Sa carrière commence par l'illustration decontes flamands écrits par son père :Vlaamse Sprookjes en 1995, puisHet Koeienboek de Bibi Dumon Tak (2000)[2]. Elle exerce un temps comme illustratrice delivres pour la jeunesse[2].
Elle écrit et dessineLa Jeune fille et le nègre, un récit d'inspiration autobiographique en deux volumes sur l'amour entre un jeuneTogolais et une jeune Belge[3]. La narration dépeint« l'absurdité des procédures de régularisation des sans-papiers en Belgique », qui multiplient les obstacles face à ceréfugié politique[3]. Le livre, qui mêle drame, humour, amour et légèreté, d'aprèsLe Soir, remporte aussitôt plusieurs prix culturels et fait partie de la sélection pour lesEssentiels d'Angoulême en 2009[3] et pour leprix Tournesol[7]. L'article fait écho à unroman de Geert van Istendael,Bericht uit de burcht (Nouvelle de la citadelle), qui exprime son désarroi face à la relation de sa fille avec un hommesans-papier[3].
En 2012 est publiéDavid, les femmes et la mort, dont le héros est atteint decancer et entreprend de changer de vie[12],[13], sans réussir à protéger les femmes qui lui sont proches des effets de son agonie :« La maladie, c'est le drame du malade, mais aussi de l'entourage »[14]. L'ouvrage, qui s'inspire du décès du beau-père de Vanistendael, a requis deux années de travail[14]. Elle opte pour l'aquarelle[15]. L'œuvre fait partie des cinq finalistes pour legrand prix de la critique[16]. Elle reçoit trois nominations auxprix Eisner[17].
Sur unscénario de Mark Bellido, Judith Vanistendael dessine et met en couleurSalto - L'histoire du marchand de bonbons qui disparut sous la pluie (2016), qui met en scène« un vendeur de bonbons devenu garde du corps »« dans l'Espagne des années 1990 »[18]. Le personnage principal, Miquel, est unécrivain raté qui vend des bonbons pour faire vivre sa famille et qui accepte de devenir garde du corps pour un homme politique menacé par l'ETA, ce qui finit par détruire sa vie[19],[20]. L'artiste emploie plusieurs procédés et formats, notamment lecrayon de couleur[20].
Judith Vanistendael s'associe à Michael De Cock pour une série jeunesse,Rosie et Moussa, qui paraît« en néerlandais et en feuilleton dansBrussel deze week » avant de faire l'objet de quatre volumes[21]. Le récit narre la grande amitié entre deux enfants bruxellois[21]. La série est traduite dans de nombreuses langues et reçoit plusieurs prix[21]. LaréalisatriceDorothée Van Den Berghe s'en inspire pour créer le filmRosie et Moussa, sorti en salles en[22].
En 2019, s'inspirant du personnage dePénélope dans l'Odyssée, elle livreLes Deux Vies de Pénélope : une mère médecin s'engage dans l'humanitaire et prend ses distances avec sa famille, notamment avec sa fille ; la créatrice opte pour un traitement avec« des taches d'aquarelle »[23]. L'artiste souhaitait depuis longtemps décrire la vie d'une femme qui, en raison d'un métier intense, ne peut s'investir auprès de sa fille[24]. Ayant lu l'œuvre d'Homère, Vanistendael est frappée par le rôle de Pénélope, qui se borne à tenir le foyer, tandis que son époux multiplie les aventures[24]. Elle en retient néanmoins qu'Ulysse a quitté sa famille car un intérêt supérieur le commande[23]. Dans l'album de la bédéaste, l'époux de Pénélope est chargé de veiller sur le foyer tandis que Pénélope, hantée par ses missions dans des pays en guerre,« refuse de se laisser réduire à sa dimension de mère » et retourne à ses activités humanitaires[23]. Pendant la réalisation de l'œuvre, l'auteure s'est rendue dans uncamp de réfugiés et en a tiré un reportage graphique : « Moria, l'enfer de Lesbos »[25],[26]. Elle reçoit pour cette œuvre le prix « Bulles d'Humanité » (décerné par le journalL'Humanité)[27].
En 2022, elle est récipiendaire du prixAdhémar de bronze, ce prix est doté d'un montant de10000 euros et fait de l'autrice la deuxième femme aprèsErika Raven à qui cet honneur échoit[29],[30].
David, les femmes et la mort (scénario, dessin et couleurs), trad. Hélène Robbe, Le Lombard,(ISBN978-2-8036-3024-0)
Salto - L'histoire du marchand de bonbons qui disparut sous la pluie (dessin et couleurs), scénario de Mark Bellido, Le Lombard,(ISBN978-2-8036-3384-5)
Ceci n'est pas la BD Flamande[34],[35] - La Flandre invitée d'honneur au Festival international de la bande dessinée d'Angoulême, Fonds flamand des lettres,Berchem,2009 Scénario :Benoît Mouchart, Gert Meesters - Dessin : collectif - Couleurs : quadrichromie,