerlandais pour la région se heurte à la résistance deskongsi chinoises qui contrôlent les mines d'or de l'intérieur.
L'expansion dePontianak, avec l'appui des Néerlandais, est marquée par la prise dusultanat de Sambas dans le nord auxBugis et la destruction duroyaume de Sukadana dans le sud. Pontianak est en concurrence avec l'État pirate de Sambas pour le contrôle des habitants de l'amont des fleuves et des entreprises chinoises (kongsi) qui exploitent les mines d'or et de diamants. Puis les Néerlandais se retirent de Pontianak.
Comme dans l'ensemble de l'Indonésie, l'indonésien est la seulelangue officielle etvéhiculaire. Elle est utilisée dans la communication interethnique, l'administration, les médias et l'enseignement.
Kalimantan est le pays deJoseph Conrad, dont de nombreux romans :La folie Almayer,Un paria des îles,Lord Jim et d'autres se passent sur cette partie deBornéo.