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Blaskowitz étudie à l'école de Guerre d'Engers, dont il sort second et est promu lieutenant le. Il participe à un stage de l'école de gymnastique militaire de Berlin et travaille ensuite pendant un an et demi comme professeur auxiliaire dans cet établissement. Affecté à l'Académie de guerre de Berlin de 1908 à 1911, il y passe l'examen d'interprète en français et rejoint ensuite la3e compagnie du170e régiment d'infanterie àOffenbourg en tant que premier-lieutenant. Le, il est muté à l'état-major du111e régiment d'infanterie.
Au cours de laPremière Guerre mondiale, il sert sur les fronts de l'Est et de l'Ouest et travaille pour l'état-major. Après la guerre, il poursuit son service militaire dans laReichswehr sous larépublique de Weimar. Il est indifférent à la prise de pouvoir par lesnazis parce qu’il croit que l'armée se doit d’être « neutre politiquement ».
Il commande la8e armée allemande lors de l'invasion de la Pologne au début de laSeconde Guerre mondiale. Il est commandant en chef de l'Est en Pologne à partir du. Il est révolté par les atrocités commises par lesSS et lesEinsatzgruppen contre les Polonais et lesJuifs. Il fait parvenir au commandant en chef,Walther von Brauchitsch, deux rapports détaillés sur cescrimes de guerre. Il n’hésite pas à imposer la peine de mort aux membres de la SS et de laGestapo qui sont impliqués dans des crimes de guerre (ces sentences seront abolies plus tard parHitler). Il note, entre autres :
« Le sentiment des troupes envers les SS et la police oscille entre le dégoût et la haine. Chaque soldat a la nausée face à ces crimes commis en Pologne par des ressortissants duReich et des représentants du gouvernement. » — Aide-mémoire,[1].
Face à une attitude jugée « puérile », Hitler relève Blaskowitz de son commandement en Pologne le, sur l'insistance du gouverneur généralHans Frank.
Blaskowitz est muté au commandement de la9e armée dans l'Ouest lors de lacampagne de France. Il devient gouverneur militaire du Nord de la France au début de. Il conserve cette position jusqu’en octobre 1940 puis est muté au commandement de la1re armée sur la côte sud-ouest entre la Bretagne et la frontière espagnole, poste qu’il occupe jusqu'en mai 1944.
L'invasion de la France méridionale a commencé le, avec l'opérationDragoon, lorsque les forces alliées débarquent en Provence entre Toulon et Cannes[réf. souhaitée].
Signature de la capitulation des troupes allemandes des Pays-Bas àWageningue par le général Blaskowitz (à droite, au centre) devant le général canadien Foulkes (à gauche, au centre).
Le, Blaskowitz est convoqué à l'hôtel de Wereld, àWageningue, par le généralCharles Foulkes, commandant en chef du1er corps canadien, afin de discuter de la capitulation des forces allemandes des Pays-Bas. Le princeBernhard zur Lippe Biesterfeld, qui agit en tant que commandant en chef des troupes intérieures néerlandaises, assiste également à la rencontre. Blaskowitz est d’accord avec toutes les demandes de Foulkes, mais on ne parvient pas à trouver une machine à écrire dans l'hôtel (certaines sources disent maintenant qu’il n’y en avait nulle part dans la ville). Le document de la capitulation ne peut être rédigé. Les parties se rencontrent de nouveau le lendemain, le document sur la capitulation ayant finalement pu être rédigé. Blaskowitz le signe en présence du général Foulkes et du prince.
Blaskowitz est accusé de crimes de guerre et jugé devant un tribunal militaire américain lors du procès dit « du haut commandement ». Il se suicide pendant le procès le en sautant d'une fenêtre de la prison de Nuremberg. La rumeur de son assassinat par des SS se répand au sein des autres prisonniers, mais aucune preuve ne vient l'appuyer.