Il enchaîne avec un autre scénario, trois ans plus tard, le téléfilmSmog, qu'il réalise lui-même, ainsi que son premier film de cinéma, la comédie dramatiqueMade, en 2001. Les deux projets connaissent un accueil plus confidentiel, et c'est donc sa carrière d'acteur qui lui permet de rester présent sur la scène médiatique.Il apparait ainsi dans beaucoup de séries télévisées commeMonk,Chicago Hope,Earl,Friends où il joue le petit ami milliardaire deMonica, ainsi que dansLes Soprano (saison 2, épisode 7) où il interprète son propre rôle.
Mais c'est derrière la caméra qu'il parvient de nouveau à s'imposer. En effet, à la fin de cette même année, sort son second film de cinéma en tant que réalisateur,Elfe. Cette comédie fantastique familiale connait un succès critique et commercial surprise, et lance définitivement la carrière de la vedette de télévisionWill Ferrell sur grand écran.
L'accueil positif de ce film de commande l'amène aux manettes du film d'aventures fantastiqueZathura : Une aventure spatiale, qui confirme sa capacité à mener une production à effets spéciaux, et à s'éloigner de la comédie pure, tout en continuant à s'adresser aux enfants.
Mais c'est en 2008 qu'il connaît un plébiscite mondial en mettant en scène les premières aventures solo du milliardaire et super-hérosTony Stark au cinéma, avec le blockbusterIron Man. Par la même occasion, il donne un second souffle à la carrière deRobert Downey Jr., qui incarne le héros du film. Ce film lance par ailleurs l'Univers cinématographique Marvel.
Alors que son scénario de la comédie potacheThérapie de couples est tourné, avecKristen Bell,Jean Reno,Vince Vaughn,Jason Bateman,Kristin Davis, et lui-même, il s'attelle à la mise en scène de la suite de son blockbuster. SiIron Man 2, sorti à peine deux ans après le premier opus, dépasse le succès commercial du premier opus, les critiques sont plus mitigées. Néanmoins le film permet de poser les bases nécessaires à la formation de l'équipe desAvengers amenée à culminer une première fois dansle long-métrage homonyme écrit et réalisé parJoss Whedon, en 2012, et sur lequel Favreau officie en tant que producteur délégué.
Après un différend avec les studiosMarvel, il se contente du poste de producteur pour le troisième opus, laissant sa place àShane Black. Il reprend néanmoins son rôle secondaire du chauffeur/garde du corps Happy Hogan, dont les apparitions sont néanmoins très réduites. Les studios Dreamworks lui ont en effet confié la tâche de lancer une autre franchise au cinéma, également adaptée d'un comics. Sorti en 2011,Cowboys et Envahisseurs, mélange audacieux dewestern et descience-fiction, est néanmoins une déception critique et commerciale.
Après avoir mis en scène quelques épisodes de télévision, il revient à un cinéma plus intimiste : il écrit, produit et réalise en 2014 la comédie dramatique#Chef, où il interprète également le rôle principal, et convoque une flopée de ses amis-stars pour des apparitions. Le succès critique et commercial du film le remet en selle, au point de collaborer de nouveau avec Disney, qui lui confie l'adaptation live du classique de la littérature :Le Livre de la jungle, sortie en 2016. Le,Disney embauche Jon Favreau pour réaliser un remake duRoi lion[4],[5],[6]. CeRoi lion encapture de mouvement sorti en, 25 ans après le film d'animation.
Le, Disney annonce que Jon Favreau est à la tête du projet de série téléviséeStar Wars,The Mandalorian, destinée à la plateforme VODDisney +, lancée en 2019. Après trois saisons, il développe le long métrageThe Mandalorian and Grogu prévu pour 2026.
Golem Creations est une société de production créée par Jon Favreau le 30 août 2018[9],[10]. Dans une interview donnée auThe Hollywood Reporter, Favreau cite sa fascination pour la superposition de la technologie et de la narration, au point qu'il aurait nommé cette entreprise ainsi car ungolem serait à l'image de la technologie : pouvant être utilisé pour protéger ou détruire suivant que le contrôle de ce golem soit perdu ou non[10]. Récemment,Golem Creations a produit deux séries dérivées de la franchiseStar Wars :The Mandalorian etLe Livre de Boba Fett.